PubMed 詳解
![回到索引](http://image12.360doc.com/DownloadImg/2010/07/0121/3838668_1.gif) PubMed 系統(tǒng)的主要特點 1.詞匯自動轉換功能(Automatic Term Mapping)在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入檢索詞,系統(tǒng)將按順序使用如下4種表或索引,對檢索詞進行轉換后再檢索。 (1)MeSH轉換表(MeSH Translation Table),包括MeSH詞、參見詞、副主題詞等。如果系統(tǒng)在該表中發(fā)現(xiàn)了與檢索詞相匹配的詞,就會自動將其轉換為相應的MeSH詞和TextWord詞(題名詞和文摘詞)進行檢索。例如:鍵入“Vitamin h",系統(tǒng)將其轉換成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后進行檢索。 (2)刊名轉換表(Journal Tanslation Table),包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號。該轉換表能把鍵入的刊名全稱轉換為“MEDLINE縮寫[Journal Name]"后進行檢索。如:在檢索提問框中鍵入:“new england journal of medicine", PubMed將其轉換為"N Engl J Med [Journal Name]"后進行檢索。 (3)短語表(Phrase list)。該表中的短語來自MeSH、含有同義詞或不同英文詞匯書寫形式的統(tǒng)一醫(yī)學語言系統(tǒng)(UMLS: Unified Medical Language System)和補充概念(物質)名稱表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系統(tǒng)在MeSH和刊名轉換表中未發(fā)現(xiàn)與檢索詞相匹配的詞,就會查找短詞表。 (4)著者索引(Author Index)。如果鍵入的詞語未在上述各表中找到相匹配的詞,或者鍵入的詞是一個后面跟有1~2個字母的短語,PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配詞,PubMed就會把該詞斷開后再重復上述自動詞匯轉換過程,直到找到與鍵入的詞語相匹配詞語為止。若仍然沒有匹配詞,單個詞會被聯(lián)一起(用AND)在全部字段中檢索。如:"single cell",系統(tǒng)就會自動將其分成兩個詞:“single“和“cell”檢索,其檢索表達式為:“single AND cell”。 要查驗檢索詞的轉換情況,可點擊“Details”鍵。 2.截詞檢索功能 PubMed 允許使用“*”號作為通配符進行截詞檢索。如:鍵入“bacter *”,系統(tǒng)會找到那些前一部分是bacter的單詞(如bacteria, bacterium, bacteriophage等),并對其分別進行檢索。如果這咱詞少于150個,PubMed會逐個詞檢索,若超過150個(如:Staph*),PubMed將顯示如下警告信息:“Wildcard search for 'term*' used only the first 150 variations. Lengthen the root word to search for all endings"。截詞功能只限于單詞,對詞組無效。如:“infection*”包括“infections”,但不包括“infection control”等。 使用截詞功能時,PubMed系統(tǒng)會自動關閉詞匯轉換功能。
3.強制檢索功能 如上所述,在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入一個短語后點擊“Go”,系統(tǒng)會高速用自動轉換功能查找到相應的匹配詞后再進行檢索;但是,當鍵入的詞語無匹配詞時,PubMed就會將鍵入的詞語斷開后再重復上述自動詞匯轉換過程,若仍然沒有匹配詞,系統(tǒng)就將短語分解成單詞,再用AND聯(lián)在一起在全部字段中檢索。很明顯,這樣檢索的結果是不符合用戶要求的。因此,PubMed允許使用雙引號(“”)來強制系統(tǒng)進行短語檢索。例如,在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“Single cell”,并用雙引號引起來,然后點擊“Go”,系統(tǒng)會將其作為一個不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進行檢索。 使用雙引號檢索,會自動關閉詞匯轉換功能。
