PS: B站之前是有關于這個STATQUEST所有視頻的搬運的。但是不清楚后來作者都刪除了。所以以下是簡單的搬運,感興趣的可以去想辦法去看所有的視頻。作者講的很好的。 以上就是作者對于ROC以及AUC的基本的講解。對于我們而言,主要還是要了解ROC能干嘛?;镜膩碚f,ROC曲線主要是兩個方面的作用
好啦,上面啰嗦了那么多,想必大家應該已經(jīng)對ROC曲線有了系統(tǒng)的了解,有關ROC的講解就先介紹到這里。下面給大家介紹一個在線檢驗診斷效能的工具:ROC Plotter(http://www./site/index)。該工具利用乳腺癌、卵巢癌及膠質母細胞瘤患者的轉錄組水平數(shù)據(jù)同時也支持上傳自己的數(shù)據(jù)進行繪制,將基因表達與治療效應聯(lián)系起來。ROC Plotter是第一個用于預測生物標志物的在線轉錄組水平驗證工具。 根據(jù)官網(wǎng)地址,主頁面如下。目前僅支持乳腺癌、卵巢癌及膠質母細胞瘤3種癌癥類型的在線分析。但提供用戶數(shù)據(jù)上傳功能,進行在線分析,類似于SPSS。 好啦,話不多說,下面小編就乳腺癌為例,簡要介紹一下該數(shù)據(jù)庫的使用方法。 點擊ROC Plotter for breast cancer。 “!”為必須輸入選項。這里輸入基因TP53(當然,我們可以一次輸入多個基因,但是這些基因的ROC曲線并不會出現(xiàn)在一個圖上,而是分別做圖),以5年無復發(fā)生存時間為例。 選項3. Treatment處提供了3種治療方法及更具體的藥物。 選項4. Filters為非必須選項,若要分析全部乳腺癌時可以跳過此選項。如下圖所示,此處提供了更為詳細的亞組分類。比如我們不想分析所有的乳腺癌,只想看一下HER2陽性的乳腺癌中TP53的診斷效能,那我們這里HER2 status處選擇Positive。 點擊"Calculate"進行分析,結果如下。 此處AUC為0.506,且P=0.47,說明TP53的診斷效能極差。 Mann-Whitney U檢驗是基于秩次的非參數(shù)檢驗,此處利用它來確定兩組之間基因表達是否存在差異。此處P=0.94,差異無統(tǒng)計學意義。 以上就是這個工具的基本使用過程。另外這個工具也支持上傳自己的數(shù)據(jù),所以只要是想做類似的ROC的分析,都可以上傳數(shù)據(jù)來進行分析的。 |
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