獼猴（Macaca mulatta）是研究人類生物學(xué)和疾病最廣泛使用的非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物（NHP）模型之一，其基因序列對(duì)于靈長(zhǎng)類動(dòng)物進(jìn)化及生物醫(yī)學(xué)研究也是至關(guān)重要的。

近日，來自美國(guó)的研究團(tuán)隊(duì)在《Science》發(fā)表其最新研究成果：通過多平臺(tái)基因組學(xué)方法研究團(tuán)隊(duì)組裝完成了最新的獼猴參考基因組，并確定了超過8500萬(wàn)個(gè)遺傳變異。這一最新的獼猴參考基因組和研究群體的遺傳特征將極大地推進(jìn)靈長(zhǎng)類基因組進(jìn)化和生物醫(yī)學(xué)研究，為更完整地研究遺傳變異及其表型結(jié)果提供一個(gè)更全面的數(shù)據(jù)資源。

最新的獼猴參考基因組

研究團(tuán)隊(duì)使用多平臺(tái)基因組學(xué)方法對(duì)一只印度雌性獼猴的基因組進(jìn)行了測(cè)序和組裝，得到最新的獼猴參考基因組(Mmul_10, contig N50 = 46 Mbp)，這是迄今為止最完整的靈長(zhǎng)類動(dòng)物參考基因組之一，99.7%的gaps已補(bǔ)全，99%以上的基因被注釋，其將序列連續(xù)性提高了120倍。

研究人員還利用其產(chǎn)生的650萬(wàn)個(gè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，建立了一套完整的蛋白質(zhì)編碼和非編碼基因模型，包括新的獼猴亞型和候選基因的鑒定。通過片段重復(fù)組裝的改進(jìn)，研究人員發(fā)現(xiàn)了新的譜系特異性基因和擴(kuò)展的基因家族，這可能為進(jìn)化和疾病易感性的研究提供信息。

獼猴的遺傳多樣性

研究團(tuán)隊(duì)對(duì)850只來自美國(guó)圈養(yǎng)群體和3只中國(guó)野生獼猴進(jìn)行全基因組測(cè)序，并與最新參考基因組進(jìn)行比對(duì)，確定了8570萬(wàn)個(gè)單核苷酸變異（SNVs）和1050萬(wàn)個(gè)indel，為NHP物種生成了最廣泛的分離遺傳變異集合。目前可證實(shí)研究中每個(gè)獼猴個(gè)體的多樣性是人類的兩倍多，平均每個(gè)獼猴攜帶970萬(wàn)個(gè)SNVs，可以利用這些變異來了解現(xiàn)有研究種群的遺傳多樣性。研究人員還發(fā)現(xiàn)獼猴基因中潛在的有害突變?cè)谌祟愔惺遣荒苋萑痰?，這種在獼猴研究中心分離的突變?yōu)殚_發(fā)新的疾病遺傳模型提供了機(jī)會(huì)。

研究數(shù)據(jù)

本研究涉及的所有數(shù)據(jù)均可在正文或補(bǔ)充材料中獲取。Mmul_10基因組組裝序列可在NCBI獲取，數(shù)據(jù)編號(hào)：GCF_003339765.1。

參考文獻(xiàn)

Warren WC, Harris RA, Haukness M,et al. Sequence diversity analyses of an improved rhesus macaque genome enhance its biomedical utility. Science. 2020 Dec 18;370(6523):eabc6617. 

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