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NCBI是我最喜歡的網(wǎng)上MEDLINE檢索站點。在此，我給大家介紹我最喜歡的NCBI MEDLINE檢索中的兩個小技巧——
1.主題詞檢索（MeSH Browser）功能：進入NCBI主頁后（http://www.ncbi.nlm./），點擊頁頂導航欄的PubMed，進入PubMed主檢索頁面（http://www.ncbi.nlm./entrez/）后，在其右側（圖1）即可見到[MeSH Browser]字樣。點擊它就可進入主題詞查找與檢索功能頁面（圖2）。NCBI的主題詞檢索是一個智能檢索系統(tǒng)，例如，當有時檢索者不知英文主題詞該如何寫，或者在輸入主題詞時有錯，該檢索系統(tǒng)均可自動找到或更正主題詞。同時，當檢索多個檢索詞時，NCBI還可通過AND、NOT、OR等進行多項主題詞聯(lián)合檢索。此外，還可對每個主題詞進行副主題詞的選擇。
2.檢索項貯存與追蹤（Cubby）功能：按上述方法進入NCBI PubMed檢索主頁面后（圖1），會在其右側導航欄見到Cubby字樣（圖3）。它所提供的功能就是將你在NCBI PubMed檢索的結果貯存，同時，在以后還可對貯存的結果進行最新文獻追蹤。不過，要使用這一功能，必須先注冊（免費 ）。
NCBI的Cubby功能是我最喜歡的一項功能，其次，就是其主題詞檢索與瀏覽功能。如果你在此兩項功能上尚有疑問，或有什么新的見解，歡迎相互交流！
PubMed使用手冊
（一）PubMed簡介：
1. PubMed是美國家醫(yī)學圖書館(NLM)下屬的國家生物技術信息中心(NCBI)開發(fā)的、基于WWW的查詢系統(tǒng)。
2. PubMed是NCBIEntrez 數(shù)個數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)下中的一個。
3. PubMed是提供免費的MEDLINE、PREMEDLINE與其他相關數(shù)據(jù)庫接入服務，MEDLINE是一個擁有1億字條的巨大數(shù)據(jù)庫。
4. PubMed也包含著與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接，來自第三方的生物學數(shù)據(jù)，序列中心的數(shù)據(jù)等等。
5. PubMed提供與綜合分子生物學數(shù)據(jù)庫的鏈接與接入服務，這個數(shù)據(jù)庫歸NCBI所有，其內容包括：DNA與蛋白質序列，基因圖數(shù)據(jù)、3D蛋白構象，人類孟德爾遺傳在線。
（二）頁面介紹:
在你的瀏覽器中的URL地址框中健入http://www.ncbi.nlm./pubmed/
并單擊回車鍵后，你將進入Pubmed的主頁面。如圖：
主頁面左側框的介紹
· MeShBrowser你可以用它來分層流覽MesH表
· Single CitationMatcher通過填表的形式輸入期刊的信息可以找到某單篇的文獻或整個期刊的內容。
· Batch CitutionMatcher用一種特定的形式輸入期刊的信息一次搜索多篇文獻。
· ClinicalQueries這一部分為臨床醫(yī)生設置，通過過濾的方式將搜索的文獻固定在4個范圍：治療、診斷、病原學與預后。
· Old PubMed(使用以前的PubMed查詢方式)
關于每一項的具體使用方法,后面將會有詳細介紹。
3) Related Resources
· OrderDocuments提供一種收費性質服務，可以使用戶在當?shù)氐玫轿墨I的全文拷貝（費用與發(fā)送方式各不相同）。
· GratefulMed是對另一個NLM基于網(wǎng)絡的查詢系統(tǒng)的鏈接。GratefulMed也提供MEDLINE的接入，并且還有一些其他的數(shù)據(jù)庫如AIDSLINE、HISTLINE等等。
· ConsumerHealth提供與MEDLINEplus的鏈接，MEDLINEplus是與消費者健康信息相關的國家醫(yī)學圖書館的網(wǎng)絡節(jié)點。
· ClinicalAlerts此部分的目的是加快NIH資助的臨床研究成果的發(fā)布。
2. 主頁面底部的介紹
