４ ０ （ ３ ）· 專 家 共 識 ·微 衛(wèi) 星 不 穩(wěn) 定 性 （ Ｍ Ｓ Ｉ ） 檢 測 技 術(shù) 專 家 共 識中 國 醫(yī) 師 協(xié) 會 醫(yī) 學(xué) 技 師 委 員 會 病 理 技 術(shù) 專 家 組 ， 中 國 醫(yī) 學(xué) 裝 備 協(xié) 會 病 理 裝 備 分 會 標(biāo) 準(zhǔn) 化 部 ， 中 國 研 究 型 醫(yī) 院學(xué) 會 病 理 學(xué) 專 業(yè) 委 員 會 病 理 技 術(shù) 學(xué) 組 ， 中 國 抗 癌 協(xié) 會 腫 瘤 病 理 專 業(yè) 委 員 會 病 理 技 術(shù) 學(xué) 組關(guān) 鍵 詞 ： 微 衛(wèi) 星 ；

測 ， 在 醫(yī) 院 內(nèi) 開 展 腫 瘤 CGP NGS 檢 測 具 有 以 下 優(yōu) 本 建 議 圍 繞 覆 蓋 范 圍 更 全 面 的 CGP NGS 檢 測 項勢 ： （1 ） 強 監(jiān) 管 ， 醫(yī) 院 嚴(yán) 格 的 質(zhì) 量 管 理 體 系 以 及 公 益 目 ， 對 其 他 腫 瘤 進 行 NGS 檢 測 ， 如 實 驗 室 自 建 熱 點性 能 確 保 結(jié) 果 的 準(zhǔn) 確 性 ， 以 及 臨 床 樣 本 和 數(shù) 據(jù) 的 安 NGS 檢 測 等 也 具 有 參 考 借 鑒 價 值 。

后 顱 窩 室 和 臨 床 特 征 ， 譬 如H3- 橋 腦 型 和H3- 延 髓 型 都 伴 有H3K27M管 膜 瘤 的3 個 亞 型 分 別 為 室 管 膜 下 瘤 、 后 顱 窩 室 管 膜 瘤A 型 突 變 ， 均 屬 于 彌 漫 性 中 線 膠 質(zhì) 瘤 ， 但 兩 者 的 發(fā) 病 機 制 不 相 同 ，(EPN-A 型 ， 無H3K27me3) 及 后 顱 窩 室 管 膜 瘤B 型(EPN-B H3- 橋 腦 型 存 在 細(xì) 胞 周 期 信 號 通 路 異 常 ，H3- 延 髓 型 多 為 免型 ， 保 留H3K27me3) ；

ctDNA臨床使用手冊。ctDNA水平、測序深度和廣度對ctDNA檢測能力的影響。嚴(yán)重影響ctDNA檢測可能性的因素包括血漿樣品中的ctDNA水平，突變體位置的測序深度和跟蹤的變異的數(shù)量，即分析的廣度。ctDNA檢測在癌癥患者中的臨床應(yīng)用現(xiàn)狀。早期具有里程碑意義的研究描述了ctDNA在不同實體腫瘤中具有的不同水平，并與腫瘤負(fù)荷相關(guān)，并證明ctDNA的半衰期從幾分鐘到幾小時不等，盡管尚未進行適當(dāng)?shù)乃幋鷦恿W(xué)研究來準(zhǔn)確確定這一點。

LDTs的破局之路，F(xiàn)DA啟動腫瘤IVD檢測試點計劃，提高腫瘤學(xué)測試的透明度。新的試點計劃旨在幫助降低使用實驗室自建方法進行腫瘤藥物治療決策的風(fēng)險，同時FDA繼續(xù)研究更廣泛的使用方法。根據(jù)對這些信息的評估，F(xiàn)DA 將在 FDA 網(wǎng)站上發(fā)布推薦用于類似測試的最低性能特征，這些測試可用于選擇接受批準(zhǔn)藥物治療的患者。FDA器械與輻射健康中心主任Jeff Shuren，MD，JD在一份新聞稿中說：“我們相信這一指南和試點計劃的啟動是解決使用性能不佳的實驗室開發(fā)測試帶來的安全風(fēng)險的重要步驟”。

另 外 ， 二 代 測 序 儀 需 配 置 較 高 的 硬 件 設(shè) （ 二 ） 高 通 量 測 序 檢 測 分 枝 桿 菌 病 的 適 宜 送 檢［ ２ １ ］備 和 計 算 資 源 ， 且 操 作 相 對 復(fù) 雜 。對 于 不 同 的 測 序 方 法 ， 在 檢 測 報 告 中 都 應(yīng) 標(biāo) 注 均 報 告 陰 性 結(jié) 果 ， 但 仍 需 考 慮 與 其 他 感 染 性 疾 病 相樣 本 測 序 獲 得 的 數(shù) 據(jù) 量 、 測 序 質(zhì) 量 、 平 均 讀 長 、 測 序 鑒 別 的 患 者 ， 建 議 送 檢 。

文庫中異源雙鏈體的存在可影響文庫片段大小的測定?；蚪M DNA (gDNA) 文庫是為下一代測序 (NGS) 準(zhǔn)備的，方法是將 gDNA 片段化并將接頭雙鏈體連接到片段的末端。對于 gDNA 文庫的 PCR 擴增，引物被設(shè)計為與片段上的接頭序列退火。文庫片段分析：常規(guī)方法構(gòu)建的文庫：正常文庫+異源雙鏈文庫。gDNA 文庫樣品經(jīng)過指定的擴增循環(huán)數(shù)，并使用Agilent 7500 DNA Assay（左圖）或High Sensitivity DNA Assay（右圖）進行分析。

