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?趣談基因療法(第二期)| 生產(chǎn)似樂高、治療像快遞的基因增補(bǔ)

 昵稱32772025 2022-01-18

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▉ 寫在前面

上一期我們說到基因增補(bǔ)gene augmentation,又名基因修飾)是目前已上市和實(shí)驗(yàn)中的基因療法中最主要的作用原理,也是當(dāng)前熱度極高的話題之一。

就在本篇撰寫之前,該領(lǐng)域又出現(xiàn)了兩個(gè)大新聞:(1)FDA拒絕了BioMarin 針對(duì)A型血友病的藥物Roctavian的上市申請(qǐng),要求補(bǔ)充2年的隨訪數(shù)據(jù);(2)Audentes又爆出一例AT132高劑量給藥組的患者死亡,截至目前,高劑量已死亡3例(入組17例)。一邊是FDA對(duì)該領(lǐng)域的評(píng)審更加嚴(yán)格,一邊是冒進(jìn)的臨床試驗(yàn)導(dǎo)致患者的死亡,這為當(dāng)前火熱的基因療法潑了一盆冷水,也讓組織者更加重視實(shí)驗(yàn)的安全性和數(shù)據(jù)充分程度,引領(lǐng)行業(yè)向更嚴(yán)謹(jǐn)?shù)胤较虬l(fā)展。

▉ 基因就是快遞

說到基因增補(bǔ),時(shí)下最火熱的方法為In vivo的基因遞送,我們可以把其比喻成用汽車送快遞:以DMD(杜氏肌營(yíng)養(yǎng)不良)為例,由于X染色體上的基因突變,患者無法生產(chǎn)出足量、正常的抗肌萎縮蛋白,根據(jù)蛋白的殘存率,也可以對(duì)患者做疾病分型。

我們將DMD病人的身體比喻成一座城市,整個(gè)城市現(xiàn)在缺少生產(chǎn)抗肌萎縮蛋白的工廠,那么我們的目標(biāo)則是要將抗肌萎縮蛋白的生產(chǎn)圖紙基因),以快遞的方式從外界送到這個(gè)工廠(靶細(xì)胞)。
但就像送快遞一樣,每天有各種各樣城市自有的車輛在其中穿行和運(yùn)輸,道路十分危險(xiǎn),并且交警不止是要抓違章,還要抓外來車輛;同時(shí),也有著各種各樣相似的門牌號(hào)和建筑,還得確??爝f是被目標(biāo)工廠接收,而不是送到澡堂、電影院……所以,構(gòu)建安全高效的送快遞的“車”就很重要了。

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目前有很多種送快遞的方法,在這里簡(jiǎn)單介紹下:

裸質(zhì)粒遞送最常見的是直接向肌肉組織注射大量裸質(zhì)粒(快遞),期望裸質(zhì)粒被肌肉細(xì)胞(工廠)內(nèi)吞后,生產(chǎn)出所需蛋白,此種方法轉(zhuǎn)染效率低,可適用于一些僅需微量表達(dá)就能達(dá)到治療效果的疾??;

病毒載體遞送:最常見的是以AAV(Adeno-associated Virus)、LV(Lentiviruses)作為載體,其他病毒載體還有如RV(Retroviruses)、HSV(Herpes simplex)等,此類方法轉(zhuǎn)染效率突出,瓶頸主要在于免疫原性、靶向性、隨機(jī)整合、基因載量、生產(chǎn)成本等方面;可以通過注射方式的改變來實(shí)現(xiàn)靶向性和低免疫原性,如視網(wǎng)膜下腔注射(subretinal delivery);更多常見病毒載體下見圖。

非病毒載體遞送:如高分子聚合物、陽離子脂質(zhì)體等,同樣受限于轉(zhuǎn)染效率低,使用此類方法的實(shí)驗(yàn)并不多,且有研究表明,在投遞等量DNA時(shí),使用脂質(zhì)體比裸DNA投遞轉(zhuǎn)染效率更低。

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圖:常見病毒載體

綜合來看,由于轉(zhuǎn)染效率的顯著優(yōu)勢(shì),病毒載體脫穎而出。但沒有一種病毒是完美的,每一種都有著明顯的優(yōu)缺點(diǎn),所以實(shí)際的選擇過程中,需要參考更多的維度,選擇不同的載體病毒。參照文獻(xiàn)中基因療法選擇決策樹(下圖)。

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圖:In vivo基因療法選擇決策樹

AAV屬于細(xì)小病毒科、Dependoparvovirus屬,是一種無包膜病毒,包裹一條約4.7kb的單鏈DNA,因此AAV最佳裝載量為5kb以下的基因組,雖然也出現(xiàn)了使裝載量大于5kb的技術(shù),但還處于很早期的研究。AAV擁有100余種血清型,宿主廣泛,目前學(xué)界認(rèn)為AAV不會(huì)引起任何人類疾病。

