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寫在前面 說來慚愧，感覺讀到研究生，說來說去張口閉口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX數(shù)據(jù)庫(kù)，感覺還不如一些臨床醫(yī)生自學(xué)生物信息學(xué)的，平常都沒去探索一些新的數(shù)據(jù)庫(kù)，這邊做個(gè)記錄.黑色部分代表我查到的簡(jiǎn)介，而紅色部分則表示我的個(gè)人看法，其實(shí)這個(gè)關(guān)于數(shù)據(jù)也有別人寫過教程了https://mp.weixin.qq.com/s/rNOIuXTqh-xJg2oj3AlRDA GEO數(shù)據(jù)庫(kù) GEO數(shù)據(jù)庫(kù)全稱GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心NCBI創(chuàng)建并維護(hù)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。它收錄了世界各國(guó)研究機(jī)構(gòu)提交的高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)，目前已經(jīng)發(fā)表的論文中涉及到的基因表達(dá)檢測(cè)的數(shù)據(jù)可以通過這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中找到,并且免費(fèi)提供下載 數(shù)據(jù)類型包括各種物種的各種組學(xué)的數(shù)據(jù)，可以說非常全面的一個(gè)平臺(tái)了，但是有時(shí)需要注意作者可能會(huì)上傳一些錯(cuò)誤的數(shù)據(jù)上去，所以拿到數(shù)據(jù)之后還需要進(jìn)行質(zhì)控 網(wǎng)址：https://www.ncbi.nlm./geo/ TCGA數(shù)據(jù)庫(kù) TCGA是基因中堿基的縮寫，所以看名字大家也就能知道這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是基因測(cè)序的信息庫(kù)，其全稱是TheCancer Genome Atlas(TCGA)計(jì)劃，由美國(guó)美國(guó)國(guó)家癌癥和腫瘤研究所（NCI）和國(guó)家人類基因組研究所（NHGRI）于2006年聯(lián)合啟動(dòng)，第一階段三年耗資1億美元，收集多形性成膠質(zhì)細(xì)胞瘤和卵巢癌的數(shù)據(jù)，將腫瘤組織與癌旁組織進(jìn)行測(cè)序。2009年再投2.75億美元對(duì)20多種腫瘤進(jìn)行大規(guī)模研究，目前有20多種組織類型的30多種癌癥11000多個(gè)病人的臨床與基因信息。 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)可以說是我最常用的數(shù)據(jù)庫(kù)之一了，主要是泛癌分析部分 ICGC數(shù)據(jù)庫(kù) https://mp.weixin.qq.com/s/2ny_QLvK-Rl8G3UNcwoodg-這篇推文包括了如何下載數(shù)據(jù)的教程,但是是一個(gè)個(gè)數(shù)據(jù)下載的樣式。 ICGC(International Cancer Genome Consortium,國(guó)際腫瘤基因組協(xié)作組），收集了50種不同癌種的數(shù)據(jù)，其中包括基因異常表達(dá)，體細(xì)胞突變，表觀遺傳修飾，臨床數(shù)據(jù)等，是除TCGA外研究腫瘤的又一利器！ MSK-IMPACT MSK-IMPACT檢測(cè)1萬余例晚期癌癥的結(jié)果。 這個(gè)下載界面在 但是也只能一個(gè)個(gè)下載 文章里的網(wǎng)站 一.信息類數(shù)據(jù)庫(kù) 1.綜合型數(shù)據(jù)庫(kù) NCBI:https://www.ncbi.nlm./ UCSC:http://genome./ (基因組瀏覽器) Ensembl : http://asia./index.html Genecards : https://www./ BioGPS : http:///#goto=welcome 大型綜合數(shù)據(jù)庫(kù) MGD : http://www.informatics./ 小鼠基因組 2.蛋白數(shù)據(jù)庫(kù) UniProt :https://www./ 蛋白信息 SMART : http://smart./ 信息/結(jié)構(gòu)域/修飾/互作 CR2Cancer : http://cis./CR2Cancer/ 信息/表達(dá)/甲基化/CNV/預(yù)后/… COBALT : https://www.ncbi.nlm./tools/cobalt/re_cobalt.cgi 保守性 Clustalo : https://www./Tools/msa/clustalo/ 保守性 ClustalW : https://www./Tools/msa/clustalo/ 保守性 multalin : http://multalin.toulouse./multalin/ 保守性 InterPro : http://www./interpro/ motif分析 PROSITE : https://prosite./ motif分析 ELM : http://elm./ motif分析 NLSdb : https:///services/nlsdb/ 核定位 iACP : http:///server/iACP 預(yù)測(cè)抗癌肽 3.