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Cell最新研究:干擾素驅(qū)動的ACE2上調(diào)增強(qiáng)新冠病毒感染 | COVID-19一周精選【4.18-4.24】

 尐尐呅 2022-06-09 發(fā)布于湖北

VirusDIP


截至4月24日12時,CNGBdb病毒數(shù)據(jù)庫(VirusDIP):

> 總數(shù)據(jù)量:GISAID EpiCoV? 11915條,CNGBdb新冠病毒數(shù)據(jù)庫1277 條;

> 上周新增(4.18~4.24):GISAID EpiCoV? 2443條,CNGBdb新冠病毒數(shù)據(jù)庫213條;

> CNGBdb自主發(fā)布:75條新冠病毒組裝數(shù)據(jù),83條新冠病毒測序數(shù)據(jù)。

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COVID-19一周研究速覽


> 標(biāo)題:SARS-CoV-2受體ACE2是人氣道上皮細(xì)胞干擾素刺激基因,并在組織中的特定細(xì)胞亞群中被檢測到

> 期刊:Cell

> DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035

> 摘要:目前迫切需要了解引起2019冠狀病毒?。–OVID-19)的SARS-CoV-2的發(fā)病機(jī)制。SARS-CoV-2 S蛋白與ACE2結(jié)合,并與宿主蛋白酶(主要為TMPRSS2)協(xié)同作用,促進(jìn)病毒進(jìn)入細(xì)胞。在宿主組織中,SARS-CoV-2靶向的細(xì)胞亞群以及調(diào)控ACE2表達(dá)的因素仍然未知。在這里,我們利用健康和疾病中的人類、非人類靈長類和小鼠單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)數(shù)據(jù)集,在組織常駐細(xì)胞亞群中發(fā)現(xiàn)SARS-CoV-2的可能靶點。我們鑒定了II型肺泡細(xì)胞、回腸吸收性腸細(xì)胞和鼻杯狀分泌細(xì)胞中ACE2和TMPRSS2共表達(dá)。值得注意的是,我們發(fā)現(xiàn)ACE2是一個人干擾素刺激基因(ISG),在體外使用氣道上皮細(xì)胞,并將我們的發(fā)現(xiàn)擴(kuò)展到體內(nèi)病毒感染。我們的數(shù)據(jù)表明,SARS-CoV-2可以利用物種特異性干擾素驅(qū)動的ACE2上調(diào)來增強(qiáng)感染,而ACE2是肺損傷期間的組織保護(hù)介質(zhì)。

*特別說明:這篇文章雖然已經(jīng)得到了同行評議,并已被《Cell》接收,但還沒有完成最終的校對工作,文中可能存在一些細(xì)節(jié)上的錯誤。為了讓研究結(jié)果盡早公布,已在線發(fā)布此文:https://www./pb-assets/products/coronavirus/CELL_CELL-D-20-00767.pdf.


> 標(biāo)題:針對SARS-CoV-2主要蛋白酶的抗病毒候選藥物的結(jié)構(gòu)設(shè)計

> 期刊:Science

> DOI:10.1126/science.abb4489

> 摘要:SARS-CoV-2是導(dǎo)致全球COVID-19爆發(fā)的病原。SARS-CoV-2的主要蛋白酶(Mpro)是介導(dǎo)病毒復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵酶。我們設(shè)計并合成了兩個針對Mpro的先導(dǎo)化合物(11a和11b)。兩者均表現(xiàn)出良好的抑制活性和較強(qiáng)的抗SARS-CoV-2感染活性。SARS-CoV-2 Mpro與11a或11b的配合物的X射線晶體結(jié)構(gòu)均在1.5?分辨率下測定,11a和11b的醛基與Mpro的Cys145共價結(jié)合。兩種化合物在體內(nèi)均表現(xiàn)出良好的藥代動力學(xué)特性,11a也表現(xiàn)出較低的毒性,表明這些化合物有開發(fā)成為抗SARS-CoV-2新藥的潛力。


> 標(biāo)題:SARS-CoV-2進(jìn)入因子與先天免疫基因在鼻上皮細(xì)胞中高度表達(dá)