Diclaimer在這里可以得到版權的相關信息，不承諾責任與擔保的聲明，與NLM下載的相關政策。
· Write to the HelpDesk發(fā)e-mail給NLM消費者服務部。
· NCBI|NLM|NIH這里是對創(chuàng)建和維護PubMed的機構網(wǎng)頁鏈接。
3. 下面將舉例說明查詢的主體部分，也就是頁面上部的使用方法。
假如我們這次的工作是查找與gallstone、pain有關的文獻。
1. 在對話框中輸入查詢詞。比如我們這次輸入的是gallstonepain，然后單擊“go”按鈕或按回車鍵，PubMed將會自動開始檢索，并將檢索到的相關條目顯示在屏幕上。
你可以隨時向查詢框輸入查詢詞，點擊“go”按鈕開始新的查詢。“clear”按鈕可以幫你清除查詢框中的內容，然后開始一個新的查詢。
在查詢框前search提示后有一個下拉式菜單，你可以在這里選擇其他的信息資源或NCBI的數(shù)據(jù)庫。
o Structure搜索分子結構數(shù)據(jù)庫(MMD The Molecular Modeling Database，這個數(shù)據(jù)庫保存的是由X線晶體成像、NMR分光光度法建立的三維分子結構。
o Genome 提供所有基因與染色體紀錄與圖片的查詢服務，這個庫中數(shù)以百萬的基因序列是由龐大的基因排序工作得來的。
o PopSet 這個數(shù)據(jù)庫中的內容是由相關種族、人類發(fā)展、突變研究得來的人類進化與人種差異的結果。
下面我們將詳細介紹查詢結果屏幕。
1. 顯示選項（Display Option）
在Display后面有一個下拉式菜單，在這里可以選擇各種顯示選項。
簡要格式（Summary）在缺省設置下PubMed采用這種顯示格式，他所顯示的內容包括以下幾項：
作者：紀錄中的所有作者都獎杯顯示出來。
相關：列出相關內容，如文章、蛋白質、核苷酸等（列出的文章不以摘要格式顯示）。
文章題目：英語以外的語種的題目將被翻譯成英語，并且加上括號。
來源：提供文獻所在期刊名的縮寫，出版時間，卷，頁數(shù)，也包括語種（針對非英語文獻），出版類型。沒有摘要的文獻將顯示“No abstract avilaible”
標識數(shù)字：提供PubMed標示（PMID）與MEDLINE唯一標識（UI）。
簡報格式（ Brief）顯示的條目內容包括作者姓名、文獻名的前10個字母、PubMed唯一標識。
摘要格式（Abstract）將會顯示以下幾項內容：文獻題目、作者、第一作者單位（地址）、期刊來源（期刊名簡寫、出版日期、卷、頁數(shù)）、如果必要加上標注、出版類型、非英語文章加上標注、摘要、備注、PubMed與MEDLINE的唯一標識。
圖例格式（Legend）：顯示文獻出處、名稱、作者、第一作者單位（地址）、摘要、PubMed與MEDLINE的唯一標識。
引證格式（Citation）提供如下信息：文獻出處、文獻題目、作者、第一作者單位（地址）、如果必要加上標注、出版類型、摘要、紅體顯示題目中的錯誤字串、備注、MeSH詞、人名作為主題、（如果存在）化學物質、（如果存在）巨大數(shù)字、PubMed與MEDLINE的唯一標識。
MEDLINE格式（MEDLINE） 用兩字符的形式顯示MEDLINE紀錄中所有的內容，使用這種格式可以把記錄下載到管理書目的軟件程序。
2. 查詢概要（Retrieval Summary）查詢概要顯示了查到所有條目的數(shù)量，以及需要多少頁來顯示，缺省情況下20條/頁。
Show后的下拉式菜單可以選擇相應得每頁顯示的條目數(shù)。
Page選擇頁數(shù)，PubMed根據(jù)你的選擇而顯示不同頁的內容，所選中的頁數(shù)以紅色顯示，單擊〉〉或〈〈顯示其他頁碼。
詳細內容（Details）單擊Details按鈕可以顯示你正在進行的查詢方案，包括查詢詞、MeSH表映射與PubMed詞語索引的映射；錯誤信息，比如禁用詞、截斷警告、錯誤拼寫等；在編輯框中可以編輯一個新的查詢方案，然后重新提交；在這里還可以保存查詢方案。
o 你可以在Details的對話框中修改查詢方案，然后點擊“Search”按鈕進行新的查詢。
o Result下的數(shù)字是查詢結果，并且可以鏈接到現(xiàn)今的查詢結果。PubMed實際上是一個更大數(shù)據(jù)庫PubRef的子集，PubMed的查詢一般不包括PubRef中的條目，除非你在編輯框中將“AND notpubref[sb]”刪除。
