最近很多人問我的問題都是R包安裝的問題。在之前R包只要更新到最新版本，且能夠聯(lián)網(wǎng)，就可以輕松安裝。，但現(xiàn)在隨著R的功能越來越多，越來越強大。R包也越來越難安裝了。并且什么人都可以開發(fā)發(fā)布R包，很多垃圾包也占用很多戲份。目前R包安裝牽扯到配置依賴環(huán)境，越來越走向開源軟件的通病了，所以，我一般都推薦使用bioconda來安裝。但是有涉及到很多版本問題。這次內(nèi)容，我們介紹一種解決方法。如果能用就用，用不了就別做了。不要問我實驗室網(wǎng)速慢怎么解決，難道我還得去幫你辦個前兆網(wǎng)絡(luò)嗎。
利用bioconda安裝R R的包一般都是以r-開頭的，比如R語言本身為r-base。 
利用bioconda安裝R與R包
1、配置R源 #查看當前配置哪些源
$ conda config --show channels
#添加R源
$ conda config --add channels r
2、安裝R #查看系統(tǒng)當前R版本
$ which R
/usr/bin/R
#利用conda搜索R
$ conda search r-base
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
r-base 3.1.2 0 pkgs/r
conda-forge
r-base 3.6.3 h7ed4ef7_0 conda-forge
r-base 3.6.3 h7ed4ef7_1 conda-forge
r-base 4.0.0 hdca8982_2 conda-forge
r-base 4.0.0 hdca8982_3 conda-forge
#安裝R語言
$ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0
#再次搜索默認R
$ which R
~/miniconda3/bin/R
3、安裝R包 #搜索deseq2包$ conda search deseq2
Loading channels: done
No match found for: deseq2. Search: *deseq2*
# Name Version Build Channel
bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.1 r3.2.2_0 bioconda
#安裝deseq2包
$ conda install -y bioconductor-deseq2
R包遷移 R包一般都是一個完整文件，只需要將R包整個文件夾遷移走，一般就可以運行。對R包進行遷移時，盡量保證R版本一致。 該方法只是一種方案，絕大部分包是可以的。但是注意不能將windows系統(tǒng)安裝的遷移到Linux下。該方法也不是萬無一失，比如R包需要系統(tǒng)一些配置，缺少了還是無法運行。 (base) wangtong 10:24:06 ~
#使用自己安裝的R
$ /ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/bin/R
#列出當前R包目錄，有兩個
> .libPaths()
[1] '/home/wangtong/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1'
[2] '/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library'
#通過new選項增加新的目錄
> .libPaths(new='/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library')
#新的目錄增加進來了，這樣一下子就多了很多包可以使用
> .libPaths()
[1] '/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library'
[2] '/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library'
new選項會去掉之前默認的，可以通過在函數(shù)中增加一個向量增加多個目錄。 > .libPaths()
[1] '/home/wangtong/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1'
[2] '/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library'
> .libPaths(c(.libPaths(),'/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library'))
> .libPaths()
[1] '/home/wangtong/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1'
[2] '/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library'
[3] '/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library'
注意事項 1、bioconda最好升級到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 2、R的名字為r-base
3、R包的名字在bioconda中以r-為前綴 4、一些Bioconductor包的名字為bioconductor-前綴 5、如果bioconda安裝終端了，再多試幾次
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