> 期刊:Nature Medicine

> DOI:10.1126/science.abb4489

> 摘要:我們通過檢測來自健康人供體多個組織的單細(xì)胞RNA序列數(shù)據(jù)中病毒進(jìn)入相關(guān)基因的表達(dá),研究SARS-CoV-2的潛在趨向性。我們在特定的呼吸、角膜和腸上皮細(xì)胞中共同檢測了這些轉(zhuǎn)錄本,這可能解釋了SARS-CoV-2的高效傳播。這些基因在鼻上皮細(xì)胞中與參與先天免疫的基因共同表達(dá),突出了細(xì)胞在病毒初始感染、傳播和清除中的潛在作用。這項研究為進(jìn)一步研究COVID-19患者的臨床樣本提供了有用的資源,我們以全面、開放和用戶友好的方式在www.covid19cellatlas.org上提供了我們的數(shù)據(jù)。


> 標(biāo)題:2020年1月至3月中國浙江省SARS-CoV-2感染患者的病毒載量動態(tài)和疾病嚴(yán)重性:回顧性隊列研究

> 期刊:BMJ

> DOI:https:///10.1136/bmj.m1443 

> 摘要:

目的:在中國浙江省流行病的前四個月中,評估在SARS-CoV-2感染的患者在疾病進(jìn)展不同階段的病毒載量。

設(shè)計:回顧性隊列研究

范圍:中國浙江省COVID-19患者定點醫(yī)院

參與者:96例確診的SARS-CoV-2感染患者:輕度22例,重度74例。數(shù)據(jù)收集時間為2020年1月19日至2020年3月20日。

主要觀察指標(biāo):在呼吸,糞便,血清和尿液樣本中測得的核糖核酸(RNA)病毒載量。將循環(huán)閾值(一種核酸濃度的量度)繪制在基于標(biāo)準(zhǔn)產(chǎn)物構(gòu)建的標(biāo)準(zhǔn)曲線上。通過電子病歷的數(shù)據(jù)收集表獲得流行病學(xué),臨床和實驗室特征以及治療和結(jié)果數(shù)據(jù),并分析臨床數(shù)據(jù)與疾病嚴(yán)重性之間的關(guān)系。

結(jié)果:入院后從患者中收集了3497份呼吸,糞便,血清和尿液樣本,并評估了SARS-CoV-2 RNA病毒載量。通過測試痰液和唾液標(biāo)本可確認(rèn)所有患者均已感染。在55名患者(59%)的糞便中和39名患者(41%)的血清中檢測到RNA。一名病人的尿樣呈SARS-CoV-2陽性。大便病毒中位持續(xù)時間(22天,四分位數(shù)范圍17-31天)明顯長于呼吸道病毒(18天,13-29天;P=0.02)和血清病毒(16天,11-21天;P<0.001)。嚴(yán)重疾病患者(21天,14-30天)的呼吸道樣本中病毒的持續(xù)時間明顯長于輕度疾病患者(14天,10-21天;P = 0.04)。在輕度組中,病毒載量在發(fā)病后的第二周達(dá)到高峰,而在重度組中,病毒載量在第三周仍然很高。60歲以上患者和男性患者的病毒持續(xù)時間更長。

結(jié)論:大便樣本中SARS-CoV-2的持續(xù)時間明顯長于呼吸道和血清樣本,凸顯了在疫情防控中加強(qiáng)大便樣本管理的必要性,病毒持續(xù)時間較長,負(fù)荷較高,在重癥患者的呼吸道組織中出現(xiàn)高峰。


> 標(biāo)題:妊娠中期羊水未檢出SARS-CoV-2

> 期刊:Lancet Infectious Diseases

> DOI:https:///10.1016/S1473-3099(20)30320-0

> 研究內(nèi)容:關(guān)于SARS-CoV-2是否可以在子宮內(nèi)從受感染的母親傳播給嬰兒,存在爭議。到目前為止,研究主要集中在懷孕后期的女性。我們報告了在妊娠早期被診斷為2019冠狀病毒病(COVID-19)的兩名孕婦的羊水中SARS-CoV-2檢測為陰性。這項研究受到樣本量小和缺乏臍帶血的限制。然而,我們希望這些發(fā)現(xiàn)有助于了解妊娠早期SARS-CoV-2在宮內(nèi)垂直傳播的可能性。還需要更大規(guī)模的前瞻性研究和更多的數(shù)據(jù)。


