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近期Ruedi Aebersold（《Nature》子刊：蛋白質(zhì)組學(xué)大牛Ruedi 再出佳作！利用多層蛋白質(zhì)組描繪腫瘤突變基因的深層分子機制全景圖 ）及Matthias Mann（新冠最新研究進展-Matthias Mann團隊利用多組學(xué)揭示冠狀病毒對宿主的擾動機制）兩位蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域大神，接連利用蛋白質(zhì)組 磷酸化蛋白質(zhì)組的策略發(fā)表了高水平的研究論文，蛋白質(zhì)組 磷酸化蛋白質(zhì)組可謂是蛋白質(zhì)水平上進行機理研究的黃金組合。  Ruedi Aebersold  Matthias Mann 蛋白質(zhì)組 磷酸化蛋白質(zhì)組的研究模式究竟能帶來什么信息呢？之前，小編曾為大家進行過深入剖析：《雙劍合璧! 權(quán)威文獻告訴您—為何要做磷酸化組與普通蛋白質(zhì)組聯(lián)合》 ?？偨Y(jié)起來有以下3點： 1. 可以從多個維度系統(tǒng)剖析調(diào)控機制 2. 區(qū)分表達與修飾誰起主導(dǎo)調(diào)控作用 3. 深度挖掘激酶與底物磷酸化的調(diào)控關(guān)系 為更好地利用組學(xué)聯(lián)合數(shù)據(jù)分析解決以上3個問題，中科新生命特推出黃金組合——“蛋白質(zhì)組 磷酸化蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析”，讓我們看看是如何解決這些問題的。 01 組學(xué)整合功能/通路富集分析——從更全面的角度剖析調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及機制  從上圖可以看到蛋白質(zhì)組（○）與磷酸化蛋白質(zhì)組（△）的KEGG富集通路存在很大差異。其中，蛋白質(zhì)組的富集通路比較廣泛，包括帕金森疾病通路，氧化磷酸化通路等；磷酸化特異的富集通路包括蛋白轉(zhuǎn)運、脂肪酸合成等；兩者共同富集的通路包括糖酵解、丙酮酸代謝等。該分析從全局角度展示了蛋白表達與修飾調(diào)控通路的異同。 02 蛋白表達與位點修飾差異比較分析——區(qū)分表達與修飾誰起主導(dǎo)調(diào)控作用 單獨的磷酸化組學(xué)檢測不能區(qū)分修飾的差異是由本身修飾程度差異還是蛋白本底表達差異造成的。如下表所示，通過聯(lián)合分析可以同時給出修飾位點差異倍數(shù)以及蛋白表達差異倍數(shù)，從而區(qū)分位點磷酸化修飾的特異性。  03 激酶注釋及激酶底物整合分析——挖掘調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵節(jié)點 激酶在磷酸化修飾過程中起到了非常核心的調(diào)控作用。激酶的表達、激酶的磷酸化修飾水平的改變會直接調(diào)節(jié)其它激酶和下游蛋白底物的磷酸化修飾程度。從下圖的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析圖表可以看到，激酶Ckd1在網(wǎng)絡(luò)中具有較高PPI degree值，說明它占到比較核心的調(diào)控節(jié)點作用。   接著，進一步通過激酶-底物整合分析，可以看到Cdk1可以作用于Polr2a、Pak1、Lmna等基因及Cdk1自身，導(dǎo)致磷酸化修飾發(fā)生顯著差異。由此，我們可以提出一個假設(shè)：實驗處理→改變Cdk1表達及磷酸化→改變下游底物磷酸化→調(diào)控表型。   Cdk1表達及磷酸化修飾的下調(diào)調(diào)控了多個底物磷酸化修飾的改變。說明：由外至內(nèi)第一圈表示激酶與底物；第二圈表示磷酸化肽段表達差異倍數(shù)；第三圈表示蛋白表達差異倍數(shù)；第四圈表示激酶或底物基因名，不同色塊表示不同激酶以及底物基因；內(nèi)圈連線表示激酶與底物對應(yīng)關(guān)系，連線顏色與相應(yīng)激酶對應(yīng)。如果蛋白表達或磷酸化修飾沒有定量信息，則不展示顏色。 以上為大家揭秘了【中科新生命】蛋白質(zhì)組 磷酸化蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析部分內(nèi)容，通過這些分析能夠幫助我們更聚焦到關(guān)鍵激酶和通路。想了解更多、更詳細(xì)的實驗設(shè)計思路及分析內(nèi)容，趕緊聯(lián)系我們吧。  我知道你 在看 哦  |
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