在設(shè)立公司的時候，有兩份文件，往往內(nèi)容交叉，重復，但二者又是獨立的，這就是公司設(shè)立協(xié)議與公司章程。

公司設(shè)立協(xié)議指公司設(shè)立過程中由發(fā)起人訂立的關(guān)于公司設(shè)立的協(xié)議。公司章程指公司投資者制定的，對公司、公司股東、公司管理者具有約束力調(diào)整公司內(nèi)部組織行為與經(jīng)營行為的自治規(guī)則。

《公司法》對于公司設(shè)立協(xié)議并沒有強制性規(guī)定，也就是說不是設(shè)立公司的法定要件，但在實踐中，發(fā)起人在設(shè)立公司以前就設(shè)立公司的目的、未來的運營方式、治理結(jié)構(gòu)、資本結(jié)構(gòu)、費用及分擔、違約責任，需要由談判，最后達成一致意見，共同簽訂設(shè)立協(xié)議。由此不難看出，這份協(xié)議屬于普通的民事行為，屬于合同范疇。

《公司法》第11條第1款規(guī)定，設(shè)立公司必須依法制定公司章程，是法定行為，是必須要件，不僅體現(xiàn)股東合意，也要符合法律規(guī)定，具有法律規(guī)范性質(zhì)。

公司設(shè)立協(xié)議自全體發(fā)起人簽字蓋章之日起生效，通常通常情況下，公司正式成立之日起，也就是說營業(yè)執(zhí)照簽發(fā)之日起，公司設(shè)立協(xié)議失效。公司章程在公司成立之日起，對公司、公司股東、管理者便具有普遍約束力，效力直到公司注銷之日起失效。

公司設(shè)立協(xié)議具有合同性質(zhì)，受《民法典》《合同法》調(diào)整，在協(xié)商一致不違反法律、法規(guī)強制性規(guī)定下即可修改。公司章程根據(jù)《公司法》的規(guī)定，修改公司章程需要具備一定的條件及遵守一定的程序。根據(jù)第43條第2款的規(guī)定，股東會會議作出修改公司章程、增加或者減少注冊資本的決議，以及公司合并、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經(jīng)代表三分之二以上表決權(quán)的股東通過。而股份公司修改公司章程，《公司法》第103條第2款規(guī)定，股東大會作出修改公司章程、增加或者減少注冊資本的決議，及公司合并、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經(jīng)出席會議的股東所持表決權(quán)的三分之二以上通過。

當二者在實踐中發(fā)生條款沖突時，應(yīng)當先區(qū)分內(nèi)外部關(guān)系，若是外部關(guān)系，優(yōu)先適用公司章程，如果是內(nèi)部關(guān)系，應(yīng)當考慮是否有優(yōu)先適用條款，若是沒有，應(yīng)當充分尊重股東真實意思的合意。