4.鏈接功能 (1)鏈接相關文獻。PubMed系統(tǒng)中的每條文獻記錄均有一個相關文獻鏈接,在檢索結果的顯示狀態(tài)下,每條記錄的右邊均有“Related Articles”超鏈。點擊該鏈,系統(tǒng)按文獻的相關度從高到低顯示相關文獻。 利用檢索史(History)按鈕能進一步限制相關文獻。點擊“History”,把相關檢索式的編號錄入檢索提問框,然后再鍵入附加條件詞,最后點“Go”。如在檢索提問框中鍵入“#7 AND english[la]”,可將檢索進一步限定在英文文獻范圍內(nèi)。 (2)鏈接NCBI(National Center for Biotechnology Information)數(shù)據(jù)庫。PubMed在其主頁上與NCBI的5個數(shù)據(jù)庫建立了超鏈接。這些數(shù)據(jù)庫包括:Protein[氨基酸(蛋白質)序列]數(shù)據(jù)庫,Nucleotide(DNA序列)數(shù)據(jù)庫,Popset(種群、種系發(fā)生或突變序列)數(shù)據(jù)庫,Structure(分子結構模型)數(shù)據(jù)庫和Genome(基因組序列)數(shù)據(jù)庫。 (3)鏈接外部資源。PubMed提供從檢索結果到期刊全文、生物學數(shù)據(jù)、序列中心等的鏈接。該功能通過鏈接上述資源站點的方式來實現(xiàn)。在檢索結果顯示狀態(tài)下,點擊“LinkOut”進入相關網(wǎng)站。 (4)鏈接相關圖書。點擊“Books”,可參考相關書籍的文摘頁。書籍文摘頁上的某些短語是超鏈接,點擊短語超鏈,可連到相關圖書的頁碼表,可在表上找到有關短語。 此外,PubMed系統(tǒng)允許用戶查看被引期刊名稱表,點擊主頁上的PubMed Journal Brower即可,PubMed向用戶提供期刊的縮寫名稱和ISSN號。
![回到索引](http://image12.360doc.com/DownloadImg/2010/07/0121/3838668_1.gif) PubMed 檢索 PubMed系統(tǒng)檢索范圍:MEDLINE數(shù)據(jù)庫和PreMEDLINE數(shù)據(jù)庫。 1.詞語(主題)檢索 在PubMed主頁的提問框中鍵入英文單詞或短語(大寫或小寫均可后回車或點擊“Go”, PubMed即使用其詞匯自動轉換功能進行檢索,并將檢索結果直接顯示在主頁下方。例如:鍵入“vitamin c common cold”后回車或點擊“Go”, PubMed開始檢索并將檢索結果顯示出來。 如果檢索結果不符合要求,可以在提問框中增加或刪除詞語,或者在Details狀態(tài)下(參見Details鍵的用法)來修改檢索式,也可使用“Limits”(參見Limits的用法)選擇限定條件后再進行檢索。此外,用戶可根據(jù)需要使用通配符“*”或雙引號進行截詞檢索或強制檢索。
2.著者檢索 在提問框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫,格式為:著者姓空格名字首字母縮寫,例如smith ja,然后回車或點擊Go,系統(tǒng)會自動到著者字段去檢索,并顯示檢索結果。 如果在錄入了著者的姓氏,系統(tǒng)將首先在MeSH轉換表中查找該著者的姓。查到后,系統(tǒng)檢索主題字段和題名與文摘字段,否則,系統(tǒng)將在全部字段中檢索。 如果在著者姓名前后使用雙引號,并用著者字段標識——[au]加以限定,如“smith ja”[au],那么系統(tǒng)只檢索著者字段。
3.刊名檢索 在提問框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN號,例如:molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524,然后回車或點擊Go,系統(tǒng)將在刊名字段檢索,并顯示檢索結果。如果刊名與MeSH詞表中的詞相同,例如:Gene Therapy、Science或Cell等,PubMed將把這些詞作為MeSH詞檢索。在這種情況下,需要用刊名字段標識——[ta]加以限定,如“gene therapy[ ta ]”。 單個詞的刊名也需要用[ ta ]限定,如:Scanning[ ta ]。否則,系統(tǒng)將在全部字段中檢索。使用刊名全稱或MEDLINE簡稱可檢索到數(shù)據(jù)庫中的全部相關記錄。使用ISSN號進行檢索,則不能保證檢到數(shù)據(jù)庫中較早的記錄。 若刊名有括號,錄入時應將括號省略。如:J Hand Surg[ Am ]應鍵入 J Hand Surg Am。
