由于技術(shù)的快速發(fā)展和成本的大幅降低，宏基因組下一代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）的應(yīng)用正在從研究轉(zhuǎn)向臨床實(shí)驗(yàn)室。盡管許多研究和病例報告已經(jīng)證實(shí)mNGS在改進(jìn)傳染病的預(yù)防、診斷、治療和追蹤方面取得了成功，但仍有一些障礙必須克服。mNGS的結(jié)果會展示樣本中的全部可能病原體，然而面對著數(shù)千種會感染人類的微生物，如何準(zhǔn)確判讀其中關(guān)鍵致病病原體是具有挑戰(zhàn)性的。迄今為止，在臨床實(shí)踐中，mNGS的解讀標(biāo)準(zhǔn)也尚未統(tǒng)一。本文就mNGS在不同系統(tǒng)中病原體感染的結(jié)果解讀，mNGS結(jié)果的臨床解讀和應(yīng)用規(guī)則，以及mNGS解讀在病原體診斷中面臨的挑戰(zhàn)進(jìn)行闡述。

病例分享：發(fā)熱男子，CT判斷病原體全落坑，NGS精準(zhǔn)揭秘

感染性疾病是臨床常見疾病，而病原體診斷是其診治中的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。傳統(tǒng)的病原體檢測方法耗時長、陽性率低，難以滿足臨床需求。宏基因組下一代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）作為一種新型病原檢測方法，既不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng)，也不需要特異性擴(kuò)增，且其檢測范圍廣泛，可檢測細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲、罕見病原體，甚至未知病原體^［1］。mNGS具有隨機(jī)、無偏倚特征，可以準(zhǔn)確獲得檢測樣本中所有核酸信息，與已知的微生物序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析（比對：指將測序的序列與參考基因組進(jìn)行匹配的過程），根據(jù)序列信息鑒定樣本中所含的所有病原微生物，分析出致病病原體，指導(dǎo)臨床診斷和治療，預(yù)防病情進(jìn)一步惡化，尤其在疑難、罕見感染性疾病中發(fā)揮著重要作用^［2］。目前，mNGS已被報道用于呼吸系統(tǒng)、中樞神經(jīng)系統(tǒng)、血流感染、骨和關(guān)節(jié)、眼部感染等多系統(tǒng)感染性疾病的診斷和病原鑒定^［3, 4］。

然而，對于mNGS結(jié)果的解讀尚缺乏“陽性或陰性”的定義等標(biāo)準(zhǔn)，對結(jié)果也沒有統(tǒng)一明確的解讀規(guī)范，包括序列數(shù)閾值、敏感性及特異性評估的統(tǒng)一臨床標(biāo)準(zhǔn)^［5］，因此與所有其他新技術(shù)一樣，在解釋和報告數(shù)據(jù)方面仍然存在重大困難和挑戰(zhàn)^［6］，也容易導(dǎo)致不同操作人員的檢測結(jié)果不同，因此造成mNGS存在一定的假陽性和假陰性，可能會影響mNGS的臨床應(yīng)用。mNGS的另一大主要局限性是無法區(qū)分被檢測病原體的致病性狀態(tài)，以及難以區(qū)分致病性微生物和定植微生物。例如，在一項(xiàng)研究中，利用mNGS在100份肺泡灌洗液樣本中鑒定了225種細(xì)菌、真菌和26種病毒，其中大部分屬于呼吸道共生微生物組或污染，無臨床相關(guān)性^［7］。并且如此大量的信息會使醫(yī)生在做臨床決策時感到困惑，甚至產(chǎn)生誤導(dǎo)。到目前為止，大多數(shù)關(guān)于mNGS的研究都集中在其對特定病原體感染的診斷價值上^［8, 9］，關(guān)于準(zhǔn)確解釋所有檢測結(jié)果的文獻(xiàn)及解釋規(guī)范很少。本文主要闡述mNGS應(yīng)用于不同系統(tǒng)中病原體感染的結(jié)果解讀，mNGS結(jié)果的臨床解讀和應(yīng)用規(guī)則，以及mNGS解讀在病原體診斷中面臨的挑戰(zhàn)，以期更好地指導(dǎo)mNGS在臨床診斷中的應(yīng)用。

