之前在一篇NC的文獻(xiàn)(如何利用公共數(shù)據(jù)發(fā)NC)當(dāng)中，提到過一個公開的測序數(shù)據(jù)(MSK-IMPACT)。所以今天就來簡單的介紹一下這個數(shù)據(jù)集。這樣，在進(jìn)行公共數(shù)據(jù)挖掘的時候，除了TCGA。同時也可以考慮用有這個數(shù)據(jù)集來增加分析的內(nèi)容

關(guān)于MSK-IMPACT

通過二代測序的高通量檢測方法，我們可以一次性檢測一個人很多基因的基因組的變化。MSK-IMPACTTM是一種基于NGS panel的雜交捕獲技術(shù)，可快速檢測與癌癥相關(guān)的468個基因上的所有蛋白質(zhì)編碼突變、拷貝數(shù)變異、啟動子突變以及結(jié)構(gòu)重排的信息。不同于常規(guī)檢測，MSK-IMPACTTM適用于任何腫瘤類型。

如果只是說，這個測序技術(shù)可以來對患者進(jìn)行基因組信息檢測的話，其實(shí)對于我們科研而言也沒有什么用。關(guān)鍵的是，紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥研究中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center，簡稱MSK）把他們之前對于患者檢測的10000多個樣本都共享出來了，供研究者進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘。這樣就方便我們使用了。這個數(shù)據(jù)都保存在cBioPortal網(wǎng)站上(https://www./study/summary?id=msk_impact_2017)

另外，關(guān)于cBioPotral的使用，這個我們之前介紹過，這個有興趣的可以看一下，我們第二個帖子。

MSKCC數(shù)據(jù)集使用簡單介紹

關(guān)于這個數(shù)據(jù)集，我們需要注意的是，雖然雖然這個是一個泛腫瘤的數(shù)據(jù)集。我們可以在里面應(yīng)該能絕大多數(shù)的腫瘤。另外關(guān)于患者的臨床信息，里面也包括了隨訪以及用藥情況。這個對于用藥情況的記錄會比TCGA要好一些的。

但是需要注意的是，由于MSKCC做的還是基因組的測序。所以我們通過這個數(shù)據(jù)集能夠獲得的也就是各個患者DNA水平上的變化情況。基于DNA水平的變化，基本上常用的就是突變、拷貝數(shù)以及融合基因這類的。所以，如果想要觀察這個患者mRNA基因表達(dá)的變化是不能使用了。

另外，由于這個項目做的是定向監(jiān)測幾種腫瘤相關(guān)基因的檢測。所以這個有可能想要研究的罕見基因，不包括在這個數(shù)據(jù)集當(dāng)中。這個也是需要注意的。

所以綜上，這個數(shù)據(jù)集更可能用于，在進(jìn)行基因組數(shù)據(jù)挖掘(突變，拷貝數(shù)等)時候，在進(jìn)行了全基因組的觀察之后，如果想要進(jìn)一步觀察臨床用藥患者對于某些基因突變的變化。