4.布爾邏輯檢索 PubMed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索,但要在提問框中鍵入布爾邏輯運算符(AND,OR或NOT)。如:vitamin c OR zinc。 布爾邏輯檢索的運算順序為從左至右,但可使用圓括號來改變其運算順序。如common cold AND (vitamin c OR zinc), 圓括號中的檢索式最先運算。 布爾邏輯檢索允許在檢索詞后附加字段標識以限定檢索字段(字段標識要用方括號括起來,位于檢索詞這后)。其檢索表達式的格式為:檢索詞[字段標識]布爾運算符檢索詞[字段標識]。如:dna[ mh ] AND crick [au ] AND 1993 [ dp ]; 又如:ansthma/therapy[ mh ] AND review[ pt ] AND child, preschool[ mh ]。各種字段標識見表1。 表1 字段標識一覽表 字段標識 字段名稱 簡要說明 AD Affiliation 第一責任者的工作單位、地址,合同號 ALL All Fields 全字段 AU Author Name 著者姓名 RN EC/RN Number 酶學委員會分配給特定酶的編號和化學文獻社的登記號 EDAT Entrez Date 錄入PubMed系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫的日期 FILTER Filter 由PubMed系統(tǒng)鏈接的外部資源站點所使用的用來限 定文獻的技術標識 IP Issue 期刊的期號 TA Journal Title 期刊名稱或IISN號 LA Language 語言文種 MHDA MeSH Date 標引MeSH主題詞的日期 MAJR MeSH Major Topic 主要MeSH主題詞 MH MeSH Terms 全部MeSH主題詞 PG Page Number 期刊頁碼 PS Personal Name as Subject 人名主題詞 DP Publication Date 文獻出版日期 PT Publication Type 文獻類型,包括綜述、臨床試驗、通信等 SHP Subheadings MeSH副主題詞 SI Secondary source ID 用于限定檢索與PubMed系統(tǒng)中的文獻條目相關的分 子序列資源數(shù)據(jù)庫(如Genbank[ si ])和/或該數(shù)據(jù)庫 中的存取號(如:AF001892[ si ]) SB Subset 用于限定檢索PubMed下屬的文獻數(shù)據(jù)庫(包括 MEDLINE,PreMEDLINE, Publisher和AIDS數(shù)據(jù) 庫)。如:Publisher[ sb ];aids[ sb ] NM Substance Name 化學物質名稱 TW Text Words 題名詞和文摘詞 TI Title words 題名詞 UID Unique Identifiers PubMed系統(tǒng)或MEDLINE數(shù)據(jù)庫惟一記錄標識號,即 PMID或UI。單獨用其檢索時,該標識可以省略。但當 用該號與其他詞一同檢索時,必須使用[ uid ],如:smith[ au ] AND (10403340[ uid] OR vaccines[ mh ])。 VI Volume 期刊卷號
5.日期或日期范圍檢索 在提問框中鍵入日期或日期范圍,然后回車或點擊Go,系統(tǒng)在日期字段檢索,并將符合條件的記錄予以顯示。日期字段共有3種不同標識:[ mhda ]、[ dp ]和[ edat ]。 日期的錄入格式為YYYY/MM/DD[日期字段標識];如:1999/09/08[ edat ]也可以不錄月份和日子,如:2000[dp]或1999/12[mhda]。 日期范圍的錄入格式為:日期,如:1999:2000[dp]或1999/12[edat]
6.檢索期刊子集(輯) 檢索式的格式為:檢索詞AND jsubseta,如:neoplasms AND jsubseta。可供檢索的期刊子庫有3種:Abridged Index Medicus(有120種重要核心期刊)、Dental和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進行限定。 7.檢索帶文摘的記錄 檢索式的格式為:檢索詞AND hasabstract, 如:liver cancer AND hasabstract。1975年前出版的文章,其MEDLINE記錄中沒有文摘。
![回到索引](http://image12.360doc.com/DownloadImg/2010/07/0121/3838668_1.gif) Details 鍵的用法 Details用于查看PubMed的檢索策略。即,在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動地轉換成了那些詞,并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外,使用Details鍵可以對檢索策略進行編輯,然后再一次檢索。在PubMed Query框內(nèi)顯示的是PubMed實際使用的檢索策略和語法。該框下有四個區(qū)域:Result區(qū)顯示檢索結果的記錄總數(shù),點擊這個數(shù)字,可回到檢索結果顯示屏;Translation區(qū)顯示檢索詞轉換的詳細情況;Dataabase區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫;User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。 要對檢索策略進行編輯可直接使用鼠標點擊PubMed Query框中的檢索策略,將其增加、刪除或修改后點擊Search鍵。如:在其后加上“AND 2000[ dp ]",點擊 Search鍵。
