大型真菌一般由兩部分組成，即菌絲體和子實體，真菌主要通過子實體被大家認識。

根據(jù)營養(yǎng)供應(yīng)類型，真菌可分為3類：寄生型需要活細胞。它們是寄生在植物、動物（包括人類）以及真菌上的真菌病原體；共生型與植物的根有關(guān)。這一類型真菌被稱為菌根菌；腐生型從死亡的有機物質(zhì)中獲取營養(yǎng)。

腐生菌具有最有效的藥用特性。原因在于它們獨特的消化方式——溶養(yǎng)（Lysotrophy）。它們生活在各種死去的有機物質(zhì)上，分泌消化酶——胞外酶（溶酶）到這些物質(zhì)中，消化過程發(fā)生在細胞外（體外）。胞外酶的連續(xù)活動將有機物分解成簡單物質(zhì)。細胞外腐化過程的最終產(chǎn)物是葡萄糖，然后葡萄糖被吸收到菌絲細胞中進行自身的新陳代謝，合成菌絲體和子實體生長所需的特定物質(zhì)。然而，基質(zhì)中的葡萄糖也可以被大量的其他微生物利用，這些微生物是真菌獲取―溶養(yǎng)型‖葡萄糖的競爭者。

為了保護葡萄糖不被競爭對手侵占，腐生真菌將次生代謝產(chǎn)物作為防御化合物釋放到基質(zhì)中以控制競爭對手?；|(zhì)中競爭微生物種類的繁多反映在真菌次生代謝產(chǎn)物的多樣性上。因此，真菌代謝產(chǎn)物復(fù)雜而高度多樣化，包括多糖、蛋白質(zhì)、萜類化合物、皂苷、甾醇類、聚酮類化合物（黃曲霉毒素B1）、酚類、凝集素、他汀類藥物、生物堿類等。藥用菌的次生代謝物具有廣泛的生物活性，攝入后對人體微生物有類似的作用。因此，藥用菌的治療作用很廣泛，其次生代謝產(chǎn)物有助于緩解多種疾病。

此外，真菌次生代謝產(chǎn)物還具有多種其他生物作用，例如它們可以參與細胞信號傳導、黏附和真菌發(fā)育等過程。次生代謝產(chǎn)物平菇素，是一種來自平菇的蛋白質(zhì)。在生長過快的平菇菌絲表面施用平菇素，對菌絲生長僅有輕微的抑制作用，但能較強地誘導原基的形成，促進原基向子實體發(fā)育。

由于真菌競爭能誘導（刺激）次生代謝產(chǎn)物的合成，因此建議醫(yī)學上對藥用真菌采用混合培養(yǎng)方式，以獲得具有更高治療價值的化合物。