o 在Details中保存一個查詢方案：單擊URL按鈕，PubMed將返回到查詢結果窗口，經(jīng)過修改的查詢方案將顯示在對話框中，并且查詢方案也被嵌入URL中，然后使用你的瀏覽器的書簽功能將現(xiàn)在的URL保存成一個書簽，保存后，可以編輯書簽功能將此書簽改為比較容易記憶的名字，使用方法與其他的書簽相同。
o 定期查找功能 如果你想每隔一段時間進行一次同樣的查詢，以找到最新的文獻，可以這樣作：第一步如保存查詢方案，通過選擇書簽的方式重新運行查詢方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜單將時間限定在搜索范圍。
加入剪切板（Add to clipboard）剪切板可以幫你保存察看你在一個或多個查詢里所查到的內容；剪切板中最大的保存數(shù)目是500條；如果你連續(xù)在PubMed或其他Enterz數(shù)據(jù)庫中不進行任何操作達1小時，剪切板中的內容將會消失。要將條目加入剪切板，先將所需要的條目前的復選框選中，然后單擊“Add to clipboard”按鈕，一旦你將一條內容加入剪切板，紀錄數(shù)字的顏色將會改變。
保存（Save）功能是保存查詢到的條目。如須保存所有的查詢結果，先在Display下的下拉菜單中選擇所需顯示格式，單級“Save”按鈕。如果要保存特定的條目，現(xiàn)在條目前的復選框選中，點擊“Save”按鈕。最大的保存的數(shù)量是5000，如果你想保存超過這個書目的內容，PubMed將顯示一條提示你修改查詢的信息。
文本（Text）使用文本功能可以將條目以純文本的方式重新顯示，把那些Web與HTML的內容去除，當看完純文本的內容后，按瀏覽器的“Back”回到以前的Web頁面。你可以使用此功能將PubMed側框與按鈕除掉，在用打印機打印。純文本版本將會顯示你所選中的條目的內容，如果沒有選中任何條目，所有的條目內容都江北顯示出來。
定購（Order）通過一些中間商得到文獻的全文。
練習題：
1. 找出與Shingles、facial paralysis 有關的文獻，用包括摘要與MeSH詞的方式顯示。
2. 找出與hypertension nosebleed有關的文獻，在一頁中顯示所有查到的結果。
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特征欄
特征欄可以選擇一些其他的功能
Limit 單擊特征欄上的Limit顯示Limit頁，這里你可以設定：
o 將搜索范圍設定在一個特定的域。
o 將搜索范圍設定在特定的年齡組、性別組、人類或動物學范圍。
o 也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。
o 設定只搜索包含摘要的文獻。
o 設定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。
o 設定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關的條目）。
下面將逐一進行介紹：
Field Selection（域選擇）
你可以把搜索詞限定在一個特定的域，缺省設置是所有的域；打開下拉菜單選擇你所需的域名。
Only items with abstract（只搜索包含摘要的條目）
如果將這個復選框選中，將只搜索包含摘要的文獻。
Publication Type（出版類型）
其后的下拉菜單是常用的出版類型列表。
Language（語言）
將近40種語言列在此菜單里，都是在搜索時經(jīng)常用到的。
Age（年齡）選擇人類學研究的年齡組。
Gender（性別）在此下拉菜單選擇人類學研究的性別組。
Human or Animal（人類或動物）在此下拉菜單選擇研究對象。
Subset（子集）你可以將自己的搜索限制在下列4個組中的一個。
o 條目處理階段
Publisher：出版商發(fā)送來的原樣
PreMEDLINE：正要往MEDLINE中加入的紀錄
MEDLINE：所有MeSH表索引的紀錄
o 主題詞過濾
AIDS：NLM‘Saids數(shù)據(jù)庫
o 期刊組
AIM：Abridged Index Medicus（120種英文期刊）