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圖:不同組織的血清型選擇參考(來源:吉?jiǎng)P基因,僅作學(xué)習(xí)用途)

工程改造過的可攜帶外源基因序列的重組AAV(rAAV)包裝的基因組刪除了全部AAV蛋白編碼序列,添加治療性基因表達(dá)盒。rAAV在感染細(xì)胞后會(huì)形成雙鏈DNA形態(tài),并且頭尾相連形成環(huán)狀,能長(zhǎng)期存在而不被細(xì)胞系統(tǒng)當(dāng)作外源DNA降解,因此可以在哺乳動(dòng)物器官或組織中長(zhǎng)期保留,并且只有極低的整合基因組機(jī)率。但由于rAAV具有與wtAAV相同的結(jié)構(gòu)組成和衣殼序列,因此也面臨著免疫帶來的無效壓力。

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表:常見AAV血清型預(yù)存抗體情況

目前AAV面臨著載量小、起效慢、無有效動(dòng)物模型等挑戰(zhàn),臨床上的核心挑戰(zhàn)還是來自于給藥的病毒滴度往往太高;而LV、RV等載體也有著相似甚至更多的挑戰(zhàn),但所有的病毒載體都面臨著共同的大挑戰(zhàn):(1)基因毒性;(2)生產(chǎn)成本。

在這里我們僅以AAV為例,對(duì)生產(chǎn)成本進(jìn)行分析,以便更清晰地理解。

▉ 生產(chǎn)好似樂高

前文已經(jīng)說到,細(xì)胞就是個(gè)工廠,但細(xì)胞不僅可以生產(chǎn)蛋白質(zhì),還可以生產(chǎn)病毒。盡管大多數(shù)病毒會(huì)在感染宿主細(xì)胞后自由繁殖,但rAAV需要“幫助者”來進(jìn)行復(fù)制。

rAAV生產(chǎn)方法依賴于AAV基因組復(fù)制和包裝成病毒粒子需要AAV反式功能(由AAV Rep和Cap蛋白組成)以及AAV輔助病毒功能(主要來自腺病毒或皰疹病毒)被引入相同的宿主細(xì)胞。根據(jù)將遺傳物質(zhì)引入生產(chǎn)細(xì)胞的機(jī)制,AAV生產(chǎn)方法可分為三大類:(1)化學(xué),通過質(zhì)粒材料轉(zhuǎn)染;

(2)生物,通過病毒感染( HSV,桿狀病毒);

(3)穩(wěn)定細(xì)胞系,可結(jié)合其他兩種方法的一些步驟。

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圖:各種rAAV制造策略的利弊

讓我們?cè)僮鲆淮伪扔?,?xì)胞就是個(gè)包裝工廠,組成各種rAAV的各種元件是不同的樂高積木,我們已知的核心積木包括:(1)Rep、Cap或ITR的包裝積木——紅色積木;(2)輔助元件積木——黃色積木;(3)外源治療基因積木——藍(lán)色積木。這三種積木在rAAV的生產(chǎn)過程中是必不可少的。

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圖:樂高積木

穩(wěn)定細(xì)胞株結(jié)合輔助病毒(Helper virus)的方法,建立起含有rAAV的Rep/Cap基因或ITR基因組的穩(wěn)定細(xì)胞株(這工廠本來就能生產(chǎn)紅色積木),再用輔助病毒來感染生產(chǎn)出rAAV(再把黃色、藍(lán)色積木扔進(jìn)去組裝)。優(yōu)點(diǎn)是所用細(xì)胞可選能作懸浮培養(yǎng)的工業(yè)化生產(chǎn)細(xì)胞株,適合臨床規(guī)模生產(chǎn)(產(chǎn)量可以提高)。缺點(diǎn)是穩(wěn)定細(xì)胞株的建立與鑒定需要很長(zhǎng)時(shí)間(通常需要3個(gè)月甚至更長(zhǎng));細(xì)胞株多次傳代后的穩(wěn)定性差;后續(xù)純化過程中要注意完全失活輔助病毒。

三質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染(Helper-free triple transfection)的方法,就像把不同比例的三種積木,通過扔進(jìn)細(xì)胞之中,由細(xì)胞自由拼接,可能會(huì)出現(xiàn)紅紅藍(lán)、紅黃黃等各種組合,而所需要的僅是紅黃藍(lán)這一種。其優(yōu)點(diǎn)是只需要構(gòu)建含目的序列的rAAV質(zhì)粒和普通的轉(zhuǎn)染過程,便捷、高效、病毒空殼率相對(duì)低,是目前使用最廣泛的rAAV生產(chǎn)方式。目前缺點(diǎn)是由于是基于貼壁細(xì)胞基礎(chǔ)上的生產(chǎn)導(dǎo)致擴(kuò)大化生產(chǎn)會(huì)有較大困難。