> 標(biāo)題:紐約地區(qū)5700例COVID-19患者的特征、合并癥及預(yù)后

> 期刊:JAMA

> DOI:10.1001/jama.2020.6775

> 研究內(nèi)容:美國COVID-19住院患者的特征、臨床表現(xiàn)和預(yù)后如何? 在這個包括紐約地區(qū)5700名COVID-19住院患者的病例系列中,最常見的合并癥是高血壓、肥胖癥和糖尿病。出院或死亡(n?=?2634)患者中,14.2%在重癥監(jiān)護(hù)室接受治療,12.2%接受有創(chuàng)機(jī)械通氣,3.2%接受腎臟替代治療,21%死亡。本研究提供了紐約地區(qū)COVID-19住院患者的特征和早期結(jié)果。

預(yù)印本




預(yù)印本網(wǎng)站:bioRxiv

> 標(biāo)題:快速開發(fā)SARS-CoV-2滅活疫苗

> 主要結(jié)論:一種純化的SARS-CoV-2滅活疫苗候選株(PiCoVacc)通過誘導(dǎo)缺乏免疫病理學(xué)的有效體液反應(yīng),對非人類靈長類動物的SARS-CoV-2病毒株具有完全的保護(hù)作用。

> DOI: https:///10.1101/2020.04.17.046375.



預(yù)印本網(wǎng)站:medRxiv

> 標(biāo)題:患者源性突變影響SARS-CoV-2的致病性

> 主要結(jié)論:SARS-CoV-2已經(jīng)獲得了能夠?qū)嵸|(zhì)性改變其致病性功能的突變,并且不同變異毒株病毒載量方面的差異可達(dá)270倍。

> DOI: https:///10.1101/2020.04.14.20060160.



預(yù)印本網(wǎng)站:medRxiv

> 標(biāo)題:意大利北部貝加莫顆粒物質(zhì)中發(fā)現(xiàn)SARS-Cov-2 RNA:第一個初步證據(jù)

> 主要結(jié)論:這是SARS-CoV-2 RNA在室外顆粒物中存在的第一個初步證據(jù),表明在大氣穩(wěn)定和PM濃度較高的條件下,SARS-CoV-2可以與室外PM形成簇,通過降低其擴(kuò)散系數(shù),增強(qiáng)病毒在大氣中的持久性。目前正在進(jìn)一步證實這一初步證據(jù),其中應(yīng)包括實時評估SARS-CoV-2的活力及其吸附在顆粒物上的毒性。

> DOI: https:///10.1101/2020.04.15.20065995.

參考文獻(xiàn):

[1] https://www./pb-assets/products/coronavirus/CELL_CELL-D-20-00767.pdf.

[2] Wenhao Dai, Bing Zhang,Haixia Su, et al.Structure-based design of antiviral drug candidates targeting the SARS-CoV-2 main protease.Science 22 Apr 2020:eabb4489 . 

[3] Sungnak, W., Huang, N., Bécavin, C. et al. SARS-CoV-2 entry factors are highly expressed in nasal epithelial cells together with innate immune genes. Nat Med (2020). https:///10.1038/s41591-020-0868-6.

[4] Zheng S,Fan J,Yu F,et al.Viral load dynamics and disease severity in patients infected with SARS-CoV-2 in Zhejiang province, China, January-March 2020: retrospective cohort study.BMJ. 2020 Apr 21;369:m1443. 

[5] https://www./journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30320-0/fulltext.

[6] Richardson S,Hirsch JS,Narasimhan M,et al.Presenting Characteristics, Comorbidities, and Outcomes Among 5700 Patients Hospitalized With COVID-19 in the New York City Area.JAMA. 2020 Apr 22.

[7] Qiang Gao,et al.Rapid development of an inactivated vaccine for SARS-CoV-2.bioRxiv. 19  April, 2020.

[8] Hangping Yao,et al.Patient-derived mutations impact pathogenicity of SARS-CoV-2.medRxiv. 23 April, 2020.

[9] Leonardo Setti,et al.SARS-Cov-2 RNA Found on Particulate Matter of Bergamo in Northern Italy: First Preliminary Evidence.medRxiv. 18 April, 2020.

部分信息來源于“生物探索”、“iNature”公眾號,如有侵權(quán)請聯(lián)系刪除。

*注:中文翻譯僅供參考,一切內(nèi)容以英文原文為準(zhǔn)。以上內(nèi)容僅代表文章作者本人觀點,不代表深圳國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺觀點或立場。

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