3’UTR區(qū)域技術(shù)原理示意圖

miRNA在不同物種間具有保守性，通過(guò)預(yù)測(cè)不同物種的miRNA靶標(biāo)位點(diǎn)，targetscan的開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)其結(jié)合位點(diǎn)也具有一定的保守性，可以劃分成以下幾類：

進(jìn)一步根據(jù)結(jié)合區(qū)域的特定和miRNA的多序列比對(duì)結(jié)果，劃分成不同的miRNA family。

根據(jù)序列在不同物種間的保守性，將miRNA family劃分成Broadly、poorly、conserved。

TargetScan首頁(yè)

可以看到，TargetScan主要的功能內(nèi)容都在首頁(yè)，快來(lái)一探究竟吧：

首先是Search for predicted microRNA targets in mammals，搜索哺乳動(dòng)物中預(yù)測(cè)的microRNA靶標(biāo) ，可提供的動(dòng)物子鏈接專庫(kù)有：，

人 : TargetScanHuman

小鼠 ：TargetScanMouse

果蠅：TargetScanFly

線蟲(chóng)：TargetScanWorm

斑馬魚(yú) ：TargetScanFish

--輸入需要預(yù)測(cè)的基因名或者輸入ENST編號(hào)，將顯示預(yù)測(cè)該基因的所有miRNA位點(diǎn)。我們以Hmga2為例，輸入好之后，點(diǎn)擊Submit即可。

顯示內(nèi)容如下：

Part1：預(yù)測(cè)結(jié)果

這里是預(yù)測(cè)結(jié)果，有顏色的點(diǎn)是標(biāo)注的預(yù)測(cè)靶點(diǎn)。TargetScan7使用3'-UTR配置文件。上面3'-UTR圖譜是使用3P-seq標(biāo)簽（在y軸上標(biāo)記了3'UTR的標(biāo)簽數(shù)量）構(gòu)建的，表明了mRNA切割和聚腺苷酸化位點(diǎn)的位置和用法。將來(lái)自多個(gè)細(xì)胞系或組織的3P-seq標(biāo)簽相互標(biāo)準(zhǔn)化（以說(shuō)明可變的測(cè)序深度），然后匯總到一組共有計(jì)數(shù)中。每個(gè)TargetScan 3'-UTR配置文件還顯示Gencode注釋（帶有Ensembl筆錄ID的藍(lán)色垂直線）最遠(yuǎn)端的位置。每一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果可以點(diǎn)擊（每個(gè)小顏色方塊），點(diǎn)擊后下方區(qū)域信息會(huì)更新。

底部顯示的是選中miRNA的靶點(diǎn)周圍的序列，左邊顯示的是其他物種中相應(yīng)位點(diǎn)的情況。同時(shí)，我們能看出miRNA種子序列在UTR中的位置，保守的種子序列區(qū)會(huì)以白色高亮顯示。這就是該位點(diǎn)詳細(xì)的信息，包括miRNA種子區(qū)在該區(qū)域的位點(diǎn)，位點(diǎn)中間的序列，位點(diǎn)的種類及位點(diǎn)評(píng)分信息。context++score評(píng)分越低，位點(diǎn)是靶點(diǎn)的概率越大，此外，percentile就是score的換算，數(shù)值越接近100，位點(diǎn)是真正靶點(diǎn)的概率越大。

Part2：Conserved

這一部分會(huì)顯示位置與Predicted consequential pairing of target region (top) and miRNA (bottom)預(yù)測(cè)的目標(biāo)區(qū)域（頂部）和miRNA（底部）的配對(duì)情況、類型、上下文++得分及其百分比等內(nèi)容。

這個(gè)表格如果想下載也是沒(méi)有問(wèn)題的。點(diǎn)擊Site type，呈現(xiàn)結(jié)果：

7mer-m8：與成熟miRNA的2-8位（種子+ 8位）完全匹配

7mer-A1：與成熟miRNA（種子）的2-7位完全匹配，后跟“ A”

點(diǎn)擊Context++ score 會(huì)出現(xiàn)14個(gè)打分功能維度：

如果回到點(diǎn)擊View table of miRNA sites，將顯示PTEN的UTR上的可能的所有miRNA。點(diǎn)擊任一miRNA后，回到UTR頁(yè)面。最后兩列是每個(gè)miRNA總體評(píng)分情況：total context++score代表所有的這個(gè)miRNA的評(píng)分加和。加和越小，miRNA以這個(gè)蛋白為靶點(diǎn)的概率越高。aggregate Pct代表的是總體的miRNA位點(diǎn)的保守情況。

以上就是TargetScan預(yù)測(cè)miRNA靶基因的主要內(nèi)容啦，如果寫文章使用了該數(shù)據(jù)庫(kù)，可以對(duì)以下文獻(xiàn)進(jìn)行引用：

To reference information from this database, please cite one of the following papers:Agarwal V, Bell GW, Nam J, Bartel DP. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs.?eLife, 4:e05005, (2015)