Dental：牙醫(yī)學期看的子集
Nursing：護理學期刊的子集
o PubRef：這是一項將搜索詞范圍擴大的服務，選擇此項將會搜索更廣范圍的科學期刊（如物理、天文等）而不是限定在PubMed中，這個選項也可以幫用戶搜索到出版商網(wǎng)址上的文獻全文。
Date(日期) PubMed 中包括自1966年來出版的文獻，新條目周二到周四加入。在PubMed中有兩種日期表示方式：Entrez日期是條目最初被加入PubMed的日期，Publication（出版）日期是文獻出版時的日期。PubMed已Entrez日期順序來顯示你的查詢結果的，最新被加入的紀錄第一個被顯示出來。
Limiting by Date（日期限定）使用Entrez下拉式菜單，可以把你的搜索范圍設定在30天到10年，出版日期下拉菜單有Publication Date 與Entrez Date兩項，以確定使用那種日期記法來設定搜索范圍。使用From、To框輸入一個時間段；以YYYY/MM/DD的格式輸入日期（月和日可不填）
Limit Indicator Limit旁邊的復選框如果處于選中狀態(tài)則表示限定條件生效，如果開始搜索，生效的限定條件將會以黃色框Display按鈕的上面。注意再進行其他搜索前將Limit前的復選框去掉，以消除限定條件。
Preview/Index（預覽/索引）使用特征欄的Preview/Index可以做到：
o 在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。
o 隨時通過增加查詢單詞來修改查詢方案。
o 在特定的搜索域中向方案里加入查詢詞。
o 從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。
o 在你修改查詢時查看方案。
下面將詳細加以介紹：
Preview(預覽)使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。
通過增加一個或多個單詞來修改查詢方案。向查詢框中加入另一個詞語點擊Preview，你可以繼續(xù)向框中加入多個詞語，點擊Preview直到你希望得到的內容,當修改查詢時可以看到搜索方案與查詢結果的數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，使用History可以看到最近100次的查詢結果。History中的Clear History按紐也可以清除Preview/Index中的內容。
向下滾動Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分，使用下拉菜單確定一個搜索域，向文本框中加入詞語，單擊Preview，向查詢框中加入詞語并且可以看到查詢結果。
現(xiàn)在我們向查詢框中加入MeSH詞Nurse，使用下拉菜單確定一個搜索域，向文本框中填加一個詞，單擊Preview，你可以一直這樣加入單詞，單擊Preview，直到完成你的搜索方案。Preriew自動使用“AND”運算符來將單詞合為一體，即要求同時查詢包含兩個詞的文獻。
使用布爾運算符按紐。使用布爾運算符將你要查找的詞語連接起來，OR代表的是要查找的文獻包括第一個搜索詞或第二個詞，NOT為“否”，包括第一個搜索詞而不包括第二個詞的文獻。每加入一個搜索詞都要點擊Preview來列出搜索結果的數(shù)量。
查詢舉例
讓我們查找一下有關碳水化合物(Carbohydrate)或大豆(Soybeans)對骨質疏松癥影響的文獻。
使用下拉菜單確定一個搜索域 ，向文本框中加入一個詞語，單擊AND按紐，我們可以預覽結果或者接續(xù)向文本框中填加搜索詞，我們想找到有關Soybeans的文獻，繼續(xù)往下作，使用下拉菜單選擇一個搜索域，向文本框中加入Soybeans，單擊Preview來查看搜索結果
Index（索引）中選擇搜索詞
o 使用索引按鈕可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中。
o Index（索引）中你可以查看某一個特定搜索域中詞語列表。
o 在這里也可以使用布爾運算符來建立一個查詢方案。