一、不同系統(tǒng)中病原體感染的結(jié)果解讀

1.呼吸系統(tǒng)感染：

呼吸道感染往往由多種病原體引起，包括細(xì)菌、真菌、病毒和寄生蟲，因此，準(zhǔn)確、及時地診斷感染原因?qū)τ诤粑栏腥镜倪m當(dāng)治療和改善預(yù)后至關(guān)重要，特別是對于合并感染需要聯(lián)合治療的患者^［10］。呼吸道樣本是開放性樣本，通常會含有呼吸道定植菌群。肺泡灌洗液原則上應(yīng)是無菌樣本，但是由于取樣的不規(guī)范，也會存在污染定植菌的問題。所以對于呼吸道樣本要根據(jù)病原體的致病性分級考慮^［11］。結(jié)果解讀時先不考慮常見定植微生物，例如韋榮球菌屬、普雷沃菌屬、羅氏菌屬、奈瑟菌屬、放線菌屬、卟啉單胞菌屬等；但是對于條件致病菌，需根據(jù)其檢出相對豐度和臨床指征，判斷是否為致病病原體（相對豐度：指除去宿主序列之后，某微生物物種序列在相應(yīng)大類物種中的分布比例）；如果存在大量的背景菌或雜菌序列，而無主導(dǎo)微生物，首先應(yīng)考慮污染，其次考慮條件致病菌。有研究認(rèn)為條件致病細(xì)菌和真菌在種水平上的相對豐度大于30%可考慮為潛在病原體^［12］。對于嚴(yán)格致病菌，例如結(jié)核分枝桿菌、鼠疫耶爾森菌、布魯菌、諾卡菌、軍團(tuán)菌等胞內(nèi)菌，則檢出一條特異性序列即可考慮是致病病原體^{［13, 14, 15］}。Miao等^［15］認(rèn)為結(jié)核分枝桿菌的DNA提取困難且污染可能性低，在20 M數(shù)據(jù)量下，當(dāng)至少有一條特異性序列在種或?qū)偎脚c參考基因組對齊時，可認(rèn)為是陽性；對于真菌（主要包括曲霉屬、毛霉屬、隱球菌屬和雙相真菌等）的鑒定，其特異性序列數(shù)是任何其余真菌的5倍以上，判為陽性；而當(dāng)病毒的特異性序列數(shù)≥3時，則可認(rèn)為是陽性。

2.中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染：

傳統(tǒng)的微生物檢測通常不足以檢測出所有的神經(jīng)侵襲性病原體，而腦脊液或腦組織的mNGS檢測可篩查幾乎所有潛在的中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染，并識別出罕見的或新的病原體^［16］。由于腦脊液被認(rèn)為是一個正常無菌的部位，對腦脊液mNGS數(shù)據(jù)的解讀將比來自非無菌部位（如呼吸道和糞便）的數(shù)據(jù)更直接。在一項(xiàng)為期1年的多中心前瞻性研究中，美國Charles Chiu實(shí)驗(yàn)室對1年內(nèi)美國8家醫(yī)院的204例原發(fā)性腦炎、腦膜炎或脊髓炎患者的腦脊液樣本進(jìn)行了mNGS檢測，并首先為國外腦脊液病原體鑒定建立了mNGS檢測的閾值標(biāo)準(zhǔn)^［17］。同樣地，有作者^［18］在國內(nèi)也開展了一項(xiàng)前瞻性、多中心系列案例研究，對1年內(nèi)中國20家醫(yī)院的276例腦炎或腦膜炎患者的腦脊液樣本進(jìn)行了mNGS檢測，并主張基于標(biāo)準(zhǔn)化為20 M的測序數(shù)據(jù)量中種特異性序列數(shù)（species specific read numer，SSRN）進(jìn)行判斷：（1）對于胞外細(xì)菌、真菌（隱球菌除外）和寄生蟲，若檢測到的SSRN≥30，在陰性對照中未出現(xiàn)且在細(xì)菌、真菌、寄生蟲中排名前10位，或者在陰性對照中出現(xiàn)，檢出序列數(shù)是陰性對照的10倍且在過去1個月內(nèi)未高頻出現(xiàn)（高頻判斷標(biāo)準(zhǔn)：同一標(biāo)本類型頻次>25%），則樣本結(jié)果為陽性；（2）對于胞內(nèi)細(xì)菌（結(jié)核分枝桿菌和布魯菌除外）和隱球菌，若檢測到的SSRN≥10，在陰性對照中未出現(xiàn)且在細(xì)菌、真菌中排名前10位，或者在陰性對照中出現(xiàn)，檢出序列數(shù)是陰性對照的10倍且在過去1個月內(nèi)未高頻出現(xiàn)，則樣本結(jié)果為陽性；（3）對于病毒、結(jié)核分枝桿菌和布魯菌，若檢測到的SSRN≥3，則認(rèn)為結(jié)果為陽性。從上述陽性判斷標(biāo)準(zhǔn)可以看出如果某些病原體的豐度極低，盡管能被檢測到，但可能低于給定mNGS檢測的臨床報告閾值^［2］，從而被判讀為陰性。

