【原】R繪圖：唱一半的歌，畫一半的圖 gghalves

公號生信小課堂 2021-10-28

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有的時候，只畫一半的圖，或者你一半我一半拼湊起來，會有意外的效果，而R包gghalves就可以在ggplot2的基礎(chǔ)上，畫一半的圖.

多聚集數(shù)據(jù)的幾何圖形，如geomboxplot、geomviolin和geom_dotplot是（近）對稱的。在顯示信息的空間有限的情況下，我們可以通過將幾何圖形分割成兩半并顯示額外的幾何圖形

geom_half_boxplot
geom_half_violin
geom_half_point

安裝加載包

if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna./CRAN/")if(!require("gghalves")) BiocManager::install("gghalves")

GeomHalfPoint

1 在x軸上，它們占據(jù)的空間最多是分配給特定因素的空間的一半
2 它們將總空間的左半部分或右半部分留給另一個geom使用
3 此外，默認(rèn)情況下，geom_half_point水平和垂直抖動點(diǎn)。

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_point()ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_point()

其工作方式是將transformation=PositionJitter傳遞給geom。我們可以通過傳遞transformation參數(shù)來使用此轉(zhuǎn)換的默認(rèn)值

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_point(transformation_params = list(height = 0, width = 0.001, seed = 1))

或者改變轉(zhuǎn)換參數(shù)本身

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_point(transformation = PositionIdentity)

GeomHalfBoxplot

GeomHalfBoxplot顯示一個被切成兩半并在x軸上分配給特定因子空間的左側(cè)或右側(cè)繪制的boxplot。

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_boxplot()

除了標(biāo)準(zhǔn)的side參數(shù)外，還可以將半盒繪圖居中，并決定是否繪制errorbar。

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_boxplot(side = "r", center = TRUE, errorbar.draw = FALSE)

GeomHalfViolin

半小提琴，除了side參數(shù)外，它還支持可以傳遞給標(biāo)準(zhǔn)geomviolin的所有參數(shù)。

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_violin()

GeomHalfDotplot

GeomHalfDotplot與其他geoms略有不同，因?yàn)樗恢С诌厖?shù)，因?yàn)樗呀?jīng)通過stackdir內(nèi)置到標(biāo)準(zhǔn)GeomDotplot中

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_violin() + geom_dotplot(binaxis = "y", method="histodot", stackdir="up",binwidth=0.06)

那么，既然geom_dotplot可以用作半geom，為什么需要geom_half_dotplot？原因是當(dāng)存在多個因素時，geom_dotplot不支持回避。讓我們考慮以下示例：

df <- data.frame(score = rgamma(150, 4, 1), gender = sample(c("M", "F"), 150, replace = TRUE), genotype = factor(sample(1:3, 150, replace = TRUE)))

有了這些數(shù)據(jù)，我們想按基因型分組，但也要按性別劃分圖。這在使用標(biāo)準(zhǔn)geom時不太管用：

ggplot(df, aes(x = genotype, y = score, fill = gender)) + geom_half_violin() + geom_dotplot(binaxis = "y", method="histodot", stackdir="up", position = PositionDodge)

點(diǎn)圖與小提琴圖實(shí)際上是重疊了

使用geom_half_dotplot

ggplot(df, aes(x = genotype, y = score, fill = gender)) + geom_half_violin() + geom_half_dotplot(method="histodot", stackdir="up",binwidth=0.3)

Combining Different Geoms

library(tidyverse)ggplot() + geom_half_boxplot( data = iris %>% filter(Species=="setosa"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), outlier.color = NA) + ggbeeswarm::geom_beeswarm( data = iris %>% filter(Species=="setosa"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species, color = Species), beeswarmArgs=list(side=+1) ) + geom_half_violin( data = iris %>% filter(Species=="versicolor"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), side="r") + geom_half_dotplot( data = iris %>% filter(Species=="versicolor"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), method="histodot", stackdir="down") + geom_half_boxplot( data = iris %>% filter(Species=="virginica"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), side = "r", errorbar.draw = TRUE, outlier.color = NA) + geom_half_point( data = iris %>% filter(Species=="virginica"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species, color = Species), side = "l") + scale_fill_manual(values = c("setosa" = "#cba1d2", "versicolor"="#7067CF","virginica"="#B7C0EE")) + scale_color_manual(values = c("setosa" = "#cba1d2", "versicolor"="#7067CF","virginica"="#B7C0EE")) + theme(legend.position = "none")

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