-miRNA數(shù)據(jù)庫(kù) miRBase : http://www./ 信息 Tools4miRs : https:// 整合型 mirPath :http://snf-515788.vm.okeanos./ 通路 miRPathDB : https://mpd.bioinf./ 通路 HMDD : http://www./hmdd pub/疾病 MISIM : http://www./misim/Home 預(yù)測(cè)/疾病 Oncomir : http://www./ 腫瘤/表達(dá)預(yù)后 miRNACancerMap : http://cis./miRNACancerMAP/ 腫瘤/表達(dá)預(yù)后 DIANA Tools : http://diana.imis./DianaTools/index.php?r=site/page&view=software 功能/機(jī)制 ENCORI : http://starbase./ ceRNA 4.lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù) noncode : http://www./ 信息 lncrnadb : http://www./ 信息 lncipedia : http://www./ 信息 LncBook : http://bigd./lncbook/index 信息 AnnoLnc :http://annolnc.cbi.pku.edu.cn 信息/表達(dá)/機(jī)制 Rsite2 : http://www./rsite2 結(jié)構(gòu) RNA-MoIP : http://rnamoip.cs./ 結(jié)構(gòu) TANRIC : https://bioinformatics./public-software/tanric/ 腫瘤/表達(dá) lnCAR :https://lncar. 表達(dá)/結(jié)構(gòu) Lnc2Cancer : http://www./lnc2cancer/ pub/表達(dá)/表型 lncRNADisease : http://www./lncrnadisease/ pub/疾病 HDncRNA : http://hdncrna./ pub/心血管 iLoc-LncRNA : http:///server/iLoc-LncRNA/ 定位/預(yù)測(cè)/Fasta lncLocator : http://www.csbio./bioinf/lncLocator/# 定位/預(yù)測(cè)/Fasta RNAlocate :http://www./rnalocate/index.html 定位/檢索 lncATLAS : http://lncatlas./定位/基于測(cè)序 Co-LncRNA : https://www./tag/co-lncrna/ 功能/相關(guān)性 LncBase : http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index-predicted ceRNA LncTar : http://www./lnctar lncRNA-RNA LncTar: a tool for predicting the RNA targets of long noncoding RNAs Lnc2Meth : http://bio-bigdata./Lnc2Meth/ 甲基化 LncRNASNP2 : http://bioinfo.life./lncRNASNP#!/ SNP/CNV/突變 LncRNA2Target : http://www. lncRNA-蛋白/miRNA LNCediting : http://bioinfo.life./LNCediting/ A-to-I 5.circRNA數(shù)據(jù)庫(kù) circBase : http://www./ 信息 circbank : http://www./help.html 信息/ceRNA CIRCpedia : https://www./rnomics/circpedia/ 信息/保守性 circAtlas : http://circatlas./ 信息/ceRNA/RBP CircInteractome : https://circinteractome.nia. 信息/ceRNA/RBP/siRNA circRNADb : http://reprod./circrnadb 信息/編碼蛋白 CircFunBase : http://bis./CircFunBase/ 信息/功能/蛋白/miRNA TSCD : http://gb./TSCD/ 組織特異性分析 CSCD : http://gb./CSCD/ 腫瘤特異性分析 circRNADisease : http://:9091/circRNADisease/ pub/疾病 TRCirc : http://www./TRCirc/view/index 轉(zhuǎn)錄因子-circ ENCORI : http://starbase./ ceRNA/RBP 6.外泌體數(shù)據(jù)庫(kù) EVmiRNA : http://bioinfo.life./EVmiRNA#!/ miRNA exoRBase : http://www./ 血液/mRNA/lnc/circ miRandola : http://mirandola.iit./ RNA/疾病-高通量 7.假基因數(shù)據(jù)庫(kù) dreamBase : http://rna./dreamBase/ 整合型/表達(dá)/組蛋白修飾/RNA修飾/蛋白結(jié)合/miRNA 8.