桿狀病毒感染(Baculovirus)的方法,將攜帶各色積木的桿狀病毒去感染懸浮培養(yǎng)的SF9昆蟲細(xì)胞,也可以包裝出rAAV,原理類似于前兩種方法的結(jié)合。優(yōu)點(diǎn)是能規(guī)?;I(yè)化擴(kuò)大生產(chǎn),適合臨床級(jí)別rAAV生產(chǎn)。缺點(diǎn)是桿狀病毒或SF9細(xì)胞株的建立和鑒定耗時(shí)長(zhǎng)、影響因素復(fù)雜;此外,經(jīng)此方法生產(chǎn)出來的rAAV感染能力較弱,目前還沒有找到確切的原因。

總結(jié)三種主流方法,可以發(fā)現(xiàn)生產(chǎn)瓶頸在規(guī)?;a(chǎn)上,要么細(xì)胞培養(yǎng)難,要么細(xì)胞株鑒定難。這么一看好像和樂高關(guān)系不是那么密切,那么我們把目光擴(kuò)大來看。

此前的假設(shè)是針對(duì)一種疾病,而實(shí)際上gene therapy可以針對(duì)多種疾病進(jìn)行設(shè)計(jì),每種疾病都需要不同血清型、治療基因和輔助元件。就像現(xiàn)在我們有很多種紅色、黃色和藍(lán)色的積木,我們的目標(biāo),是根據(jù)不同的適應(yīng)癥選出三個(gè)最合適的紅黃藍(lán)積木,將其組合在一起進(jìn)行驗(yàn)證,再迅速搭建三個(gè)積木的生產(chǎn)、組裝、鑒定流水線,這種模塊化、規(guī)?;纳a(chǎn),是工業(yè)界所追求的。

在實(shí)際生產(chǎn)中,不僅是上游工藝挑戰(zhàn)大,下游的純化和標(biāo)準(zhǔn)建立,都是有很大難度,但幸運(yùn)的是,這已經(jīng)是工業(yè)界而非學(xué)術(shù)界的難題了,隨著資本的不斷涌入,資源投資的增加,突破指日可待。

▉ 總結(jié)

每次一提及AAV,就不知道從何說起,說了一大堆后還是覺得沒說完。這就是AAV的現(xiàn)狀,也是LV、RV的現(xiàn)狀,它們不完美,有著諸多讓人心動(dòng)的優(yōu)點(diǎn),也有著讓人咬牙的缺點(diǎn),甚至需要付出生命的代價(jià)去發(fā)現(xiàn),但它們已經(jīng)是當(dāng)下最好的解決方案了。

關(guān)于病毒載體,其實(shí)還可以多做幾篇,本文也僅是從大的方面做了闡述,如覺得本文有不妥之處,還請(qǐng)批評(píng)指正。還有很多細(xì)節(jié)和步驟都值得詳細(xì)說一說,比如快遞又是怎么制造的?汽車的改進(jìn)方法是什么?下游工藝難題究竟在哪?未來的商業(yè)化之路怎么走?在下一篇章里,我們將對(duì)快遞去做更多地了解,順道也會(huì)說到基因編輯,下期見。

醫(yī)藥速覽 發(fā)起了一個(gè)讀者討論 大家對(duì)目前基因療法或者AAV病毒載體有什么獨(dú)到的見解,可以留言到下方哦。[玫瑰]

參考出處:

https:///san-francisco/2020/08/21

Wang D , Tai P W L , Gao G . Adeno-associated virus vector as a platform for gene therapy delivery[J]. Nature Reviews Drug Discovery, doi: 10.1038/s41573-019-0012-9 (2019).

Benskey MJ, Sandoval IM, Miller K, et al. Basic Concepts in Viral Vector-Mediated Gene Therapy. Methods Mol Biol, doi:10.1007/978-1-4939-9065-8_1 (2019).

Nathalie Clément. Large-Scale Clinical Manufacturing of AAV Vectors for Systemic Muscle Gene Therapy[M]// Muscle Gene Therapy. doi:10.1007/978-3-030-03095-7_15 (2019).

Smith, A E. Viral Vectors in Gene Therapy[J]. Annual Review of Microbiology, doi:10.1146/annurev.mi.49.100195.004111 (2003).

Theodore Friedmann and Richard Roblin, Gene Therapy for Human Genetic Disease?, Science, doi: 10.1126/science.175.4025.949 (1972).

圖片來源:google,Pinterest,pixabay

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