![回到索引](http://image12.360doc.com/DownloadImg/2010/07/0121/3838668_1.gif) 存儲檢索策略--URL 鍵的用法 在PubMed Query狀態(tài)下,點擊URL鍵,PubMed返回檢索結果顯示狀態(tài)。檢索策略將會顯示在提問框中并作為URL的一部分保存起來。然后用瀏覽器的書簽功能把URL保存為一個書簽,最后用瀏覽器的編輯功能為其重命名即可。
用編號代表的檢索策略,如:#10 or # 2 AND notpubref[ sb ],在檢索史(History)被刪除后也會隨之丟失。
![回到索引](http://image12.360doc.com/DownloadImg/2010/07/0121/3838668_1.gif) 特征欄(Feature Bar)介紹 特征欄(Feature Bar)包括條件限定(Limits)、預覽/索引(Preview/Index)、檢索史(History)和粘貼板(Clipboard)4種功能設置。 1.“條件限定”(Limits)的用法 點擊Limits,系統(tǒng)顯示多咱限定條件供用戶選擇,各限定選項的含義參見表1。其中,“Entrez Date”指錄入系統(tǒng)的日期;“Publication Date”指出版日期:“Only items with abstracts”指只檢索那些有文摘的記錄(1975年前出版的文章的記錄中沒有文摘);“Subsets”指只檢索PubMed下屬的文獻數(shù)據(jù)庫(包括 MEDLINE,PreMEDLINE, Publisher和AIDS數(shù)據(jù)庫)。 如果選擇了Limits,其左邊的選擇框內(nèi)則顯示“(”。若要取消選擇,點擊該框即可。注意事項: (1)選擇了“出版物類型”、“年齡”、“性別”、“人或動物”中的任何一項,檢索將限制在MEDLINE數(shù)據(jù)庫中進行,PreMEDLINE則被排除在外。因為這些特征限制只有MEDLINE中才有。PreMEDLINE中的條目尚未完成標引,未含這些數(shù)據(jù)。 (2)“Subsets”下拉菜單允許做如下限制:“AIDS”限制在艾制滋病文獻庫;“AIM”限制在AIM(Abridged Index Medicus)引用的120種重點核心期刊文獻庫;“Dental”限制在牙科學文獻庫;“MEDLINE”限制在MEDLINE數(shù)據(jù)庫;“Nursing”限制在護理學文獻庫;“PreMEDLINE”限制在PreMEDLINE數(shù)據(jù)庫;“Publisher”限制在出版商提供的文獻數(shù)據(jù)庫;“PubRef”限制在PubRef范圍內(nèi)。選擇PubRef,除了要求系統(tǒng)檢索PubMed中的數(shù)據(jù)庫外,同時要求系統(tǒng)通過鏈接檢索較廣范圍的科學(如物理學、天文學等)期刊文獻,以及出版機構站點的文獻全文。但要獲得文獻全文則需要交費。 2.“預覽/索引”(Preview/Index)的用法 該特征的功能是: (1)在顯示條目之前預覽檢索策略和檢索結果的記錄數(shù):在提問框內(nèi)鍵入檢索詞后,點擊Preview/ Index,顯示檢索策略和檢索結果的記錄數(shù)。點擊記錄數(shù)超鏈,系統(tǒng)顯示檢索結果。 (2)修改檢索策略:在“All Fields”下拉菜單中選擇一個檢索字段,然后在提問框內(nèi)增加檢索詞,點擊Preview鍵,系統(tǒng)顯示新一次檢索結果的記錄數(shù)。這樣反復進行,直到檢索結果記錄數(shù)量令人滿意為止。 (3)從索引表中選詞檢索:在“All Fields”下拉菜單中選擇一個檢索字段,然后在提問框內(nèi)鍵入詞語,點擊Index鍵,系統(tǒng)顯示相應字段的索引詞表。 用鼠標點亮其中一個檢索詞,然后,點擊合適的邏輯運算符(AND、OR或NOT),被點亮的詞會自動加進檢索提問框中。如果使用運算符OR,系統(tǒng)允許從索引詞表中詞表中同時選擇多個詞(按下Ctrl鍵點擊每個詞即可),當需要的詞全部點亮后,點擊運算符號可以將其加到提問框中。然后點擊Preview鍵,系統(tǒng)顯示新檢索結果數(shù)。 還可以從其他檢索字段中選擇詞匯,不斷增加到檢索提問框中,直到滿意為止。最后點擊Preview查看檢索結果記錄數(shù),或點擊Go顯示檢索結果。
3.“檢索史”(History)的用法 History主要用于查看檢索策略,也可用于查看檢索結果記錄數(shù)量。點擊History,顯示檢索史:檢索號、檢索策略、檢索時間和檢索結果數(shù)。要查看檢索到的記錄,直接點擊檢索結果數(shù)即可。