融合基因數(shù)據(jù)庫(kù) ChimerDB : http://ercsb./fusiongene/整合型/pub+預(yù)測(cè) COSMIC Fusion : https://cancer./cosmic/fusion pub 9.DNA修飾數(shù)據(jù)庫(kù) AWESOME :http://www./ snp Pancan-meQTL : http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/ SNP/甲基化-生存/調(diào)控 iDNA6mA-PseKNC : http:///server/iDNA6mA-PseKNC N6甲基化/Fasta MethBank : https://bigd./methbank/ 甲基化/多物種/注釋庫(kù) 10 RNA修飾數(shù)據(jù)庫(kù) RMBase :http://rna./rmbase/ RNA修飾/SNP m6AVar : http://m6avar./ m6A WHISTLE : http://180.208.58.19/whistle/index.html m6A/預(yù)測(cè) iRNA-3typeA :http:///server/iRNA-3typeA.php m1A/m6A/A-to-I/預(yù)測(cè) LNCediting : http://bioinfo.life./LNCediting/ A-to-I 11.蛋白修飾數(shù)據(jù)庫(kù) PTMD : http://ptmd./ 修飾-疾病 Phosphonet : http://www./ 磷酸化 PhosphositePlus : https://www./homeAction.action 磷酸化 qPhos : http://qphos./ 磷酸化 GPS : http://gps./index.php 磷酸化 GPS-MSP : http://msp./index.php 蛋白甲基化 12.藥物數(shù)據(jù)庫(kù) DGIdb : http://www./ 藥物-基因 Pubchem : https://pubchem.ncbi.nlm./ 化合物/信息/結(jié)構(gòu) CTD : http:/// 信息/化合物/互作 NRDTD :http://chengroup./NRDTD/ 藥物-ncRNA ETCM : http://www./ETCM/ 中藥/靶分子/功能/疾病 BATMAN-TCM : http://bionet./batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病 TCMSP : https://lsp./ 中藥成分/靶分子/疾病 TCMID : http://119.3.41.228:8000/tcmid/ 中藥信息 SymMap : https://www./ 整合型 VigiBase ：https://www./vigibase/vigilyze/ 藥物不良數(shù)據(jù)庫(kù) 13.疾病數(shù)據(jù)庫(kù) HMDD : http://www./hmdd (疾病/miRNA/靶分子) lncRNADisease : http://www./lncrnadisease/ (疾病/lncRNA) circRNADisease : http://:9091/circRNADisease/ (疾病/circRNA) HDncRNA :http://hdncrna. (心血管疾病/ncRNA) OsteoporosAtlas : http://biokb./osteoporosis/ (骨質(zhì)疏松/基因/miRNA) AlzBase : http://alz./alzBase(阿爾茨海默癥/GEO) 14.其他數(shù)據(jù)庫(kù) Autophagy：http://www./index.html 自噬數(shù)據(jù)庫(kù) eFORGE：https://eforge./ 表觀遺傳數(shù)據(jù)庫(kù) CellMarker：http://biocc./CellMarker/ 細(xì)胞標(biāo)志物數(shù)據(jù)庫(kù) COSMIC：https://cancer./cosmic/ 癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù) 二.樣本數(shù)據(jù)庫(kù) 1.樣本存儲(chǔ)數(shù)據(jù)庫(kù) GEO : https://www.ncbi.nlm./geo/ (2020)大型/眾多疾病 TCGA : https://portal.gdc./ (2020)腫瘤 ICGC : https://dcc. (2020)腫瘤 CGGA : http://www./download.jsp 膠質(zhì)瘤 CPTAC : https://cptac-data-portal. 腫瘤蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù) Treehouse : https://treehousegenomics.soe./public-data/#v9publicpolya 兒童腫瘤 CCEL : https://portals./ccle 腫瘤細(xì)胞株 cbioportal : http://www./ 腫瘤 Protein Atlas : http://www./ 免疫組化數(shù)據(jù)庫(kù)/腫瘤 GTEx : https://www./home/index.html 正常樣本 Cistrome : http:///db/#/ (2020)表觀組數(shù)據(jù) ReMap : http://tagc./remap/index.php ChIPseq數(shù)據(jù) HMP : https://portal./ 人類菌群數(shù)據(jù) PanglaoDB : https:///index.html 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組/表達(dá)/亞群marker 2.分析平臺(tái) NetworkAnalyst : https://www. /芯片/RNAseq GREIN : www.ilincs.org/apps/grein/ GEO-array/RNAseq-預(yù)分析 BioJupies :https://amp.pharm./biojupies/ RNAseq IRIS-EDA : http://bmbl./IRIS/ RNAseq/scRNA-seq iDEP.85 : http://bioinformatics./idep/ 芯片/RNAseq Granatum : http://granatum.dcmb.med.:8102/?state_id=c11e507cd31c35d0&tab=info 單細(xì)胞測(cè)序 MicrobiomeAnalyst : https://www. 