自2019年被Nature期刊評為最值得期待的生物技術(shù)之一以來,單細(xì)胞測序技術(shù)一直被認(rèn)為是文章和課題中的高端技術(shù)。誰都想自己的課題里能有單細(xì)胞分析的圖。 但自己樣本測序價格又很貴,用公開的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)吧,又不會代碼... 今天和大家介紹一個在線可以零代碼,鼠標(biāo)點點點就可以實現(xiàn)“高大上,公司動則大幾千”的單細(xì)胞分析。 首先進(jìn)入到官網(wǎng)www.aclbi.com,首頁可以看到很多功能模塊,我們選擇單細(xì)胞Single Cell。 這個工具整理了GEO數(shù)據(jù)庫里公開的的單細(xì)胞數(shù)據(jù),可對樣本進(jìn)行可視化的樣本選擇,再分組,數(shù)據(jù)預(yù)處理,分群鑒定,組間或細(xì)胞群之間分析等,全程無需任何代碼基礎(chǔ),鼠標(biāo)點點點就可以高清出圖和對應(yīng)的原始數(shù)據(jù)。全程按照頂部導(dǎo)航欄按步驟操作就行啦。很貼心,每一步都會有視頻介紹。 第一個框是樣本選擇,輸入框里輸入關(guān)鍵詞,就可以搜到感興趣的單細(xì)胞數(shù)據(jù)了。 比如,標(biāo)題搜索乳腺癌,就是乳腺癌的單細(xì)胞數(shù)據(jù),然后點看樣本,就可以看到單個樣本,然后選中,就可以將其保存至我的樣本庫用于后期分析了。 第二個框是數(shù)據(jù)預(yù)處理,主要用于細(xì)胞質(zhì)控,批次去除??梢阅J(rèn)參數(shù),也可以根據(jù)意見調(diào)整。 第三個框就是開始分群鑒定,主要細(xì)胞群圖分析,尋找每個cluster的Marker基因以及細(xì)胞群重命名。 最后的兩個框就是根據(jù)重命名后的細(xì)胞群進(jìn)行各種分析啦,比如看不同分組的細(xì)胞比例差異、某個基因在不同細(xì)胞群的表達(dá)(x基因在T細(xì)胞,B細(xì)胞之間的差異),不同細(xì)胞的Hallmark通路表達(dá)差異,不同細(xì)胞的代謝差異等等。 怎么樣,以上公司要大幾千的單細(xì)胞分析,這個網(wǎng)站全部都可以鼠標(biāo)點點完成哦,高清分析圖,原始數(shù)據(jù)都有啦。 分分鐘實現(xiàn)單細(xì)胞自由 弗雷賽斯 -浙江大學(xué)碩博創(chuàng)建于2015年 讓天下沒有難做的科研--聯(lián)系我們:freescience@zju.edu.cn |
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