一般納稅人開具增值稅專用發(fā)票貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票后，發(fā)生銷貨退回,開票有誤，應稅服務中止以及發(fā)票抵扣聯(lián)，發(fā)票聯(lián)均無法認證等情形但不符合作廢條件，或者因銷貨部分退回及發(fā)生銷售折讓，需要開具紅字專用發(fā)票的，可以開具紅字發(fā)票。

紅字發(fā)票申請需要在企業(yè)開具藍字發(fā)票次月，企業(yè)抄報稅之后進行。只有企業(yè)抄報稅之后，稅務系統(tǒng)才能完整收集到購銷雙方增值稅發(fā)票的開具及認證使用情況，系統(tǒng)才會自動進行校驗。

（1）專用發(fā)票已交付購買方的，由購買方在增值稅發(fā)票系統(tǒng)升級版中填開并上傳信息表。

( 2）專用發(fā)票尚未交付購買方式或者購買方拒收的，銷售方應于專用發(fā)票認證期限內(nèi)在增值稅發(fā)票系統(tǒng)升級版中填開并上傳信息表。

(1)購買方或銷售方填開并上傳信息表。

(2)主管稅務機關通過網(wǎng)絡接受納稅人上傳的信息表，系統(tǒng)自動校驗通過后，生成帶有"紅字發(fā)票信息編號"的信息表，并將信息同步至納稅人端系統(tǒng)中。

（3）銷售方憑稅務機關系統(tǒng)校驗通過的信息表開具紅字專用發(fā)票，在增值稅發(fā)票系統(tǒng)升級版中以銷項負數(shù)發(fā)票開具。紅字專用發(fā)票應與信息表一一對應。

（4）納稅人也可憑信息表電子信息活紙質資料到稅務機關對信息表內(nèi)容進行系統(tǒng)校驗。

（1）經(jīng)認證結果為”認證相符“并且已抵扣增值稅進項稅額的，購買方在填開信息表時不填寫相對應的藍色專用發(fā)票信息。

（2）經(jīng)認證結果為”無法認證“，”納稅人識別號認證不符“，”專用發(fā)票代碼，號碼認證不符“，以及所購貨物或服務不屬于增值稅扣稅項目范圍的，購買方填開信息表時應填寫相對應的藍色專用發(fā)票信息。