3.血流感染：

血流感染（blood stream infection，BSI）是一種由病原微生物入侵引起的嚴(yán)重的全身感染性疾病，可對人體組織器官造成不同程度的損害^［19］。BSI測序包括兩種方法，即血漿循環(huán)游離DNA（circulating free DNA，cfDNA）和全血測序^［20］。全血測序這種方法可以直接識別血液中存在的病原體，并克服了cfDNA檢測的一些局限性，如對腸道、口腔等細(xì)菌的非特異性檢測，以及不能檢測抗生素耐藥性（antimicrobial resistance，AMR）^［21］。健康個體的血液中也存在少量微生物游離 DNA，綜合幾項(xiàng)血流感染mNGS的研究，可總結(jié)出mNGS陽性結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)如下：（1）細(xì)菌（不包括分枝桿菌）和病毒：其覆蓋度比其他細(xì)菌、病毒高10倍^［22］（覆蓋度：指達(dá)到給定深度的測序堿基占整個基因組或目標(biāo)區(qū)域的百分比）；（2）真菌：由于其提取DNA的生物量較低，其覆蓋度比其他真菌高5倍^［23］。在覆蓋度排名前10或前5的病原體中，如果特異性序列數(shù)>3，則應(yīng)將致病微生物視為陽性^［24］。

4.骨和關(guān)節(jié)感染：

骨和關(guān)節(jié)感染（bone and joint infections，BJIs）是復(fù)雜的感染，需要精確的微生物記錄來優(yōu)化抗生素治療，病原微生物的鑒定是準(zhǔn)確診斷和成功治療BJIs的關(guān)鍵^［25］。為了識別BJIs的病原體，根據(jù)Cai等^［26］研究，將細(xì)菌鑒定的最佳閾值為屬水平相對豐度≥15%，真菌鑒定的最佳閾值為屬水平相對豐度≥30%。在Huang等^［4］對骨關(guān)節(jié)感染的研究中提到伯克霍德菌屬（Burkholderia）、羅爾斯頓菌屬（Ralstonia）、噬酸菌屬（Acidovorax）和代爾夫特菌屬（Delftia）在各屬水平上的相對豐度≥85%時才為陽性，之所以如此判讀是因?yàn)樗鼈儽徽J(rèn)為是實(shí)驗(yàn)室中最常見的污染屬，且很少被鑒定為BJIs的病原體。

5.眼部感染：

有研究已表明，mNGS能夠成為眼部感染和眼表疾病的可靠診斷工具^［27］，但由于可能涉及的病原體眾多，導(dǎo)致感染性眼病的病原學(xué)診斷成為難點(diǎn)。在一項(xiàng)眼部感染（葡萄膜炎）的研究中^［28］，鑒于樣本量少，學(xué)者采用了一種保守而簡單的方法來避免對測序結(jié)果的過度解釋。首先，利用陰性對照（水）來識別背景菌和實(shí)驗(yàn)室污染菌；然后從患者樣本中檢測到的生物列表中進(jìn)行背景、污染菌去除。如果滿足以下條件，剩余的生物體則被認(rèn)為是潛在的病原體：（1）該微生物在物種水平上具有≥20個非冗余的，基于核苷酸比對的特異性序列數(shù)；（2）對于被認(rèn)為是潛在病原體的生物體，它必須具有已知的致病潛力。

6.尿路感染：

尿路感染（urinary tract infections，UTIs）是一個嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題，80%以上的尿路感染是由大腸桿菌引起的，其他較常見的是肺炎克雷伯菌、奇異變形桿菌、糞腸球菌和腐生葡萄球菌等^［29］。但由于近年來抗生素濫用嚴(yán)重，其他細(xì)菌引起的病例也在增加，隨之而來的是病原體對抗生素的耐藥性急劇增加^［30］。然而，目前尚無研究建立尿路感染病原體閾值的標(biāo)準(zhǔn)，這使得結(jié)果仍然難以解釋。