變異探針Panel包含120nT探針，它們要么與其靶序列完全匹配(對照)，要么沿著探針隨機錯配分布或要么沿著探針連續(xù)續(xù)分布。這是因為大多數(shù)完全互補探針與其他探針之間的距離很近(<250 nt)，而所有單錯配探針與其他探針之間的距離都設(shè)計為至少250 nt。此外，斷點取決于探針的GC含量和不匹配的數(shù)量——在有15個不匹配的探針中，只有那些GC最低(<40%)的探針顯示出<2%的平均捕獲效率，但當(dāng)有20個不匹配時，GC <50%的探針無效。

等位基因頻率（VAF）和平均腫瘤分子數(shù)（MTM）與腫瘤負(fù)荷的相關(guān)性。Additionally, VAF values were observed to plateau asymptotically as MTM increases, limiting the utility of VAF on making any clinical interpretations. Red line indicates the linear correlation between MTM and VAF (logVAF = 0.86 logMTM-3.3 with an R2= 0.91).當(dāng)cfDNA濃度為50+ ng/mL時，在任何特定的MTM值上，VAF值都觀察到廣泛的(統(tǒng)一的)分布。

基于Tumor-Fnformed MDR檢測個性化Panel 的設(shè)計原理。全外顯子組測序?qū)υl(fā)腫瘤和匹配的正常(全血)樣本進行測序，根據(jù)測序結(jié)果，通過生物信息學(xué)方法鑒定了每個患者特有的體細(xì)胞單核苷酸變異 (SNV) 列表，確定體細(xì)胞突變、克隆突變（這些變異存在于腫瘤中但不存在于種系中）。使用正常細(xì)胞的測序數(shù)據(jù)從腫瘤組織DNA中過濾出CHIP突變，從而減少假陽性結(jié)果，并將超深NGS測序重點放在每個患者有限數(shù)量的腫瘤特異性突變上具有重要意義。

用于早期分子殘留病 (MRD) 檢測的Tumor-informed和Tumor-naive方法的比較。2 Currently there are two approaches for assessing MRD using ctDNA: one that is informed by genomic sequencing of the primary tumor (tumor-informed), and another that is uninformed by the mutations in the primary tumor (tumor-naive).Comparison of tumor-informed assays and tumor-naive assays for patients with early-stage CRC.

中靶率描述了映射到目標(biāo)區(qū)域的測序數(shù)據(jù)的百分比，脫靶率是指映射到其他區(qū)域的測序數(shù)據(jù)(圖1B)。提高(降低)Fold-80得分降低了過度測序目標(biāo)區(qū)域的覆蓋率深度，增加了未測序目標(biāo)區(qū)域的覆蓋深度。在實際工作中，我們根據(jù)期望達到的目標(biāo)測序深度來分配數(shù)據(jù)量，即決定了這次測序的平均深度（平均深度=數(shù)據(jù)量/探針大小）。而當(dāng)某個區(qū)域的實際測序深度低于目標(biāo)深度時，我們可能會認(rèn)為這部分?jǐn)?shù)據(jù)質(zhì)量不好而丟棄它，導(dǎo)致這一區(qū)域無測序數(shù)據(jù)。

基于擴增法及雜交捕獲建庫技術(shù)的優(yōu)劣分析。Hybrid Capture-Based Enrichment.PCR Amplicon-Based Enrichment.利用與基因組相關(guān)區(qū)域互補的單鏈DNA或RNA探針進行雜交捕獲富集。使用目標(biāo)區(qū)域側(cè)翼序列特異性引物進行PCR擴增。核酸投入量。對核酸投入量要求較高。兼容具有挑戰(zhàn)性的樣本類型（如FFPE樣本、脫鈣樣本）XGen NGS Hybrid capture (IntegratedDNA Technologies)Swift Hybrid Capture (Swift Biosciences,Ann Arbor, MI, USA)

本研究小組對 760 例患者用 cfRNA 逆轉(zhuǎn)錄-PCR 檢測 PD-L1 的初步數(shù)據(jù)顯示，cfRNA 檢測的 PD-L1 表達水平與 IHC 檢測的腫瘤組織 PD-L1 水平相似。此外，在無癌個體中缺乏可測量的PD-L1 cfRNA，提示血液中PD-L1 cfRNA的存在可能是檢測癌癥復(fù)發(fā)的一個潛在標(biāo)記，因為尚未在健康個體的cfRNA中檢測到PD-L1。這些結(jié)果表明，當(dāng) cfDNA 可測量時，cfRNA 和 cfDNA 總水平的變化是一致的，因此 cfRNA 可能是治療療效隨時間變化的有效監(jiān)測指標(biāo)。

l The shedding of ctDNA is affected by histology, grade,stage, and size of the tumor thus timing of ctDNA testing should be discussedwith the FDA and should be supported by performance characteristics of thetest, disease characteristics and tumor biology. ctDNA的脫落受腫瘤的組織學(xué)、分級、分期和大小的影響，因此ctDNA檢測的時間應(yīng)與FDA討論，并應(yīng)根據(jù)檢測的性能特點、疾病特點和腫瘤生物學(xué)來支持。

生產(chǎn)企業(yè)應(yīng)識別分組因素，為每一個具有顯著性差別的組別提供參考值（參考區(qū)間），并且說明是否對組之間的差別進行了檢驗，如性別、年齡、饑餓/非饑餓、一天中的取樣時間、妊娠、體位等。

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2.雙方協(xié)商報告編制費、并簽署商務(wù)合同；