在History狀態(tài)下,可以將檢索式用邏輯運算符連接起來后再檢索。如在提問框中鍵入#6 OR(drug therapy OR diet therapy),然后點擊Go。要清除檢索史,請點擊Clear History鍵。 注意事項:PubMed最多可保留100個檢索式,超過100個時自動刪除最早的檢索式。
4.“粘貼板”(Clipboard)的用法 Clipboard是在一次檢索中存放檢索結果的地方,以便于集中存盤、打印或訂購原文時使用。粘貼板最多能存放500條記錄。只要粘貼板中有記錄,就可點擊Clipboard查看其中的記錄(記錄為Summary格式)。粘貼板按記錄存放的先后順序顯示記錄題錄。 要把檢索結果全部存入粘貼板中,只需直接點擊Add to Clipboard鍵。如果要把部分檢索結果存入粘貼板,需要點擊該記錄左邊的選擇框后,再點擊Add to Clipboard鍵。完成后,記錄編號的顏色變綠。 (1)將粘貼板中的檢索結果存盤 點擊Clipboard,系統(tǒng)顯示暫時存放在粘貼板中的記錄,選擇顯示格式(顯示格式有6種,系統(tǒng)默認Summary格式,即題錄格式,見圖15-17),然后點擊Display鍵。以Summary格式顯示時,記錄按錄入PubMed的日期降序排列。 檢索結果可以按Summary下拉菜單中的某種格式全部顯示或存盤(不需要選擇記錄),也可經(jīng)選擇后部分顯示或存盤。方法:點擊Summary下欄菜單,從中選擇一種格式,點擊Save鍵保存檢索結果。 要打印檢索結果,需使用網(wǎng)絡瀏覽器的打印功能,打印內(nèi)容僅限于Web頁顯示的內(nèi)容。 如果只起顯示檢索結果,而不顯示W(wǎng)eb頁邊框菜單和工具條等,需點擊Text鍵。當檢索結果超過一頁時,PubMed系統(tǒng)允許從全部檢索結果中挑選完記錄后一次性存盤,不必選一頁存一次。 (2)定購粘貼板中檢索結果的全文 定購文獻全文需要事先與有關文獻外借(Loansome Doc)成員館簽署有關協(xié)議,并需付一暄的費用。 要求提供粘貼板中全部記錄的文獻全文時,可直接點擊Order鍵。要求提供部分文獻的全文時,應先選擇文獻記錄(方法:點擊該記錄左邊的選擇框,使之顯示“(”,再點擊Order鍵。訂購過程完成后,粘貼板中的記錄仍保持原樣不變。 要刪除粘貼板中的全部記錄,直接點擊Remove from Clipboard鍵。要刪除其中部分記錄,需要點擊要刪除的記錄左邊的選擇框,然后點南Remove from Clipboard鍵。
![回到索引](http://pubimage.360doc.com/wz/default.gif) 檢索結果的顯示、存盤、打印 1.顯示檢索結果(Displaying)PubMed系統(tǒng)可用6種不同的格式顯示檢索結果,其默認Summary格式。打開Summary下拉菜單,從中選擇一種預設格式并用鼠標點擊,然后點擊Display鍵,系統(tǒng)按所選格式全部檢索結果;如果只需要顯示其中一部分記錄,則需點擊該記錄左邊的選擇框,使標記后,再點擊Display鍵;如果只需顯示一條記錄,則可直接點擊該記錄中的作者姓名超鏈,系統(tǒng)會自動顯示該記錄的文摘格式,在此界面,也可選擇其他格式令系統(tǒng)顯示。 其中“ASN.1”(Abstract Syntax Notation One)格式是一種國際標準,用于平臺之間(包括計算機之間、Pager與計算機,以及許多其他可能的聯(lián)結設備之間)的相互操作。 點擊Text鍵,系統(tǒng)顯示記錄的純文本形式。 點擊Show鍵,可選擇每頁顯示的記錄條數(shù)。 點擊Select Page的數(shù)字,顯示相應Web頁的記錄。 2.保存檢索結果(Saving) PubMed系統(tǒng)可用不同的格式(同顯示格式)保存檢索結果,其默認Summary格式。PubMed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。 要保存全部檢索結果時,打開Summary下欄菜單選擇其中一種格式,然后點擊Save鍵;要保存特定記錄時,點擊記錄左邊的選擇框予以標記后,再點擊Save鍵。 存盤時PubMed默認文件名為“query.fegi”。該文件名可以修改,文件格式也可在“.fegi”和“.txt”中選擇。選擇.txt格式,便于用文字處理軟件和文本編輯器打開所存文件。如果想存為超文本格式,則需要使用Web瀏覽器的“另存為.....”功能,并選擇“.html”格式后再存盤。 3.打印檢索結果(Printing)使用瀏覽器的打印功能,可打印Web頁上顯示的檢索記錄,默認值為20條。若檢索結果超過20條,則需修改每頁顯示的記錄數(shù)。點擊Show鍵,選擇每頁顯示的條數(shù),然后再打印。系統(tǒng)允許每頁多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式,請先點擊Text鍵,然后再打印。 |
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