微生物組學(xué) Microbializer : https://microbializer. 微生物組學(xué) 3.基于GEO/TCGA開發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù) GEO2R : https://www.ncbi.nlm./geo/geo2r/ 差異分析/芯片編號(hào) BART : http://igc1.:3838/bart/ 差異分析/芯片編號(hào)/原始文件 ImaGEO : http://bioinfo./imageo/ meta/芯片編號(hào) R2 : https://hgserver1./cgi-bin/r2/main.cgi 多種分析 CRN : http://syslab4./ 腫瘤相關(guān) Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc./lungcancer/index.php#page-top 肺癌 GEPIA : http://gepia./ 表達(dá)/預(yù)后/相關(guān)性 Oncomine : https://www./resource/login.html 表達(dá)/預(yù)后/相關(guān)性 UALCAN : http://ualcan.path./index.html 表達(dá)/預(yù)后/相關(guān)/甲基化 LinkedOmics : http://www./login.php 表達(dá)/相關(guān)/甲基化 TRGAted : https://nborcherding./TRGAted/ 預(yù)后/OS/DFS/DFI KM plotter : http:///analysis/ 預(yù)后/mRNA/miRNA MethSurv : https://biit.cs./methsurv/ 甲基化預(yù)后 MethHC : http://methhc.mbc./php/index.php 甲基化-表達(dá) MEXPRESS : https:/// 甲基化 Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc./lungcancer/index.php#page-top 肺癌 HCMDB：http://hcmdb./index 人腫瘤轉(zhuǎn)移數(shù)據(jù) 三.交互數(shù)據(jù)庫(kù) 1.RNA-DNA數(shù)據(jù)庫(kù) LongTarget : http://lncrna./ R-loop R-loopDB : http://rloop.bii./ (R-loop) 2.(RNA-RNA) miRNA-RNA數(shù)據(jù)庫(kù) ENCORI : http://starbase./ (ceRNA) TargetScan : http://www./vert_72/ ceRNA miRWalk : http://mirwalk.umm./ (整合型) TarBase : http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex pub miRTarBase : http://mirtarbase.mbc./php/index.php (預(yù)測(cè)) LncBase : http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 預(yù)測(cè)/lncRNA LncACTdb 2.0 : http://www./LncACTdb/index.html pub/預(yù)測(cè)/ceRNA miRTissue : http://150.145.111.118:3838/mirTissue/ 交互的影響 3.蛋白-DNA) 轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù) JASPAR :http://jaspar./ (2020) AnimalTFDB : http://bioinfo.life./AnimalTFDB/#!/ 找TF Unibind : https://unibind. 轉(zhuǎn)錄因子信息 iTIS-PseTNC : http:///server/iTIS-PseTNC 預(yù)測(cè)TSS dbtoolkit : http://dbtoolkit./ TF預(yù)測(cè) ChIPBase : http://rna./chipbase/index.php (TF-ncRNA/蛋白/共表達(dá)) ChIP-Atlas : http:/// TF找靶分子 TRRUST : www.grnpedia.org/trrust/ pub/預(yù)測(cè)？ miRGen : http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3%2Findex TF-miRNA TransmiR : http://www./transmir TF-miRNA mirTrans : https://mcube./jwang/lab/soft/mirtrans/ TF-miRNA 4.(蛋白-DNA) 增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù) EnhancerDB : http://lcbb./EnhancerDB/ 增強(qiáng)子-TF-基因/miRNA HACER : http://bioinfo./AE/HACER/ 增強(qiáng)子-TF-靶基因 EnhancerAtlas :http://www./CONTACT 增強(qiáng)子-基因 TiED : https://lcbb./TiED 組織特異性/TF/靶分子/SNP HEDD :http://zdzlab.einstein./1/hedd.php (增強(qiáng)子-疾病) 5.