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ROC繪制工具介紹

 醫(yī)學數(shù)據(jù)庫百科 2021-01-08

關于ROC曲線,在STATQUEST系列當中講得十分的明白。所以如果不是很清楚ROC以及曲線下面積(AUC)的介紹的話,可以看一下下面的這個視頻

PS: B站之前是有關于這個STATQUEST所有視頻的搬運的。但是不清楚后來作者都刪除了。所以以下是簡單的搬運,感興趣的可以去想辦法去看所有的視頻。作者講的很好的。

以上就是作者對于ROC以及AUC的基本的講解。對于我們而言,主要還是要了解ROC能干嘛?;镜膩碚f,ROC曲線主要是兩個方面的作用

  1. 比較不同診斷方式(模型)之間的好壞:例如在進行一個疾病診斷模型構建的時候,我們會得到多個診斷的模型,比如A+B的診斷模型以及B+C的診斷模型。那么怎么評價兩者的好壞的。這個時候就可以使用兩者的ROC曲線,然后比較他們的曲線下面積(AUC)就可以

  2. 對一個連續(xù)性變量進行分類變量的劃分:在進行數(shù)據(jù)類型轉換的時候,我們經(jīng)常需要把一個連續(xù)性變量(比如年齡)變成一個二分類的變量(比如分成 > 30歲和 <=30歲)。這種年齡的劃分,不可能是隨便劃分。我們需要確定怎么劃分對于結果是有意義的才行。這個時候就可以使用ROC曲線,來進行劃分,我們可以尋找在ROC曲線當中靈敏度和特異度綜合起來最好的地方來當作我們劃分的cutoff值。

好啦,上面啰嗦了那么多,想必大家應該已經(jīng)對ROC曲線有了系統(tǒng)的了解,有關ROC的講解就先介紹到這里。下面給大家介紹一個在線檢驗診斷效能的工具:ROC Plotter(http://www./site/index)。該工具利用乳腺癌、卵巢癌及膠質母細胞瘤患者的轉錄組水平數(shù)據(jù)同時也支持上傳自己的數(shù)據(jù)進行繪制,將基因表達與治療效應聯(lián)系起來。ROC Plotter是第一個用于預測生物標志物的在線轉錄組水平驗證工具。

根據(jù)官網(wǎng)地址,主頁面如下。目前僅支持乳腺癌、卵巢癌及膠質母細胞瘤3種癌癥類型的在線分析。但提供用戶數(shù)據(jù)上傳功能,進行在線分析,類似于SPSS。

好啦,話不多說,下面小編就乳腺癌為例,簡要介紹一下該數(shù)據(jù)庫的使用方法。

點擊ROC Plotter for breast cancer。

!”為必須輸入選項。這里輸入基因TP53(當然,我們可以一次輸入多個基因,但是這些基因的ROC曲線并不會出現(xiàn)在一個圖上,而是分別做圖),以5年無復發(fā)生存時間為例。

選項3. Treatment處提供了3種治療方法及更具體的藥物。

選項4. Filters為非必須選項,若要分析全部乳腺癌時可以跳過此選項。如下圖所示,此處提供了更為詳細的亞組分類。比如我們不想分析所有的乳腺癌,只想看一下HER2陽性的乳腺癌中TP53的診斷效能,那我們這里HER2 status處選擇Positive。

點擊"Calculate"進行分析,結果如下。

此處AUC為0.506,且P=0.47,說明TP53的診斷效能極差。

Mann-Whitney U檢驗是基于秩次的非參數(shù)檢驗,此處利用它來確定兩組之間基因表達是否存在差異。此處P=0.94,差異無統(tǒng)計學意義。

 以上就是這個工具的基本使用過程。另外這個工具也支持上傳自己的數(shù)據(jù),所以只要是想做類似的ROC的分析,都可以上傳數(shù)據(jù)來進行分析的。

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