7.復(fù)雜和罕見病原體感染：

病原體的類型影響測序數(shù)據(jù)的數(shù)量。考慮到微生物基因組大小的差異，先將檢測到的序列按照每百萬序列數(shù)（reads per million，RPM）進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。對于強(qiáng)致病及非典型病原體，如結(jié)核分枝桿菌、嗜肺軍團(tuán)菌、膿腫諾卡菌、皮疽諾卡菌、單核細(xì)胞增生李斯特菌、腸沙門菌、馬耳他布魯菌、流產(chǎn)布魯菌、豬布魯菌、新型隱球菌、格特隱球菌、黃曲霉、米曲霉、馬爾尼菲籃狀菌、貝納柯克斯體、鸚鵡熱衣原體、肺炎衣原體、沙眼衣原體、斑疹傷寒立克次體、恙蟲病東方體、惠普爾養(yǎng)障體等，根據(jù)同批次檢出情況排除了批次污染后，檢出1 RPM即可考慮其為致病菌^［31］。Zhang等^［32］認(rèn)為耶氏肺孢子菌RPM在真菌中排名前15位或其在真菌中相對豐度高于85%可能是該病原體臨床診斷的滿意閾值（cut-off value）；而對于寄生蟲，應(yīng)用的閾值應(yīng)在10 RPM以上，并應(yīng)嚴(yán)格確認(rèn)序列的特異性。

根據(jù)已有研究，mNGS用于鑒定結(jié)核分枝桿菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）和非結(jié)核分枝桿菌（non-tuberculous Mycobacterium，NTM）的陽性率較低^［33］。MTB作為胞內(nèi)致病菌，細(xì)胞外游離DNA少，核酸序列提取困難。結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群（Mycobacterium tuberculosis complex，MTBC）包括結(jié)核分枝桿菌、卡內(nèi)蒂分枝桿菌、非洲分枝桿菌和牛分枝桿菌等，由于MTBC成員表現(xiàn)出>99.99%的基因組序列相似性^［34］，因此很少有物種特異性序列。對于MTB感染，有學(xué)者建議應(yīng)關(guān)注匹配MTBC中的特異性序列，而不是某單一物種的特異性序列，為避免誤解，他們還建議報告MTBC的結(jié)果，而不是具體種類的MTBC^［14］。另有研究顯示，mNGS在排除標(biāo)本污染的前提后，若檢測出至少1條種或?qū)偎角冶葘檎娴慕Y(jié)核分枝桿菌序列就具有臨床意義，可判為陽性^{［35, 36］}。非結(jié)核分枝桿菌也可能是環(huán)境中污染菌，若檢出，需結(jié)合背景微生物庫和mNGS原始細(xì)菌列表進(jìn)行結(jié)果判讀，若排除污染后其屬水平或種水平序列數(shù)在細(xì)菌中排名前十，則有臨床意義^［37］。

二、mNGS結(jié)果的臨床應(yīng)用

1.臨床評估和實(shí)際考慮因素（實(shí)驗(yàn)室因素與臨床因素）：與其他診斷分析一樣，mNGS檢測也很容易受到污染。mNGS結(jié)果中的“污染”來源包括在實(shí)驗(yàn)室試劑或環(huán)境中檢測到的正常人體菌群或背景污染生物體，以及生物信息學(xué)分析或數(shù)據(jù)庫錯誤^［38］。鑒于mNGS的非靶向性，病原體診斷的一個關(guān)鍵限制是背景干擾，通常來自人類宿主 DNA。因此，在高背景樣本中，mNGS陰性結(jié)果可能對排除感染的作用較小，應(yīng)考慮其他對背景敏感性較低的診斷檢測，如結(jié)核分枝桿菌qPCR驗(yàn)證、16S rRNA細(xì)菌PCR^［39］和ITS 真菌PCR^［40］，這在腦脊液中白細(xì)胞計(jì)數(shù)高的細(xì)菌性腦膜炎病例中尤其重要。一項(xiàng)準(zhǔn)確性研究表明，約7%的臨床樣本檢測到超過預(yù)設(shè)閾值的多個細(xì)菌屬，通常由環(huán)境或皮膚菌群組成^［18］。在臨床微生物學(xué)中，確定可能是污染物的微生物的臨床意義是一個經(jīng)典問題，通常需要臨床背景來解釋。因此，作為一種臨床診斷手段，mNGS最終識別的潛在病原體必須置于臨床環(huán)境中，以確定它們是否與臨床相關(guān)。臨床醫(yī)生在解讀mNGS結(jié)果時，需考慮患者的免疫狀態(tài)和臨床表現(xiàn)是否一致，同時結(jié)合其他檢測手段如傳統(tǒng)培養(yǎng)、影像學(xué)、血清學(xué)檢測等結(jié)果進(jìn)行綜合判斷，去偽存真。

