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如何進(jìn)行GEO臨床數(shù)據(jù)查詢

 勤勞的bee 2021-04-09

推薦兩個可以進(jìn)行GEO臨床數(shù)據(jù)下載的網(wǎng)址

喬治敦癌癥數(shù)據(jù)庫(G-DOC)(https://orgetown.edu/gdoc/),G-DOC是一個精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)平臺,其中包含來自一萬多個患者和細(xì)胞系的分子和臨床數(shù)據(jù),以及用于分析和數(shù)據(jù)可視化的工具。該平臺可對多種數(shù)據(jù)類型進(jìn)行綜合分析,以了解疾病機理。

Tips:目前該網(wǎng)站不能進(jìn)行非喬治大學(xué)的注冊,所以,大家可以去某寶自行尋覓賬號~

LOGpc數(shù)據(jù)庫(http://bioinfo./DatabaseList.jsp )同樣整理歸納了TCGA和GEO的數(shù)據(jù),不能下載,可以選擇對應(yīng)的GEO數(shù)據(jù)集對單基因進(jìn)行生存分析,包括多種分析方式OS,DFI,DSS,PFI,以及TNM分期,是否有合并癥等信息。自己可以根據(jù)網(wǎng)站顯示的GEO序列號在GEO數(shù)據(jù)庫里搜尋,自行下載對應(yīng)的臨床資料。

我們以TP53為例,進(jìn)行演示

點擊出圖

如果大家還有什么好的數(shù)據(jù)庫工具,歡迎在下方留言~

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