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導(dǎo)語 MethSurv是一個(gè)基于CpG甲基化模式進(jìn)行生存分析的網(wǎng)絡(luò)工具，有25種不同人類癌癥的7358個(gè)甲基化數(shù)據(jù)，使用了Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型開發(fā)了用于生存分析的交互式網(wǎng)絡(luò)工具。MethSurv能夠?qū)ξ挥诓樵兓蚋浇蚋浇腃pG進(jìn)行生存分析，還可以提供對(duì)查詢基因的聚類分析，以將甲基化模式與臨床特征相關(guān)聯(lián)，并篩選出每種癌癥類型的主要生物標(biāo)志物。對(duì)于不會(huì)編程的科研人員來說，MethSurv工具是一個(gè)十分有用的平臺(tái)，用戶可以對(duì)基于甲基化的癌癥生物標(biāo)記物進(jìn)行初步篩選評(píng)估，在幾秒鐘內(nèi)生成分析結(jié)果，給甲基化研究帶來很多便利。 MethSurv https://biit.cs./methsurv/  進(jìn)入MethSurv主頁，我們可以看到該網(wǎng)站對(duì)于甲基化分析主要分為五個(gè)部分，Single CpG、Region based analysis、All cancers、Top biomarkers和Gene visualization，接下來一一介紹： 01 Single CpG 單個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化情況 網(wǎng)站提供了單個(gè)CpG位點(diǎn)的詳細(xì)概述，并提供了選擇基因組區(qū)域選項(xiàng)，將高低甲基化患者群體分為兩類臨界點(diǎn)。在頁面左側(cè)分別選擇TCGA不同癌癥類型數(shù)據(jù)集、研究的基因、CpG區(qū)域、基因區(qū)域、探針、生存分組時(shí)的設(shè)置方法，最后選擇是否校正協(xié)變量，大家要要嚴(yán)格按順序填入或選擇要分析的條目。 本次選擇內(nèi)容如下：  點(diǎn)擊后呈現(xiàn)結(jié)果如下 Part1：Kaplan meier  MethSurv使用Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型基于患者CpG部位（探針）的甲基化水平執(zhí)行單變量和多變量生存分析，范圍是OS整體生存。通過Kaplan–Meier（KM）圖可以看出較低和較高甲基化患者組之間的生存差異，X軸表示以天為單位的生存時(shí)間，Y軸表示患者生存的概率。紅色和藍(lán)色的曲線并不會(huì)因?yàn)榧{入或更換臨床因素而改變（只與探針的甲基化程度有關(guān)，且多因素分析中納入的臨床因素有限），但是LR test p-vale和HR值會(huì)改變（因?yàn)樵诙嘁蛩胤治鲋惺芷渌蛩氐挠绊懀?，組間生存差異用的Log-likelihood ratio。 Part2：Density  密度圖可用來可視化突出顯示將患者甲基化水平二分法的臨界點(diǎn)，突出顯示在MethSurv中評(píng)估的所有截止點(diǎn)。橫坐標(biāo)為 β-values，縱坐標(biāo)為特定β-values值所對(duì)應(yīng)的樣本比例，可見所有樣本中該CpG位點(diǎn)的β-values，不同顏色的豎線表示不同的分類點(diǎn)，紅色數(shù)字表示當(dāng)前使用的分界點(diǎn)以對(duì)患者進(jìn)行分組，由此來探索與查詢基因有關(guān)的其他信息。 Part3：Violin plots  小提琴圖用于表示不同樣本組間甲基化差異（主要是基于臨床因素的分組），用以查詢CpG位點(diǎn)的甲基化分布、中位和四分位數(shù)范圍與患者特征（例如年齡，性別，臨床階段有關(guān)）等,小提琴圖顯示了不同年齡組之間的甲基化水平。 Part4：Survival analysis summary  生存分析結(jié)果表即為一些分析常用指標(biāo)結(jié)果，Best_split，是使得HR結(jié)果最大時(shí)的分類點(diǎn)。網(wǎng)站還提供了外部瀏覽器的鏈接，包括“ GeneCards” ，“ COSMIC” 和“ Gene Ontology” 。 02 Region based analysis 特定癌癥類型分析 Region based analysis選項(xiàng)可以檢索任何特定癌癥類型，選擇的基因組區(qū)域可用一種或多種CpG進(jìn)行生存分析。  選擇癌癥、染色體、堿基位置 右側(cè)展示板會(huì)出現(xiàn)該染色體上探針的生存分析結(jié)果，包括HR、CI、P-valu、LR-test-pvalue、Best_split、CHR、MAPINFO、UCSC_RefGene_Name、UCSC_RefGene_Group、Relation_to_UCSC_CpG_Island等相關(guān)數(shù)據(jù)信息，右上方search框內(nèi)可以進(jìn)行搜索，比如輸入基因Symbol、探針名稱或者顯示的結(jié)果表中出現(xiàn)的任何字匹配字符。會(huì)顯示出對(duì)應(yīng)的CpG位點(diǎn)的生存分析結(jié)果，以及注釋信息。 PS：此處的Best_split不包含maxsta分類點(diǎn)，如果找包含maxsta分類點(diǎn)在內(nèi)的最優(yōu)分類點(diǎn)，以Single CpG中的結(jié)果為準(zhǔn)。  選擇一個(gè)探針后，會(huì)顯示對(duì)應(yīng)的生存曲線圖，下方可以選擇自己需要的圖片格式進(jìn)行下載。  03 All cancers 基因或CpG位點(diǎn)在其他癌型中的甲基化情況 All cancers模塊可以查看目標(biāo)基因或CpG位點(diǎn)在其他癌型中的甲基化情況，左側(cè)輸入目標(biāo)基因，在右側(cè)search輸入框中輸入目標(biāo)探針或者癌型即可，點(diǎn)擊表格左側(cè)的Click for KM Plot可以查看CpG位點(diǎn)在該癌型患者中的預(yù)后情況( 取maxsta分類點(diǎn)以外的最優(yōu)分類點(diǎn)對(duì)樣本分組 )。 可以看到，“All cancers”選項(xiàng)和“Region based analysis”的分析選項(xiàng)都提供了生存分析圖，這樣方便我們研究來自所選基因或基因組區(qū)域中哪些CpG具有最佳預(yù)測(cè)癌癥生存的特性。 04 Top biomarkers 頂級(jí)生物標(biāo)志物 Top biomarkers模塊提供所選癌癥類型排名靠前的生存生物標(biāo)志物（結(jié)合生存分析得到的HR值及顯著性P值篩選出最優(yōu)的一部分甲基化CpG位點(diǎn)），以便于同時(shí)測(cè)試整個(gè)基因組中的所有CpG標(biāo)志物，可以靠前探針的查看生存分析圖。 05 Gene visualization 基因可視化 這里會(huì)以熱圖的形式對(duì)所查詢基因中單個(gè)CpG進(jìn)行聚類分析，將甲基化水平與可用的患者特征和基因亞區(qū)域相關(guān)聯(lián)。熱圖甲基化水平（1 =完全甲基化；0 =完全未甲基化）顯示為從藍(lán)色到紅色的連續(xù)變量。行對(duì)應(yīng)于CpG，列對(duì)應(yīng)于患者，自動(dòng)出圖，簡直可以拿去發(fā)表了~ Heat map for RBL2 in READ |
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