在研究一個基因之前，首先還是要了解這個基因的基礎(chǔ)表達情況的。在之前的一些推送當(dāng)中，我們介紹過一些關(guān)于基因表達情況查詢的數(shù)據(jù)庫

[[GEDS-基因表達可視化工具]]
[[TCPA TCGA-蛋白表達數(shù)據(jù)庫]]
[[GEPIA2-TCGA表達分析數(shù)據(jù)庫]]

之前的一些數(shù)據(jù)主要是基于 bulk RNA-seq 來進行分析的。目前隨著單細(xì)胞測序的數(shù)據(jù)越來越多，也就允許我們可以在單細(xì)胞的水平上關(guān)系基因的表達情況了。所以也就有了 CancerSCEM : https://ngdc./cancerscem/index

背景數(shù)據(jù)集

CancerSCEM 是一個基于腫瘤單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)來分析基因表達情況的數(shù)據(jù)庫。作者收錄了多個公共數(shù)據(jù)庫：GEO, ArrayExpress, EBM, GSA, ZENODO 多個公共測序數(shù)據(jù)存放數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)。最終獲得了 20 種人類癌癥類型的 208 個樣本。

對于收集到的單細(xì)胞測序的數(shù)據(jù)都按照常規(guī)的分析流程來進行分析。

最終就得到了 CancerSCEM 這個數(shù)據(jù)庫。

數(shù)據(jù)庫使用

目標(biāo)測序數(shù)據(jù)檢索

在 CancerSCEM 當(dāng)中我們首先可以檢索目前這個數(shù)據(jù)庫當(dāng)中有哪些數(shù)據(jù)集。通過檢測可以了解每一個數(shù)據(jù)集的基本信息。

同時可以點擊Analysis 來了解每一個數(shù)據(jù)集分析的具體情況。

在 CancerSCEM 當(dāng)中提供了這個數(shù)據(jù)集的所有單細(xì)胞數(shù)據(jù)的基本分析結(jié)果

具體項目檢索

另外如果我們有具體的想要分析的基因的話可以在Search當(dāng)中進行檢索。

通過檢索，就可以知道這個基因在不同腫瘤當(dāng)中單細(xì)胞測序的基本表達情況

在線分析

同時由于是單細(xì)胞測序，所以就會對細(xì)胞進行分群。我們同樣也可以分析在不同的細(xì)胞類型當(dāng)中某一個基因的表達情況

可以比較某一個基因在不同細(xì)胞當(dāng)中的表達水平

同樣也可以知道某一個基因在單細(xì)胞水平中和哪些基因存在相互作用關(guān)系。

總的來說

以上就是這個數(shù)據(jù)庫基本使用方法了。相當(dāng)于作者對很多公共的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)都進行了分析。如果有自己想要研究的腫瘤的話，同時需要單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的話，可以來這里檢索一下。說不準(zhǔn)已經(jīng)有分析好的了。直接查詢即可了。