大約公元前1700年，由地球構(gòu)造運(yùn)動引起的一系列洪水使這曾經(jīng)輝煌的文明宣告終結(jié)。無論出于什么原因，印度河似乎改變了它的河道，招致哈拉帕農(nóng)業(yè)精致的平衡系統(tǒng)的毀滅。貯藏的珠寶和其他珍貴物件，包括銅器，在摩亨佐一達(dá)羅的最上層被發(fā)現(xiàn)，這表明人們意識到了即將到來的厄運(yùn)，以及當(dāng)洪水升高時折磨平民的、散布開來的恐慌。許多住宅被迅速地放棄。烹飪器具散落在廚房里；柴草在房頂坍塌后在悶燒，就像被點(diǎn)燃的木門框碎片在悶燒一樣。但其中令人吃驚的是逃難中人們的骷髏，當(dāng)房屋的墻和天花板碎裂時，一個家庭的五個成員被埋在瓦礫堆中，就像在地動時或河水疾速沖進(jìn)來時一樣。只在摩亨佐一達(dá)羅就發(fā)現(xiàn)了至少30具骷髏，沒有被埋住卻被困在其中，被可怕的災(zāi)難所害。

直到最近他們被假設(shè)成被一支入侵的軍隊(duì)所殺害，盡管現(xiàn)在看來，他們似乎更有可能是在逃避一場地震與洪水的聯(lián)合襲擊。標(biāo)志著摩亨佐一達(dá)羅最后日子的混亂似乎也波及北部的哈拉帕，而且可能遠(yuǎn)在南部的洛塔爾也有呼應(yīng)，盡管來自這些遺址的證據(jù)沒有清晰地確定這一點(diǎn)，不過至少洛塔爾在印度河文明中心衰落之后似乎還興盛了相當(dāng)長一段時間。在哈拉帕，一座墳?zāi)?墓地H)在1946年被發(fā)現(xiàn)，它的陶器與衰落的朱卡文化的作品很像，而它的下葬習(xí)俗與更早些時期、相鄰的墳?zāi)瓜喈?dāng)不同，那里采用土葬。墓地H采用的方法是把被埋藏的骨碎片放在一個大骨灰甕里，這標(biāo)志著向哈拉帕的土葬過渡，而且反映了新居民的習(xí)慣，他們可能是最近的“征服者”，也許是雅利安人。骨灰甕肩上的圖案包括孔雀、公牛（或者可能是母牛）和植物這些熟悉的主題，其中哈拉帕的菩提樹葉后來出現(xiàn)在佛教的圖像中。此外，孔雀內(nèi)有星星、小人形象，還有一位男子留著波浪式長發(fā)，正在呵斥一群牲畜，其中一只正受到一只狗的威脅。潘底特?瓦茲（ PanditM.S.Vats)領(lǐng)導(dǎo)了后一階段哈拉帕的發(fā)掘工作，他提出，也許人的形象代表的是死的靈魂，而狗是雅利安人稱之為夜摩(Yama)的死神之獵狗，骨灰甕則是被視為抗擊入侵者尖兵的早期印度一伊朗部落的產(chǎn)品。

不過，馬克?肯諾耶( Mark Kenoyer)教授并不相信印度河流域城市精英們中這種權(quán)力的“過渡”反映了印度一雅利安人的“入侵”。到了朱卡文化時期，我們只發(fā)現(xiàn)了粗劣的灰黑色拋光陶器，雕刻粗糙的裝飾圖案讓人想起大約在公元前1000年古吉拉特發(fā)現(xiàn)的碎片。哈拉帕的輝煌不只是褪色了。城市帝國連同其堅(jiān)固的城堡都已逝去，戲劇性地消失了，像它出現(xiàn)一樣莫名其妙，被印度河的淤泥和旁遮普奔騰的支流沖掉了，像被上升的潮水危及的一個沙堡的世界一樣，它那易碎的城墻和模糊的輪廓，所有這些都留給了下一波的居住者，他們說印度-雅利安語并把馬匹運(yùn)用到戰(zhàn)爭之中。