國(guó)自然的前期“工作基礎(chǔ)”部分,也是國(guó)自然項(xiàng)目判斷延續(xù)性最重要的部分。 需要注意的是,該部分有兩個(gè)關(guān)鍵點(diǎn):
那么我們就今年審閱的幾百份標(biāo)書,總結(jié)出來(lái)的“工作基礎(chǔ)”問(wèn)題給大家陳述一下: (一)預(yù)實(shí)驗(yàn)體量不足 這個(gè)問(wèn)題最為突出,可想而知,本身作為臨床醫(yī)生,科研只是附帶做做,哪有精力跟大家一起“卷”,所以最后形成的本子中的預(yù)實(shí)驗(yàn),往往只有大量的“生信圖”和少量的柱狀圖、WB結(jié)果。 而除了精力問(wèn)題導(dǎo)致預(yù)實(shí)驗(yàn)不足以外,還有一個(gè)認(rèn)知問(wèn)題也很嚴(yán)重,就是申請(qǐng)人設(shè)計(jì)的國(guó)自然假說(shuō)太簡(jiǎn)單導(dǎo)致,殊不知?jiǎng)e人的本子不僅思路“卷”、預(yù)實(shí)驗(yàn)也“卷”,所以這就導(dǎo)致“瞎子摸象”的困局,始終摸不到國(guó)自然的“真象”,那么距離國(guó)自然中標(biāo)也就十分遙遠(yuǎn)。 為什么預(yù)實(shí)驗(yàn)要足夠多?①專家挑刺時(shí),不會(huì)以證據(jù)鏈不足秒殺你;②預(yù)實(shí)驗(yàn)多可以彌補(bǔ)一下“文章不夠好”的短板;③預(yù)實(shí)驗(yàn)多,證明你花了很多經(jīng)費(fèi),那你并不是白嫖的態(tài)度來(lái)對(duì)待國(guó)自然,專家也能看到你的努力。 有些童鞋會(huì)問(wèn):會(huì)不會(huì)因?yàn)轭A(yù)實(shí)驗(yàn)多,專家覺(jué)得你都做完了而不予資助? 既然國(guó)自然本子包含多方面顧慮,存在各種心理維度的博弈,青椒哥在面對(duì)這個(gè)問(wèn)題時(shí),更愿意相信專家喜歡“預(yù)實(shí)驗(yàn)充足”的本子。 兩害相權(quán)取其輕,永遠(yuǎn)是國(guó)自然本子的正解。 所以預(yù)實(shí)驗(yàn)應(yīng)該包括3-4張組圖: ① 第一張:證明你的細(xì)胞系和動(dòng)物模型,成功; ② 第二張:生信分析、分子信號(hào)軸關(guān)鍵分子和臨床問(wèn)題的相關(guān)性,驗(yàn)證關(guān)鍵分子在臨床樣本、細(xì)胞系和動(dòng)物模型中的表達(dá)趨勢(shì); ③ 第三張:過(guò)表達(dá)或者沉默干預(yù)后,觀察細(xì)胞和動(dòng)物模型的表型,檢測(cè)一下XXX通路的激活情況; ④ 第四張:數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)以及分子對(duì)接分析;加一個(gè)分子互作的實(shí)驗(yàn)圖,證明分子機(jī)制的假說(shuō)成立。 (二)圖注(legend)不詳實(shí)、預(yù)實(shí)驗(yàn)圖模糊不清 字面意思,就是圖注缺失,或者描述過(guò)于粗糙,沒(méi)有介紹單圖的實(shí)驗(yàn)方法和分組情況。 而有些童鞋的預(yù)實(shí)驗(yàn)圖非常模糊,圖像像素極低,這又不利于專家審閱,不美觀 (三)對(duì)照組缺失 對(duì)照組包括空白對(duì)照、陰性對(duì)照、陽(yáng)性對(duì)照,但一般來(lái)講,至少要有陰性對(duì)照,空白對(duì)照可以忽略。陽(yáng)性對(duì)照大部分情況不是必須的,但是藥物實(shí)驗(yàn)中陽(yáng)性對(duì)照卻是必須的。 而過(guò)表達(dá)和敲低這種實(shí)驗(yàn),陰性對(duì)照組一定需要,切不可省略。一般用“空白質(zhì)?!薄皊crambles”“sh-NC”“si-NC”“Mock”作為陰性對(duì)照組。 (四)內(nèi)參前后文不一致 全細(xì)胞WB內(nèi)參一般有GAPDH、β-actin、β-tubulin等,但有時(shí)候因?yàn)榇碜鲗儆谠鐜啄臧l(fā)表的,所以和現(xiàn)在預(yù)實(shí)驗(yàn)之間的內(nèi)參可能會(huì)存在差異,這種都可以理解,但最好是內(nèi)參保持一致。但有時(shí)候同一批預(yù)實(shí)驗(yàn)中內(nèi)參也有不一致的情況,還望前后保持一致。 (五)沒(méi)有統(tǒng)計(jì)顯著性標(biāo)注 預(yù)實(shí)驗(yàn)按理來(lái)講都是要做到技術(shù)性重復(fù)和生物學(xué)重復(fù),因此每個(gè)實(shí)驗(yàn)務(wù)必形成一個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析結(jié)果,并且附帶顯著性標(biāo)注“***”“ns(不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義)”等。 當(dāng)然如果預(yù)實(shí)驗(yàn)太多,可以選擇性進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。 (六)WB條帶背景不均一或者分子量(kDa)沒(méi)標(biāo)注 有些WB看起來(lái)比較假,因?yàn)楸尘安痪猓痪?,像是不同?shí)驗(yàn)條件下產(chǎn)生的,而且有時(shí)候單圖的邊緣有明顯的的切割的痕跡。 另外一個(gè)經(jīng)常出現(xiàn)的問(wèn)題就是:WB結(jié)果不標(biāo)注分子量。這不是一個(gè)特別規(guī)范的學(xué)術(shù)行為。 (七)分子機(jī)制的結(jié)果缺失 分子機(jī)制的證據(jù)鏈往往成本很高,畢竟CO-IP、pulldown、ChIP、熒光素酶報(bào)告實(shí)驗(yàn)等的成本不低,而且往往做了也不一定有陽(yáng)性結(jié)果,所以很多本子并沒(méi)有放分子機(jī)制的預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果圖,這也是很多國(guó)自然本子的通病之一。解決方案就是用數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)、motif預(yù)測(cè)、各種炫酷的分子對(duì)接分析來(lái)彌補(bǔ)了。 (八)腫瘤本子預(yù)實(shí)驗(yàn)只有一株細(xì)胞系 強(qiáng)烈建議腫瘤類的本子,預(yù)實(shí)驗(yàn)中最好使用兩株細(xì)胞系做功能實(shí)驗(yàn),并且腫瘤類的本子一定含有體內(nèi)實(shí)驗(yàn)。 (九)已取得工作成績(jī)部分 已取得工作成績(jī)部分要簡(jiǎn)明扼要,一般的格式是
而有些童鞋,把各種實(shí)驗(yàn)圖都抖出來(lái),羅列出10-20張小圖,光圖片的序號(hào)都排到了10幾,這樣的閱讀感受非常不好,專家讀著累,打分不會(huì)太高。 科研者之家旗下的青椒醫(yī)學(xué),開(kāi)啟了總第11期訓(xùn)練營(yíng)(即2023年國(guó)自然絕密班),絕密班的目標(biāo)很明確,即通過(guò)80項(xiàng)國(guó)自然中標(biāo)經(jīng)驗(yàn)分享+7大國(guó)自然熱點(diǎn)標(biāo)書模板針對(duì)性解析,自4月7日開(kāi)始,通過(guò)2.5個(gè)月的系統(tǒng)化訓(xùn)練,讓大家能夠在“實(shí)戰(zhàn)化”場(chǎng)景中,真正掌握課題設(shè)計(jì)的邏輯精妙和標(biāo)書撰寫技巧,提高標(biāo)書水平和質(zhì)量,大幅增加被審稿專家認(rèn)可的概率。
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