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新冠病毒竟然會感染腸道細(xì)菌?這意味著什么?

 長江黃鶴 2023-03-02 發(fā)布于湖北

2023年2月15日發(fā)表在《國際分子科學(xué)雜志》上的一篇論文【1】,再一次把這個話題推上了熱榜。

普通人可能對此無感,但是專業(yè)研究人員看到后的感覺是這樣:

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你要是知道細(xì)菌和人類在進(jìn)化樹上離得有多遠(yuǎn),你也會驚訝的:

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生物進(jìn)化樹

這個事情是怎么被發(fā)現(xiàn)的呢?

這得回溯到2021年同樣一個研究小組發(fā)表的論文:《糞便樣本中 SARS-CoV-2 RNA 載量的增加促使人們重新思考 SARS-CoV-2 生物學(xué)和 COVID-19 流行病學(xué)》。【2】

他們從人身上采集了 SARS-CoV-2 陽性糞便樣本,并按大小將樣本分開,以便將病毒與細(xì)胞分開。他們?nèi)×藰颖局休^輕的部分,其中包括病毒但不包括細(xì)胞,并用它來接種 SARS-CoV-2 陰性的糞便樣本。當(dāng)他們這樣做時,他們注意到這些糞便樣本中的 SARS-CoV-2 RNA 水平上升了。下圖顯示了三個不同人的糞便樣本中病毒 RNA 載量隨時間的變化情況:

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三個不同糞便樣本中,隨著時間推移病毒RNA載量增長

他們還發(fā)現(xiàn),當(dāng)他們向樣本中添加某些抗生素時,它會殺死病毒 RNA 的生長; 他們還搜索了 SARS-CoV-2 蛋白片段,發(fā)現(xiàn)這些蛋白的水平隨時間上升,但奇怪的是其中一些蛋白含有突變。

這事就有意思了。大家知道,病毒并非真正意義上的生命體,它自身無法復(fù)制,必須要借助于宿主的DNA,核糖等原材料才能復(fù)制?,F(xiàn)在的證據(jù)表明,病毒一定是利用了糞便中的某些生命體進(jìn)行了自我復(fù)制,才會出現(xiàn)載量逐步提高的情況。那么,會是腸道中的細(xì)菌,還是其他真核生物呢?

同一個研究小組繼續(xù)深入跟進(jìn)了這項研究:《人類腸道微生物群中 SARS-CoV-2 噬菌體潛力的證據(jù)》【3】。

他們重復(fù)了第一項研究中的一些實驗,還表明他們可以在分離的細(xì)菌中培養(yǎng) SARS-CoV-2;特別是 Faecalibacterium prausnitzii 和 Dorea formicgeneransm, 它們是人類糞便中常見的細(xì)菌菌株。

這些細(xì)菌菌株是作為純菌株購買的。當(dāng)然,他們的細(xì)菌培養(yǎng)物可能被其他東西污染了,但至少可以公平地說, 我們有證據(jù)表明這些細(xì)菌中生長著 SARS-CoV-2。該研究還使用電子顯微鏡拍攝了圖像,并觀察了與細(xì)菌細(xì)胞外壁相互作用的病毒樣結(jié)構(gòu),而在對照樣本的細(xì)菌上看不到病毒樣結(jié)構(gòu)。

文章圖片4

該研究還為細(xì)菌提供了一種使用氮的重同位素 N 15的氮源。幾天后,他們觀察到摻入了 N 15的刺突蛋白。由于病毒顆粒是由其宿主合成的成分制成的,這表明刺突蛋白中重氮的來源是被細(xì)菌吸收的N15 。

這就有相當(dāng)?shù)淖C據(jù)表明,在某種程度上,Sars-Cov-2表現(xiàn)出了噬菌體的行為,即可以感染并殺死細(xì)菌。

我們看看百度對于“噬菌體”的定義:

“噬菌體(bacteriophage, phage)是感染細(xì)菌、真菌、藻類 、放線菌或螺旋體等微生物的病毒的總稱,因部分能引起宿主菌的裂解,故稱為噬菌體。二十世紀(jì)初在葡萄球菌和志賀菌中首先發(fā)現(xiàn) [3] 。作為病毒的一種,噬菌體具有病毒的一些特性:個體微?。徊痪哂型暾?xì)胞結(jié)構(gòu);只含有單一核酸。可視為一種“捕食”細(xì)菌的生物。噬菌體基因組含有許多個基因,但所有已知的噬菌體都是細(xì)菌細(xì)胞中利用細(xì)菌的核糖體、蛋白質(zhì)合成時所需的各種因子、各種氨基酸和能量產(chǎn)生系統(tǒng)來實現(xiàn)其自身的生長和增殖。一旦離開了宿主細(xì)胞,噬菌體既不能生長,也不能復(fù)制 。

