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流式細(xì)胞術(shù) (FCM) 可以在短時(shí)間內(nèi)以合理的成本研究來自數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞和數(shù)百個(gè)樣本的數(shù)十個(gè)參數(shù)，其生成的數(shù)據(jù)量相當(dāng)可觀。計(jì)算方法可用于識別新的亞群和分子生物標(biāo)志物，但通常需要深入的生物信息學(xué)專業(yè)知識和不同平臺的使用。為了克服這些限制，近日《Nature Communications 》發(fā)表了一種交互式、用戶友好的Web工具—— CRUSTY，用于快速識別高維FCM數(shù)據(jù)中的群體。 CRUSTY是什么？ CRUSTY是一種交互式、用戶友好的Web工具，結(jié)合了最流行的FCM數(shù)據(jù)分析算法，能夠可視化圖形和表格結(jié)果，并在幾分鐘內(nèi)自動生成出版質(zhì)量的數(shù)據(jù)。CRUSTY還擁有一個(gè)交互式界面，用于實(shí)時(shí)探索結(jié)果。因此，CRUSTY 使大量用戶能夠挖掘復(fù)雜的數(shù)據(jù)集，并減少數(shù)據(jù)探索和解釋所需的時(shí)間。 CRUSTY工作流程概述 CRUSTY 架構(gòu)由 (i) 輸入數(shù)據(jù) Web 管理器組成；(ii) 基于計(jì)算管道的后端：https://github.com/luglilab/Cytophenograph；(iii) 用于結(jié)果可視化的交互式細(xì)胞瀏覽器。 CRUSTY的主要功能 CRUSTY通過標(biāo)準(zhǔn)瀏覽器提供，具有直觀的界面，用戶可以控制每個(gè)計(jì)算步驟的各種參數(shù)。CRUSTY功能基于Scanpy Python包，其包含最全面的數(shù)據(jù)分析工具集，具有最新的方法和頻繁的更新。該網(wǎng)絡(luò)工具集成的功能例如，PhenoGraph、pyVIA和FlowSOM包中的聚類函數(shù)，非線性降維方法（umap-learn），以及用于質(zhì)量控制（FlowAI）和批量校正（Scanorama）的工具。CRUSTY還提供了一個(gè)交互式界面，用于實(shí)時(shí)快速可視化結(jié)果。CRUSTY自動生成矢量化的高質(zhì)量圖，用于直接插入研究文稿。CRUSTY可以通過專用的web服務(wù)器輕松訪問(https://crusty./)，因此不需要在用戶的計(jì)算機(jī)上安裝軟件包。原則上，CRUSTY可用于分析任何FCM和質(zhì)譜儀數(shù)據(jù)集，從而填補(bǔ)了高維數(shù)據(jù)生成和探索之間存在的空白。 CRUSTY交互式FCM數(shù)據(jù)分析 CRUSTY與同類工具的比較 盡管有多種商業(yè)軟件可用于分析FCM數(shù)據(jù)，但高維數(shù)據(jù)集通常通過R或Python中的開源生物信息學(xué)算法進(jìn)行處理。最近開發(fā)了可免費(fèi)用于聚類分析的Web服務(wù)器，但與CRUSTY相比有局限性。 未來，CRUSTY還將持續(xù)更新。訪問CRUSTY ?? https://crusty./. 使用Python實(shí)現(xiàn)的流程源代碼可在GitHub上免費(fèi)下載： ?? https://github.com/luglilab/Cytophenograph. Docker鏡像可在Docker Hub公共存儲庫中獲?。?nbsp; ?? https://hub./r/sinnamone/cytophenograph5. 建議對技術(shù)細(xì)節(jié)感興趣的小伙伴請參考文獻(xiàn)原文~ 對于文獻(xiàn)整理過程中有翻譯不當(dāng)或錯(cuò)誤也歡迎大家在評論區(qū)留言指出，互相交流學(xué)習(xí)！ 多優(yōu)質(zhì)內(nèi)容請點(diǎn)擊下方名片，關(guān)注“國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺”和“深圳國家基因庫”公眾號。 參考文獻(xiàn) Puccio, S., Grillo, G., Alvisi, G. et al. CRUSTY: a versatile web platform for the rapid analysis and visualization of high-dimensional flow cytometry data. Nat Commun 14, 5102 (2023). https:///10.1038/s41467-023-40790-0 
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