蛋白-蛋白數(shù)據(jù)庫(kù) STRING : https:///cgi/input.pl (蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)) BioGRID : https:/// pub APID :http://apid.dep. (pub/實(shí)驗(yàn)) OLS:https://www./ols/ontologies/mi HDOCK :http://hdock.phys./ (預(yù)測(cè)/蛋白-蛋白) InterEvDock2 : https://bioserv.rpbs./services/InterEvDock2/ 預(yù)測(cè) 6.藥物-蛋白數(shù)據(jù)庫(kù) DGIdb :http://www./ (藥物-基因) NRDTD : (藥物-ncRNA) ETCM : http://bionet./batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病 BATMAN-TCM : http://bionet./batman-tcm/ 中藥/靶分子/功能/疾病 TCMSP : https://lsp./ 中藥成分/靶分子/疾病 SEA:http://sea./ 預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn) SuperPred：http://prediction./ 預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn) KINOME: https://kinome./en/ 預(yù)測(cè)藥物調(diào)控激酶 VARIDT：http://varidt./ttd/ 藥物轉(zhuǎn)運(yùn)體數(shù)據(jù)庫(kù) 7.腫瘤微環(huán)境數(shù)據(jù)庫(kù) CIBERSORT : https://cibersort./ 免疫浸潤(rùn) TIMER : http://timer./ 免疫浸潤(rùn) TISIDB : http://cis./TISIDB/ 基因-免疫細(xì)胞 CancerSEA : http://biocc./CancerSEA/ 腫瘤單細(xì)胞 四.富集數(shù)據(jù)庫(kù) 1.功能數(shù)據(jù)庫(kù) Metascape : https:///gp/index.html 富集分析 DAVID : https://david./ 富集分析 WebGestalt : http://www./ ORA/GSEA/NTA TAM : http://www./tam2/ miRNA富集分析 GSEA : https://www./gsea/index.jsp GSEA Enrichr : http://amp.pharm./Enrichr/ 富集 KOBAS : http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php 聚類 g: Profiler : https://biit.cs./gprofiler/ 聚類/ID轉(zhuǎn)換 OmicsNet : www.omicsnet.ca 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 FunRich：http:///download 2.通路數(shù)據(jù)庫(kù) KEGG : https://www. 通路 Reactome : https:/// 通路 Pathview : https:/// 通路/可視化 五.實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)庫(kù) 1.試劑數(shù)據(jù)庫(kù) CiteAb : https://www./ 抗體 BenchSci : https://www. 抗體 Labome : https://www./index.html 抗體/siRNA Selleckchem : https://www./ 抑制劑 CRISPRlnc : http://www./ crispr/lncRNA MRPrimerW2 : http:/// qPCR引物 ChIPprimersDB : https://www. ChIP-PCR引物 PrimerBank：https://pga.mgh./primerbank/ qPCR引物 Addgene：http://www./ 載體信息共享網(wǎng)站 2.實(shí)驗(yàn)protocol數(shù)據(jù)庫(kù) Jove : https://www. 視頻/權(quán)限 bio-protocol : https:///cn/default.aspx protocol Current Protocols : https://currentprotocols.onlinelibrary./ protocol Nature protocol : https://www./nprot/ protocol Springer Protocols : https://experiments.springer/springer-protocols-closure protocol Cold Spring Harbor Protocols : http://cshprotocols./ protocol cirRNA https://mp.weixin.qq.com/s/bzDfU_5w5un5UH_V2k4GRw ———————————————— 版權(quán)聲明：本文為CSDN博主「愿航」的原創(chuàng)文章，遵循CC 4.0 BY-SA版權(quán)協(xié)議，轉(zhuǎn)載請(qǐng)附上原文出處鏈接及本聲明。 原文鏈接：https://blog.csdn.net/wish_to_top/article/details/118481524 |
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