上面一個帖子，我們已經(jīng)構(gòu)建了擬南芥轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的motif數(shù)據(jù)庫，今天我們隨便找了一個擬南芥的例子來看一下，用的是一個葉片的例子。

注釋也是粗略做了一下，只做測試，不做質(zhì)量參考。

我們基于前面測試的python版本的腳本來運行。

=======第一步：轉(zhuǎn)化成loom文件=======

Rscript get_count_from_seurat.R -i arabidopsis.rds -s 200 -l out -a RNA

從而獲得out.loom和subset.rds文件。

=======第二步：運行pyscenic腳本=====

pyscenic_from_loom.sh -i out.loom -n 60    #我在一個大內(nèi)存節(jié)點上運行的，機器性能小的，修改一下并行的線程個數(shù)

其中需要修改腳本里面的幾個庫文件。

注：其中Athaliana.regions_vs_motifs.rankings.feather是上個帖子我們生成的擬南芥的motif文件。Ath.TF.txt包含擬南芥所有TF的ID。Ath.motif.tbl是我根據(jù)下載的human的那個文件，把motif的相關(guān)信息給替換成了擬南芥的。

修改庫文件

Ath.TF.txt

Ath.motif.tbl

最終獲得aucell.loom文件。

=========第四步：計算RSS=======

Rscript calcRSS_by_scenic.R -l aucell.loom -m metadata_subset.xls -c celltype -a RNA

最終可獲得前面可視化的那些圖片。

比如：

regulon_activity_in_celltype

regulon_activity_in_sd_topgene_celltype

regulon_RSS_in_plotRSS_celltype

regulon_RSS_in_sd_topgene_celltype

regulons_activity_in_dotplot

regulons_RSS_celltype_in_dotplot

all_regulon_activity_in_allcells

all_regulons_activity_in_celltype

all_regulons_RSS_in_celltype

50_regulon_netplot