明朝建立后，明太祖朱元璋效仿宋元的樞密院制度，并在中央設(shè)大都督府作為最高軍事機(jī)構(gòu)。

明洪武十三年（１３８０年），朱元璋以“圖謀不軌”罪誅左丞相胡惟庸，并下令廢除在中國(guó)歷史上沿襲一千五百多年的宰相制度。朱元璋命令六部直接由皇帝領(lǐng)導(dǎo)，皇帝總攬朝綱，兼并相權(quán)，事皆親決。

與此同時(shí)，他又把大都督府分為左、右、前、后、中五軍都督府，每府設(shè)左右都督和都督同知各一人，都督僉事若干人。

在這一期間，受詔令掌管過(guò)大都督府的只有兩人，一為朱文正，是朱元璋長(zhǎng)兄之子；二為李文忠，是朱元璋長(zhǎng)姐之子，又是其養(yǎng)子。當(dāng)時(shí)朱元璋諸子都還沒(méi)有長(zhǎng)成，無(wú)法效唐高祖李淵以親子領(lǐng)兵。此二人，可說(shuō)是與朱元璋血緣關(guān)系最親近者，卻均因“忤旨”獲罪，朱文正更是因“胸懷怨望＂被鞭殺。盡管因何“怨望”不得而知，但無(wú)非就是軍事領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的爭(zhēng)奪之類。

至于五軍都督府的職能和權(quán)力，據(jù)《明史　職官志》載：“都督府掌軍旅之事，各領(lǐng)其都司、衛(wèi)所，詳見(jiàn)《兵志　衛(wèi)所》中以達(dá)于兵部?！写笳饔?，則掛諸號(hào)將軍或大將軍、前將軍、副將軍印總兵出，既事，納之。其各府之掌印及僉書(shū)，率皆公、侯、伯。間有屬老將之實(shí)為都督者，不能十一也?！?/p>

五軍都督府繼承大都督府的最高軍事統(tǒng)兵權(quán)，掌管除錦衣衛(wèi)等中央禁衛(wèi)軍外的所有衛(wèi)所，但沒(méi)有調(diào)兵的權(quán)利。調(diào)兵則由皇帝通過(guò)兵部發(fā)布號(hào)令。

總的來(lái)說(shuō)，五軍都督府的基本職責(zé)主要有四項(xiàng)：衛(wèi)所將領(lǐng)的選拔、更替，衛(wèi)所軍的訓(xùn)練，軍戶屯田的管理和軍事情報(bào)的掌控。

五軍都督府及其所轄各衛(wèi)所，其實(shí)已經(jīng)變成對(duì)龐大的衛(wèi)所系統(tǒng)管理的中央最高管理機(jī)構(gòu)，兼具軍事組織管理與行政管理。

不過(guò)，各都督府卻互不相屬，僅與兵部聯(lián)系。五軍都督府與兵部分掌兵權(quán)?！氨坑谐霰?，而無(wú)統(tǒng)兵之權(quán)；五軍有統(tǒng)兵之權(quán)，而無(wú)出兵之令?！保ā洞好鲏?mèng)余錄·兵部》）兩個(gè)機(jī)構(gòu)互相牽制，便于皇帝集權(quán)。至明中后期，兵部尚書(shū)或侍郎有時(shí)可直接掌握京營(yíng)訓(xùn)練，五軍都督府成了擺設(shè)。

兵部根據(jù)皇帝旨意出軍令，尚書(shū)掌控天下武衛(wèi)官軍選授、簡(jiǎn)練的政令，所屬四清吏司，武選司掌衛(wèi)所、土官選授、升調(diào)、襲替、功賞；職方司掌輿圖、軍制、城隍、鎮(zhèn)戍、簡(jiǎn)練、征討；車駕司掌鹵簿、儀仗、禁衛(wèi)、驛傳、廄牧；武庫(kù)司掌戎器、符勘、尺籍、武學(xué)、薪隸。

但是，軍令的發(fā)布、軍隊(duì)的調(diào)遣，高級(jí)將領(lǐng)的任命，都得先經(jīng)過(guò)廷議，請(qǐng)旨后才頒布。

兵部尚書(shū)侍郎僅在受命為“協(xié)理京營(yíng)戎政”、“提督團(tuán)營(yíng)”或“提督軍務(wù)”時(shí)，才能參與統(tǒng)兵。而用的調(diào)兵的令符火牌等，平時(shí)都掌握在內(nèi)府御馬監(jiān)手中。

明朝的地方軍事長(zhǎng)官，剛開(kāi)始是都指揮使。一旦發(fā)生戰(zhàn)事，則由中央派都督府官或公、侯、伯為總兵官征討，戰(zhàn)事結(jié)束后就回到原來(lái)的職位。

后來(lái)，因邊疆多事，原臨時(shí)派出的總兵官留下鎮(zhèn)守，成為固定官員。內(nèi)陸的軍事要地也設(shè)總兵官鎮(zhèn)守，都指揮就是總兵官的部下。

明朝軍事領(lǐng)導(dǎo)的基本原則是兵權(quán)分割，以文制臣，以內(nèi)制外，文武、內(nèi)外相互制約，完全避免了軍權(quán)旁落。

不過(guò)，這也嚴(yán)重影響到軍隊(duì)的機(jī)動(dòng)性和戰(zhàn)斗力，在對(duì)外防御戰(zhàn)爭(zhēng)中，每每處于被動(dòng)地位。

最典型的，就是與蒙古瓦剌土木堡之戰(zhàn)，明英宗聽(tīng)從太監(jiān)王振的可笑決策，結(jié)果導(dǎo)致明朝幾十萬(wàn)大軍潰不成軍，明英宗自己也被敵軍俘虜。

可見(jiàn)，軍事體制的落后與僵化，往往會(huì)有滅國(guó)的危險(xiǎn)。