寫在前面

大體用了半年（實際上 gap 了五個月），通過實現(xiàn)一系列插件，讓所有人都可以在筆記本上完成基本的 RNAseq 數(shù)據(jù)分析。大體設計到的插件如下：

八步走

1. SRA 數(shù)據(jù)查詢與整理：SRA XML to Table，見推文：挖掘SRA的輔助小工具（NCBI高通量測序數(shù)據(jù)收錄庫） - 公開插件

   

2. SRA 數(shù)據(jù)鏈接獲取：SRA XML to Table 和 SRA Number to ENA Info. 前者已經(jīng)包括了 NCBI 和 DDBJ 數(shù)據(jù)下載鏈接，后者主要作為補充，附加 ENA 下載鏈接（更為穩(wěn)點）。詳細見：公開可獲取~沒有下載不到的測序原始數(shù)據(jù)！ - 公開插件

   

3. Ascp GUI Wrapper：個人實測，每天清晨通過 FTP 鏈接下載測序原始數(shù)據(jù)，速度可以達到 10Mb/s。但更多時候數(shù)據(jù)只有不到 300Kb/s。網(wǎng)絡合適的情況下，可以使用 Aspera ，速度可以達到 30Mb/s。于是寫了并公開釋放了這個插件，詳細見：插件 | 人人-點點點-光速下載 NCBI/ENA NGS原始數(shù)據(jù)  - 公開插件

   

4. SRAtoFastq，sra 是 NCBI 定義的二代數(shù)據(jù)存儲格式，文件大小比fastq.gz下，考慮網(wǎng)絡帶寬的情況下，下載 sra 數(shù)據(jù)更方便。下載后需要進行轉換，于是有了插件，詳細見：SRAtoFastq | 任何人都能自主分析測序原始數(shù)據(jù)  - 眾籌插件

   

5. FastQC，無論是NCBI SRA等數(shù)據(jù)庫下載，還是公司返還的測序數(shù)據(jù)，多少還是要看下測序質量，確保質量OK 或者不要有樣品降解，嚴重污染云云，于是有插件，詳細見：插件FastQC | 點點點，人人看看測序數(shù)據(jù)質量  - 眾籌插件 

   

6. Trimmomatic，無論轉換得到，或者是公司測序后返還的 Fastq.gz 數(shù)據(jù)往往是原始數(shù)據(jù)，通過 FastQC 可以判斷，隨后進行質量控制，如去除接頭和低質量堿基，于是有插件，詳細見：Trimmomatic | 點點點，測序原始數(shù)據(jù)質控，技能get   - 眾籌插件

   

7. Kallisto，RNAseq 數(shù)據(jù)的基本分析和目的，就是獲得基因表達量矩陣。在普通筆記本上，如 4G 內存云云，那么 Kallisto 是最好的選擇，于是有插件，詳細見：
   Kallisto | 點點點，從 測序數(shù)據(jù) 到 基因表達量矩陣 人人都可以！  - 眾籌插件

   

8. Trans Value Sum，Kallisto 分析結果是轉錄本水平的表達量或Counts矩陣，但很多人感興趣的是基因水平的，于是，公開釋放了功能，詳細見：匯總 | 轉錄本表達矩陣 到 基因表達矩陣 - 公開功能

   

9. Differential Gene Expression Analysis - DESeq2，可以批量完成多組兩兩比較的差異表達分析（注，也可用 利虎 的 Batch DEGs，更方便） Differential Gene Expression Analysis - DESeq2- 公開插件

   

注：公開插件 和 眾籌插件，均可以在 TBtools 的插件商店或高速插件商店中獲取，具體前者直接下載可用，后者需要授權，參考前述推文。

Plugin | 高速版插件商店！我又有一個絕妙的 idea

寫在最后

今天是周一，祝大伙本周科研順利，該 accepted 的 paper 就 accepted。