【原】GO富集分析條目名稱太太太長(zhǎng)了，怎么展示？

生信交流平臺(tái) 2024-11-15 發(fā)布于上海

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不知道小伙伴們，做GO或者是KEGG富集分析的時(shí)候有沒有遇到過富集結(jié)果里面有些條目的名字，特別長(zhǎng)。小編最近就遇到一個(gè)，

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen，這個(gè)GO條目一共有187個(gè)字符。

畫出來(lái)的效果是這樣的，其實(shí)也能起到展示的目的，無(wú)非就是沒有那么美觀。

于是小編嘗試去尋找解決辦法。在dotplot的函數(shù)說明里面有一個(gè)參數(shù)，叫做label_format

理論上這個(gè)參數(shù)就是控制標(biāo)簽換行的，默認(rèn)值是30。也就是說如果標(biāo)簽的長(zhǎng)度超過30個(gè)字符就會(huì)換行。

前面小編也給大家分享過

? 【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

奇怪的是，畫這個(gè)圖的時(shí)候，好像這個(gè)參數(shù)失效了。并沒有按照30的長(zhǎng)度去換行。調(diào)整label_format這個(gè)參數(shù)似乎也不起作用。我不知道是不是跟我的R版本和enrichplot的版本有關(guān)系。小編的R是4.1.0， enrichplot包的版本是1.12.2。

研究了一下找到了一個(gè)解決方法，分享給大家

library(clusterProfiler)dotplot(ego, split="ONTOLOGY",showCategory = 10) +   facet_grid(ONTOLOGY~., scale="free")+  scale_y_discrete(labels=function(x) str_wrap(x, width=110))

這里width控制的就是換行的長(zhǎng)度，這里設(shè)置成110個(gè)字符，可以把最長(zhǎng)的那個(gè)標(biāo)簽變成兩行來(lái)展示，效果如下。