2.mNGS報告的臨床應(yīng)用規(guī)則：mNGS檢測結(jié)果通常以官方報告的形式提供給臨床醫(yī)生，列出檢測到高于報告閾值的細(xì)菌、真菌、DNA/RNA病毒或寄生蟲，被認(rèn)為是環(huán)境污染物的生物體不被報告，醫(yī)生最終需要根據(jù)患者的臨床癥狀來確定真正的病原體^［2］。mNGS報告中所呈現(xiàn)的信息是經(jīng)過特定閾值過濾后的結(jié)果，它并不能作為臨床決策的唯一依據(jù)^［13］。對于陰性報告，臨床醫(yī)生可能需要首先分析患者的具體情況，考慮患者免疫狀態(tài)及臨床表現(xiàn)的符合性，再研究報告以外的原始檢測結(jié)果，以確定是由于對閾值的錯誤判斷還是由于沒有病原體存在。當(dāng)罕見病原體在報告中出現(xiàn)時，需要進(jìn)一步確定其致病性及臨床特征，包括感染病灶的影像學(xué)檢查；并且罕見病原體的確認(rèn)有必要進(jìn)一步調(diào)查患者的病史，以確定其為動物疫源或者環(huán)境疫源的流行病學(xué)證據(jù)。

三、mNGS解讀在病原體診斷中的挑戰(zhàn)

1.結(jié)果解讀的準(zhǔn)確性：

在實(shí)施mNGS檢測以診斷病原體感染時，必須考慮多種因素，以最大限度地提高準(zhǔn)確性和臨床相關(guān)性?；趍NGS無偏性和高度敏感的特點(diǎn)，檢測報告中可能會出現(xiàn)假陽性結(jié)果。mNGS的假陽性主要可以分為兩種類型：第一種類型來自mNGS檢測流程，包括mNGS文庫制備過程中樣本中的污染物病原體DNA、匹配樣本低質(zhì)量讀取的低復(fù)雜性序列、注釋錯誤的物種，或來自數(shù)據(jù)庫條目的污染物，這些條目也包含對人類DNA、測序適配器或載體定植的讀取^{［34，41］}。由于測序讀取長度短、數(shù)據(jù)庫不完整、算法不正確或基因組高度同源而導(dǎo)致的錯誤分類也會產(chǎn)生假陽性結(jié)果^［41］。例如，因兩個基因組之間的相似性，大腸埃希菌經(jīng)常被錯配為痢疾志賀菌^［42］；如果金黃色葡萄球菌的覆蓋率太低而無法準(zhǔn)確區(qū)分，偶爾也會被鑒定為表皮葡萄球菌^［4］；還有炭疽芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌同源性高，難以區(qū)分，這兩種菌對臨床影響極高，因此對正確解讀要求也極高^［43］。第二種類型的假陽性來自mNGS流程之前的過程，主要來自整個樣本采集、處理過程及檢測試劑生產(chǎn)過程引入的污染，只能通過臨床診斷排除^［34］。為了降低mNGS操作前的污染風(fēng)險，建議在樣品采集過程中制定嚴(yán)格的無菌程序。開發(fā)和使用不含或極低水平DNA污染的超凈試劑也有助于最大限度地減少檢測污染^［17］。此外，由于mNGS結(jié)果容易受多種因素影響，各個研究標(biāo)準(zhǔn)在應(yīng)用于其他實(shí)驗(yàn)室或檢驗(yàn)中心之前應(yīng)徹底修訂和檢測，并仔細(xì)監(jiān)測和評估假陽性的風(fēng)險。臨床醫(yī)生在選擇mNGS時還應(yīng)考慮傳統(tǒng)培養(yǎng)的結(jié)果，并根據(jù)臨床實(shí)際做出準(zhǔn)確判斷。

