黃大仙祠據(jù)明朝萬(wàn)歷年間的《金華府記》載：黃大仙原名黃初平，是浙江金華蘭溪人，東晉年間（公元328年）出生于一個(gè)貧困的家庭。他8歲牧羊于浙江金華赤松山上；15歲上山牧羊時(shí)遇道士善卜。善卜見(jiàn)初平有異相，就帶他到金華赤松山修煉了40年，最后得道成仙。因此，黃大仙以“赤松子”為別號(hào)。后來(lái)，其兄黃初起去尋找他。兄弟相見(jiàn)，初起問(wèn)：“羊在哪？”初平大聲地叱之：“羊起!”滿山坡的白石立刻變成了羊。廣州黃大仙祠大門對(duì)聯(lián)“叱羊傳晉代，騎鶴到南天”．記載了黃大仙成仙的傳奇故事。而復(fù)建的這座廟祠中，黃大仙殿門前所掛的也同樣是這么一副對(duì)聯(lián)。
道教是多神教，在眾多的神當(dāng)中，黃大仙是相當(dāng)出名的。當(dāng)年黃大仙云游四海，治病救人，濟(jì)世扶危，留下了許許多多的仙道，其功德家喻戶曉，受到廣大民眾的擁戴，紛紛立祠來(lái)尊奉他。
廣州黃大仙祠始建于清朝已亥年，即公元1899年，并于1904年得各界熱心人士捐款重修。當(dāng)年這里地雖偏僻，但曾是廣州的宗教圣地之一，其香火鼎盛，對(duì)廣州市區(qū)及珠江三角洲一帶有極大的影響。該祠雖于1910年遭受破壞，但舊祠所留下來(lái)的遺跡，如石刻對(duì)聯(lián)、浮雕石柱、扁額、門飾、石獅等，都飾以精致的雕刻，由此可以想見(jiàn)當(dāng)年祠殿的宏偉規(guī)模和精致的建筑藝術(shù)。
1915年，原黃大仙祠的主持人梁仁庵道長(zhǎng)攜帶黃大仙的畫(huà)像、靈簽和藥簽等南遷到香港，并于1921年建成香港黃大仙祠。同樣地，黃大仙也深受海內(nèi)外人士的信仰和祀奉。改革開(kāi)放以來(lái)，海內(nèi)外廣大熱心人士紛紛要求在原地恢復(fù)建造芳村黃大仙祠。后經(jīng)有關(guān)部門批準(zhǔn)，由(香港加拿大置地有限公司和芳村新荔枝灣實(shí)業(yè)發(fā)展有限公司合作，組成廣州嘉游旅游景區(qū)開(kāi)發(fā)有限公司，負(fù)責(zé)黃大仙祠的復(fù)建項(xiàng)目。經(jīng)過(guò)2年的策劃和設(shè)計(jì)，于1997年11月破土動(dòng)工，1999年2月6日完成第一期工程，供各界人士參觀游覽。
在1921年前，黃大仙廟原設(shè)于廣州的。廣州的黃大仙廟已有百年歷史 黃大仙祠
，只因當(dāng)時(shí)廣州的政局非常復(fù)雜。當(dāng)時(shí)廣州由陳炯明所控制，他突然以“革命者”自居，說(shuō)要破除迷信，便拆去廟宇筑馬路，或拆廟賣地建屋，最主要的是乘機(jī)霸占房產(chǎn)。當(dāng)時(shí)很多廟宇遭殃。 黃大仙廟在軍閥借破除迷信之名，而刮地為實(shí)的時(shí)代里，自然也受到影響，但幸得香港紳商李亦梅、譚杰生、梁仁庵、郭述亭、張殿臣、陳桂石和唐麗泉等，把黃大仙寶像接來(lái)香港，安奉在嗇色園內(nèi)，才使黃大仙寶像才得以保存。