摘自TriLink《An Introduction to Extinction Coefficients and Molecular Weights of Oligonucleotides》
作者Judy Ngo and Shawna Oliva; TriLink BioTechnologies

一般來講，引物合成單都會提供對于寡核苷酸使用來說兩個關(guān)鍵的數(shù)據(jù)：消光系數(shù)（Extinction Coefficients）和分子量（MW）。這兩個數(shù)據(jù)用來計算重要的數(shù)據(jù)，例如確定摩爾濃度和制備儲液。本文將解釋什么是寡核苷酸的消光系數(shù)（Extinction Coefficients）和分子量（MW）、討論數(shù)據(jù)的推導(dǎo)來源、并就怎樣使用這些數(shù)據(jù)給出一個例子。

 光密度單位（optical density unit），更普通的叫法是OD260，源于按分光光度法測量寡核苷酸。核酸鏈的每個堿基由于自身存在的共軛雙鍵系統(tǒng)，都有一個260nm或接近260nm的吸光度。因為準確的堿基序列和組成是已知的，使用OD260單位能很精確和方便的定量寡核苷酸。OD260測量單位定義為使用1cm的光徑、測量260nm波長處、 1ml寡核苷酸溶液產(chǎn)生讀數(shù)為1.0時需要的寡核苷酸濃度。使用吸光度測量是定量或分裝寡核苷酸的推薦方法。由于寡核苷酸的重量太少，不能用天平精確地稱量，并且分光光度法測量能精確的測量而不受樣品中過量的鹽的干擾。吸光度讀數(shù)也確保復(fù)合物使用前是完全溶解的。

 OD260和存在的寡核苷酸量的數(shù)學(xué)關(guān)系使用到一個物理常數(shù)，即消光系數(shù)。消光系數(shù)是Beer定律A＝εCl中的系數(shù)（A是吸光度、C是濃度、l是光徑長度、ε是消光系數(shù)），消光系數(shù)是待分析的物質(zhì)的常數(shù)。消光系數(shù)考慮到每個獨立堿基的吸光度、也考慮相鄰堿基的效應(yīng)。因為消光系數(shù)依賴于精確的核苷酸組成和序列，對于每個寡核苷酸來講消光系數(shù)是唯一的。有幾種方式可以確定寡核苷酸的消光系數(shù)，臨近方法“nearest neighbor”相比普遍使用的僅僅將各個堿基的消光系數(shù)加和的方法更加準確。

 引物合成單上的消光系數(shù)表達為ODs/μmol，這一單位是標準消光系數(shù)單位L mmol^-1cm^-1經(jīng)數(shù)學(xué)推導(dǎo)而來。請注意，即使使用臨近方法“nearest neighbor”計算的消光系數(shù)相對準確，其結(jié)果也可能與真值相差最高可達10%。

 引物合成單上出現(xiàn)的另一個重要數(shù)據(jù)是分子量。寡核苷酸的分子量是化合物每mol（6.02×10²³個分子）的克數(shù)，是寡核苷酸可能包含的每個原子的分子量總和。分子量數(shù)據(jù)用來將OD260單位轉(zhuǎn)化為質(zhì)量單位，寡核苷酸的分子量一般是指其自由酸根形式的分子量。

 一般的引物合成單會使用OD260單位代表最終的寡核苷酸產(chǎn)量，所以理解怎樣使用OD260單位來轉(zhuǎn)化為其它單位非常重要。以下是將OD260轉(zhuǎn)化為其它普遍使用的單位的例子。

寡核苷酸單位轉(zhuǎn)換：

樣本序列：

5' AGC TAA GTC ACT GCC ATT GA 3'

*如果使用L mmole^-1 cm^-1作為消光系數(shù)的單位，則首先需要將其轉(zhuǎn)換為OD units/μmole單位：ε L mmole^-1 cm^-1 ÷ 1000 = ε OD units/μmole

195,500 L mmole^-1 cm^-1 ÷ 1000 = 195.5 OD units/μmole

例子1：轉(zhuǎn)換為μmoles

μmoles of oligo  = OD (A260) ÷ ε
   = 32.4 ÷ 195.5 OD units/?mole
   = 0.166 μmoles

例子2：轉(zhuǎn)換為μg

(使用例子1計算得到的μmoles量)

μg of oligo   = μmoles × MW
   = 0.166 μmoles × 6101.0 g/mole
   = 1012.8 μgrams

編輯: cq

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