“噬菌體是病毒的一種,其特別之處是專以細(xì)菌為宿主,較為人知的噬菌體是以大腸桿菌為寄主的T2噬菌體。跟別的病毒一樣,噬菌體只是一團(tuán)由蛋白質(zhì)外殼包裹的遺傳物質(zhì),大部分噬菌體還長有“尾巴”,用來將遺傳物質(zhì)注入宿主體內(nèi)。噬菌體是一種普遍存在的生物體,而且經(jīng)常都伴隨著細(xì)菌。通常在一些充滿細(xì)菌群落的地方,如:泥土、動物的內(nèi)臟里,都可以找到噬菌體的蹤影。世上蘊含最豐富噬菌體的地方就是海水 。”

并且,最常為人所知的噬菌體長得像這樣:標(biāo)準(zhǔn)的外星生物:

文章圖片5

正在侵入細(xì)菌的噬菌體

這可以說是一個全新的發(fā)現(xiàn),在以往的病毒研究中很少出現(xiàn)同時感染動物和細(xì)菌的案例。雖然這些研究都是來源于同一個研究小組,仍然有待于其他更多的研究團(tuán)隊進(jìn)行重復(fù)實驗確認(rèn),但這個發(fā)現(xiàn)確實對于我們認(rèn)識新冠病毒有重要的意義,并且也引發(fā)了很多擔(dān)憂,比如:

  • 由于新冠病毒能夠利用廢水中的細(xì)菌進(jìn)行自我復(fù)制,那么這個病毒是否會更加長期和隱蔽的和人類社會共存?是否會加大糞口傳播的可能性?
  • 新冠病毒能夠利用腸道中的細(xì)菌進(jìn)行繁殖和潛伏,這是否能解釋一些陽康后的患者,在不久后又再次復(fù)陽?
  • 新冠病毒能夠攻擊腸道菌群,這是否能夠引發(fā)一系列新的病理和臨床癥狀,如腸道菌群失調(diào),從而引發(fā)腹瀉、有害菌群增加帶來內(nèi)毒素增加、有益菌群減少從而影響礦物質(zhì)、維生素等的吸收,從而引發(fā)進(jìn)一步的營養(yǎng)不良? 是否與C 反應(yīng)蛋白、降鈣素原、D-二聚體和鐵蛋白等重要生理標(biāo)志物的變化有關(guān),從而引發(fā)新的病癥?
  • 新冠病毒這種感染細(xì)菌的類噬菌體能力是一開始就有還是在進(jìn)化突變中逐步獲得的?如果這是由突變獲得的,那么這種突變的終點指向何方,會不會引發(fā)更大的生態(tài)和健康災(zāi)難?
  • 如果新冠病毒可以利用細(xì)菌復(fù)制,在這個過程中會不會產(chǎn)生我們?nèi)祟惒豢芍⒉豢煽氐男碌耐蛔儯?/li>

無論如何,面對新冠病毒這個21世紀(jì)的惡魔,我們期待著科學(xué)界帶給我們更多的發(fā)現(xiàn)。了解越多,我們就越有信心和能力找到制服它的方法。

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送福利

后疫情時代,我們時刻面臨著新冠病毒變種浪潮不斷卷土重來、后遺癥此起彼伏,免疫系統(tǒng)和身體機(jī)能不堪重負(fù),而與此同時醫(yī)療系統(tǒng)幾近崩潰、疫苗和群體免疫屏障失效。我們每一個人終將獨自面對病毒,成為自己健康的第一責(zé)任人。

可惜的是,大部分人對于免疫系統(tǒng)的了解還僅僅停留在初中時代的《生理衛(wèi)生》課本上。了解T細(xì)胞、免疫細(xì)胞、樹突細(xì)胞、抗體這些名詞的人已經(jīng)是寥寥無幾,很多人甚至都不知道自己體內(nèi)還有一個叫做胸腺的免疫器官。缺乏基礎(chǔ)的免疫學(xué)知識,面對病毒大潮,我們何以自保?

而不幸的是,免疫系統(tǒng)是除了人腦之外第二復(fù)雜的系統(tǒng),在這個專業(yè)領(lǐng)域充斥著諸如“主要組織相容性復(fù)合體 I 類和 II 類、 γ δ T 細(xì)胞、干擾素 alpha、β、γ 和 kappa 以及補體系統(tǒng)、C4b2a3b 復(fù)合體”等晦澀的名詞,更加拒人于千里之外。

Philipp Dettmer所著的這本《免疫:探索讓你活著的神秘系統(tǒng)》恰好可以解決普通人的免疫學(xué)科普問題。

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Philipp Dettmer是 Kurzgesagt 的創(chuàng)始人和首席作家。Kurzgesagt 是 Youtube 上最大的科學(xué)頻道之一,擁有超過 1400 萬訂閱者和 10 億瀏覽量。

