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零基礎(chǔ) | 鼠標(biāo)點點「TBtools-RNAseq」界面化轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析使用指北

 生信藥丸 2024-12-15 發(fā)布于貴州

晚間,收到還在海外的朋友說 TBtools 幫了他大忙... 當(dāng)然我完全沒想到是 他用 TBtools RNAseq 系列插件更新了課題組多年數(shù)據(jù),挖到了不錯的基因,也驗證拿到了表型。細(xì)細(xì)討論才知道,主要原因是以前的參考基因組不完善,注釋也不行,結(jié)果不理想就放著吃灰。這個哥們運氣很好,只是想隨便跑跑看,沒想到因為更新一下基因組版本,用TBtools簡單點點練手卻挖到了不錯的故事.... 這一系列插件是眾籌開發(fā),曾經(jīng)完全開放,諸多原因又關(guān)閉開放,現(xiàn)在已經(jīng)不在我的覆蓋范疇,由朋友去折騰。上次到在貴州一起吃了個飯,提及他們做了大量優(yōu)化更新,我覺得挺好。有時候,我們需要的是好用的能用的工具,花錢也行。

--CJ

凌晨錄制的講演,年前填補兩年前的坑。

直接在 TBtools 中開展轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析,尤其上游,從「原始測序數(shù)據(jù)(.sra/.fastq)」到「基因表達(dá)量與差異表達(dá)基因」。

如此,任何人都能輕松地直接在 Windows 下 或者 MacOS 下開展 RNAseq 數(shù)據(jù)分析。

為什么要掌握轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析技能?

?時時刻刻看遍基因表達(dá):

    ?自主完成常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析,隨時可看基因表達(dá)

?充分利用已有數(shù)據(jù):

    ?1)公共數(shù)據(jù)庫 SRA ;

    ?2)實驗室已有舊數(shù)據(jù)

?更新已有結(jié)果:

    ?1)基因組序列更新了;

    ?2)基因組注釋更新了。

為什么要開發(fā)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列插件?

    1. 認(rèn)為好玩,值得一試

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    3. 解決問答煩惱

    4. 沒有服務(wù)器,課題太忙

    5. 繼續(xù)拆除常規(guī)數(shù)據(jù)分析門檻

TBtools 有別于其他生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析解決方案的地方

本地化,隨時可以使用 容易掌握,且不容易忘卻 兩年前嘗試眾籌開發(fā) TBtools RNAseq 系列插件,也寫了系列教程。但不夠直觀。當(dāng)時便提到要組織視頻使用教程。一直沒有時間,近日碎片化時間較多,決定填坑。

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