另一方面，mNGS也存在假陰性結(jié)果，其影響因素可分為臨床因素和實(shí)驗(yàn)室因素。臨床因素包括樣本采集時間、樣本類型、取樣和方法選擇。實(shí)驗(yàn)室因素包括實(shí)驗(yàn)室試劑、實(shí)驗(yàn)室操作、測序、數(shù)據(jù)分析和報告撰寫。一些具有硬細(xì)胞壁的病原體，如真菌，可能會降低核酸提取的效率^［44］，當(dāng)病原體載量低于mNGS的檢測限（limit of detection，LOD）時，可能會出現(xiàn)漏檢。研究也發(fā)現(xiàn)在多微生物聯(lián)合感染中，少數(shù)病原體的相對豐度可能遠(yuǎn)低于優(yōu)勢病原體，并通過相應(yīng)的閾值被準(zhǔn)確過濾掉，造成假陰性結(jié)果而導(dǎo)致漏報^［4］。

2.結(jié)果解讀的復(fù)雜性：

mNGS結(jié)果解釋復(fù)雜化的一大方面是背景信號，由瞬時定植微生物或潛在微生物群^［45］、試劑、實(shí)驗(yàn)室或空氣環(huán)境污染^［46］、宿主免疫反應(yīng)^［47］等因素造成。mNGS在建立最佳閾值以區(qū)分真實(shí)病原體和背景微生物方面仍然是一個挑戰(zhàn)^［4］，尤其對于由低豐度病原體引起的低級別感染，壓倒性的背景噪音是一大混淆因素。mNGS結(jié)果與測序平臺、生物信息學(xué)分析和實(shí)驗(yàn)室環(huán)境高度相關(guān)，也會導(dǎo)致解釋mNGS結(jié)果的復(fù)雜性^［48］。

mNGS結(jié)果解讀的第二個重要考慮因素是，患者在獲得樣本之前是否接觸過抗生素。雖然在抗生素降低培養(yǎng)產(chǎn)量后，病原體特異性PCR和mNGS可以檢測到殘留的微生物核酸，但在這種情況下，mNGS陰性結(jié)果需要謹(jǐn)慎解釋。Wilson等^［19］的一項(xiàng)前瞻性研究表明，如果患者的感染是分區(qū)域的（如腦膿腫），或者當(dāng)疑似病原體通常由于腦脊液豐度過低或缺乏而經(jīng)血清學(xué)診斷（例如引起萊姆病的伯氏疏螺旋體或引起梅毒的梅毒螺旋體），則應(yīng)特別謹(jǐn)慎解釋腦脊液 mNGS陰性結(jié)果。

四、結(jié)語與展望

mNGS在未來可作為克服傳統(tǒng)診斷方法缺點(diǎn)的新工具。它是對樣本中存在的所有生物體的核酸進(jìn)行測序和表征的過程，理論上具有檢測患者樣本中任何感染性生物體的能力^［7］。該技術(shù)能夠快速和準(zhǔn)確地鑒定病原體可以實(shí)現(xiàn)量身定制的治療，減少廣譜抗生素的過度使用，并促進(jìn)患者的最終康復(fù)。在復(fù)雜的臨床樣本中識別所有微生物、評估每種微生物的毒力和抗生素敏感性特征，并同時表征宿主對感染的反應(yīng)的潛在能力，這為mNGS在將來取代現(xiàn)有技術(shù)并成為未來傳染病診斷的主要方法提供了機(jī)會^［49］。

綜上所述，對于各個系統(tǒng)感染性疾病的病原學(xué)診斷，mNGS技術(shù)是未來發(fā)展的方向。mNGS還可用于傳染性疾病的早期發(fā)現(xiàn)、溯源與準(zhǔn)確診斷，以實(shí)現(xiàn)疾病預(yù)防控制和精準(zhǔn)診療^［50］。目前，mNGS在感染性疾病的識別和診斷中發(fā)揮著相當(dāng)重要的作用，尤其對于疑難、危重、特殊病例感染。mNGS仍有許多方面需要進(jìn)一步完善與改進(jìn)，如對不同感染病原體的序列診斷閾值標(biāo)準(zhǔn)的確定、背景菌與致病菌的鑒別及耐藥菌基因的檢測等。此外，對于mNGS結(jié)果解讀，尚缺乏指引性行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的建設(shè)性意見，需要測序分析專業(yè)技術(shù)人員、檢驗(yàn)醫(yī)生、臨床醫(yī)生等多方對結(jié)果的共同解讀。

引用:蔣析文, 梁志坤, 曾莉, 等. 感染性疾病mNGS檢測結(jié)果解讀的應(yīng)用[J]. 中華預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志, 2023, 57(7): 1124-1130.