舉例說明：我們在下拉菜單中選擇MeSH Terms作為搜索域，鍵入搜索詞Strikes，點擊Index按鈕，PubMed以字母序顯示所選定搜索域中相關的詞語，使用滾動條來上下移動列表。在單詞右邊的括號里顯示的是包括此詞語的文獻的數(shù)量。使用Up、Down按鈕按頁上下翻動列表。
對話框顯示了搜索詞與搜索域，Result顯示了文獻的數(shù)量。注意：Preview缺省是AND將查詢詞語連在一起的。你可以使用布爾運算符按自己的要求將他們結合起來，但你在使用布爾運算符將查詢詞語輸入對話框以后，必須點擊Preview才能看到查詢結果。
查詢舉例：
將以Legilation and Jurispradence為副標題的Strikes Employs與以Satistics and numerical為副標題的Strikes Employs點擊高亮顯示，單擊AND按鈕將選擇的查詢詞加入對話框，選擇缺省的設置是以OR連接起來的。按住Ctrl鍵，可以在列表中連續(xù)選擇多個查詢詞，當你所有需要的查詢詞都被高亮顯示后，單擊AND或OR將他們加入對話框，這時在PubMed的對話框中是這樣的內容：“Strikes,employee/legislation and jurispredence”[MeSH Terms] OR “Strikes,employee/statistics and numerical data”[MeSH Terms]”
讓我們使用Index再把這次搜索修改一下，我們想把搜索縮小到有關Nurse與已設內容范圍，在輸入框中鍵入Nurse后點擊Index，在索引中選擇Nurse并單擊AND將其加入對話框中。點擊Preview按鈕查看查詢結果的數(shù)量，對話框中顯示的是搜索詞、搜索域與布爾運算符。
History（歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查詢結果，只有當你運行了一次查詢之后，History中才有內容。History屏幕將會顯示：你的查詢方案、查詢時間、查詢到的文獻數(shù)量。
使用History（歷史記錄）
你可以在查詢方案中使用查詢序數(shù)（the search Statement Number）,如#1、#2、#3等等。
例子：#1 AND #2、#7 AND #14。
如上個例子顯示的，布爾運算符的字母必須大寫。
History的一些小知識：
o History內所能記錄的最大查詢數(shù)是100
o 一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會將最早的查詢除去，加進最新的一次查詢。
o 如果兩次查詢內容相同，PubMed會將頭一次的去除。
o 注意：查詢序數(shù)不能用在Detail中的保存到URL功能中，這是因為盡管查詢方案被保存了，但你的History在你1小時沒有動作后將會消失，這時你保存的方案中的查詢序號也就會失效。
o 點擊 Clear History可以將History中的所有內容清除。
Clipboard（剪切板）剪切板可以幫助你保存或查看在一個后多個查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購剪切板中的內容了。將條目左邊的復選框選中，單擊”Add to clipboard”就可以將其加入剪切板中，一旦某條被加入，剪切板的記錄號碼將會改變顏色。
剪切板使用的小知識
o 如果你沒有用復選框選擇任何條目，而去點擊Add to clipboard，PubMed將會向其中加入500個條目。
o 剪切板中最大的儲存數(shù)是500條。
o 剪切板中的內容如果你一小時沒有任何操作將會消失。
使用剪切板
點擊特征條上的Clipboard來觀看剪切板中的內容，如果想刪除剪切板中的某些項目，先將其左面的復選框選中，然后點擊Remove from clipboard按鈕；要想清空剪切板，不選任何條目，單擊Remove from clipboard按鈕
保存剪切板中的內容，首先選擇一種顯示方式，選中你想要的條目（如果想保存所有的條目，則哪個也不選），點擊Save按鈕。
Order（訂購）在PubMed中查到的只是有關一篇文獻的信息，而真正的文獻全文是不提供的。PubMed的Order功能提供的就是通過一些中介機構來獲得全文的服務，這項服務通常是收費的。
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