Kurzgesagt頻道中最成功的一些視頻都是關(guān)于免疫系統(tǒng)的,但十分鐘的視頻根本不是介紹免疫學(xué)的合適媒介。無法深入探討這個美妙的話題,這一直困擾著Dettmer,這促成了Kurzgesagt頻道創(chuàng)立10年之后,Dettmer撰寫了這本書,是一種Dettmer與免疫系統(tǒng)長達(dá)十年的愛情變成有形的東西的一種方式,它有望成為一種有用和有趣的方式來了解使你每天都能生存下來的令人驚嘆和美麗的復(fù)雜性。作者用非常通俗和風(fēng)趣的語言風(fēng)格,外加二十幅動畫風(fēng)格的插圖,系統(tǒng)地介紹了人體的免疫系統(tǒng),是一本非常優(yōu)秀的科普教材。

以下是《免疫:探索讓你活著的神秘系統(tǒng)》的目錄,全書共201頁:

簡介

第 1 部分:了解您的免疫系統(tǒng)

第 1 章:什么是免疫系統(tǒng)?

第 2 章:捍衛(wèi)什么?

第 3 章:你的細(xì)胞是什么?

第 4 章:免疫系統(tǒng)的帝國和王國

第 2 部分:災(zāi)難性損壞

第 5 章:遇見你的敵人

第 6 章:沙漠皮膚王國

第 7 章:切入點

第 8 章:先天免疫系統(tǒng)的士兵:巨噬細(xì)胞和 中性粒細(xì)胞

第9章:炎癥:玩火

第10章:赤裸、盲目和恐懼:細(xì)胞如何知道去哪里?

第11章:聞到生命的基石

第12章: 隱形殺手軍:補體系統(tǒng)

第13章:細(xì)胞智能:樹突狀細(xì)胞

第14章:高速公路和特大城市

旁白: 脾臟和扁桃體,超級淋巴結(jié)最好的朋友

第15章:超級武器降臨

第16章:宇宙中最大的圖書館

第17章:烹飪美味的受體食譜

第18章:謀殺胸腺大學(xué)

第19章:在金盤上呈現(xiàn)信息:抗原呈現(xiàn)

第20章:喚醒適應(yīng)性免疫系統(tǒng):T 細(xì)胞

第21章:武器工廠和狙擊步槍:B細(xì)胞和抗體

第22章:T和B的舞蹈

第23章:抗體

旁白:四類抗體

第 3 部分:惡意收購

第 24章:粘膜沼澤王國

第 25章:你的腸道奇怪而特殊的免疫系統(tǒng)

第 26章:什么是病毒?

第 27 章:肺部的免疫系統(tǒng)

第 28 章:流感——你沒有足夠尊重的“無害”病毒

第 29 章:生化戰(zhàn):干擾素,干擾!

旁白:流感和普通感冒的區(qū)別

第30章:細(xì)胞靈魂之窗

第31章:殺人專家——殺手T細(xì)胞

第32章:天生殺手

第33章:如何根除病毒感染

旁白:為什么我們沒有更好的抗病毒藥物?

第34章:關(guān)閉免疫系統(tǒng)

第35章:免疫——你的免疫系統(tǒng)如何記住永遠(yuǎn) 敵人

旁白:殺不死你的不會讓你更強(qiáng)大:麻疹和記憶細(xì)胞

第36章:疫苗和人工免疫

第 4 部分:叛亂和內(nèi)戰(zhàn)

第37章:當(dāng)你的免疫系統(tǒng)太弱時:艾滋病毒和艾滋病

第38章:當(dāng)免疫系統(tǒng)過于激進(jìn)時:過敏

第39章:寄生蟲和你的免疫系統(tǒng)如何錯過它們

第40章:自身免疫性疾病

旁白:無能

第 41章:衛(wèi)生假說和老朋友

第 42 章:如何增強(qiáng)免疫系統(tǒng)

第 43章:壓力和免疫系統(tǒng)

第 44章:癌癥和免疫系統(tǒng)

旁白:吸煙與免疫系統(tǒng)

第45章:冠狀病毒大流行

參考文獻(xiàn)

  1. Analysis of Bacteriophage Behavior of a Human RNA Virus, SARS-CoV-2, through the Integrated Approach of Immunofluorescence Microscopy, Proteomics and D-Amino Acid Quantification. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24(4), 3929;
  2. Increase of SARS-CoV-2 RNA load in faecal samples prompts for rethinking of SARS-CoV-2 biology and COVID-19 epidemiology. Version 3. F1000Res. 2021; 10: 370.
  3. Evidence of SARS-CoV-2 bacteriophage potential in human gut microbiota. https:///articles/11-292/v1

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