自然界中各種有生命體征的獨立個體都不能脫離生態(tài)圈獨立存在，在每一個相對獨立的圈子，都包含各種各樣的微生態(tài)環(huán)境，每一個微生態(tài)環(huán)境，都包含各種各樣的微生物群體。只有良好的微生態(tài)環(huán)境才能夠營造出良好的生存環(huán)境，無論人體、陸地動物、植物、海洋動物等。

微生物是構(gòu)成微生態(tài)的基本成員，是指難以用肉眼觀察的一切微小生物之統(tǒng)稱。 微生物包括細(xì)菌、病毒、真菌、各種藻類等。病毒是一類由核酸和蛋白質(zhì)等少數(shù)幾種成分組成的“非細(xì)胞生物”，但是它的生存必須依賴于活細(xì)胞。根據(jù)存在的不同環(huán)境分為空間微生物、海洋微生物等，按照細(xì)胞結(jié)構(gòu)分類分為原核微生物和真核微生物。

對于水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)來講，微生態(tài)環(huán)境尤為重要，水體微生態(tài)環(huán)境的好壞，將直接影響?zhàn)B殖收益的多少。現(xiàn)在的養(yǎng)殖廠也越來越重視水體微生態(tài)的構(gòu)建。

微生物可以直接或間接地作用于水產(chǎn)養(yǎng)殖對象和養(yǎng)殖環(huán)境，能夠很好地分解養(yǎng)殖生物的排泄物、殘餌以及浮游植物殘體等有機(jī)物，同時微生物鏈在水質(zhì)凈化中通過氧化、還原、光合、同化和異化作用把有機(jī)物轉(zhuǎn)變?yōu)楹唵蔚幕衔?，保證水質(zhì)的正常功能，從而維持養(yǎng)殖環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)中養(yǎng)殖生物、病原、水質(zhì)間的平衡。

同時，各種有益微生物的存在，能夠為各種浮游生物提供天然的有機(jī)餌料，浮游生物又可作為小動物的良好開口餌料。
   

  1、微生物在碳循環(huán)中的作用 

微生物參與碳循環(huán)的轉(zhuǎn)化，主要是通過它們對各種含碳化合物，特別是含碳無氮有機(jī)物的作用而進(jìn)行，其主要是常見的發(fā)酵和氧化作用。水環(huán)境表層有氧區(qū)氧化作用，底層無氧區(qū)無氧發(fā)酵作用使含碳物質(zhì)轉(zhuǎn)化為二氧化碳供植物光合作用利用。
 

  2、微生物在氮循環(huán)中的作用 

養(yǎng)殖水體中的氮能促進(jìn)或限制水產(chǎn)養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)中物質(zhì)能量的轉(zhuǎn)化，也是浮游植物生長限制性營養(yǎng)元素之一。微生物在氮循環(huán)中的作用:
①氨化作用含氮有機(jī)物經(jīng)微生物分解而產(chǎn)氨的過程。氨化微生物很多，包括細(xì)菌、放線菌和真菌等。
②硝化作用即氨經(jīng)過亞硝酸的中間階段而氧化為硝酸的過程。硝化細(xì)菌等。
③反硝化作用即硝酸鹽還原為較簡單的氮化物的過程。反硝化細(xì)菌等菌種。
④固氮作用即使游離分子氮活化而形成氮化物的作用。養(yǎng)殖水體中的某些微生物具有一些特殊的酶系統(tǒng)，能把一般生物不能利用的氮轉(zhuǎn)化為生物能利用的化合物形式，許多放線菌、真菌和藻類具有這種功能。固氮菌等。 

  3、微生物在磷循環(huán)中的作用 

磷作為浮游植物生長的限制性營養(yǎng)元素，其對水體初級生產(chǎn)力的限制作用往往比氮更強(qiáng)。磷以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中:溶解無機(jī)磷、溶解有機(jī)磷和顆粒磷，3種形式的轉(zhuǎn)化在微生物的作用下構(gòu)成磷的一個重要的復(fù)雜動態(tài)循環(huán)。解磷菌。
 

  4、微生物在硫循環(huán)中的作用

硫以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中:氧化態(tài)-II（硫化物、硫化氫等)，氧化態(tài)，氧化態(tài)+硫酸鹽。許多微生物可用硫酸鹽作為硫的唯一來源，以氧化態(tài)把它轉(zhuǎn)變成為有機(jī)的硫氫基化合物。 

微生物在水產(chǎn)養(yǎng)殖水環(huán)境的修復(fù)中，碳循環(huán)中微生物分解有機(jī)物釋放二氧化碳，經(jīng)植物的光合作用合成復(fù)雜的有機(jī)物，為底棲動物、魚蝦蟹類提供和多糖類物質(zhì)；氮循環(huán)中微生物通過氨化作用、硝化作用、反硝化作用和固氮作用把含氮物質(zhì)變?yōu)橛袡C(jī)氮，為水產(chǎn)養(yǎng)殖提供餌料和肥料等蛋白質(zhì)物質(zhì)，生成硝酸鹽為藻類所利用，從而降低水體中的氨氣、氨氮與亞硝酸氮，起到了凈化作用；磷循環(huán)中微生物使水中的溶解態(tài)的磷被懸浮顆粒吸咐形成顆粒態(tài)磷，經(jīng)凝絮作用轉(zhuǎn)為沉淀，有效地降低了水體的磷元素，同時也為動物提供了其需要的磷元素；硫循環(huán)中在微生物的作用下產(chǎn)生硫酸鹽和硫化氫等，其中硫化氫對許多需氧微生物有毒作用，同時硫化氫與金屬生成沉淀，降低了有害的硫化氫，硫酸鹽可為動物提供需要的含硫氨基酸等。

因此，微生物在碳、氮、磷、硫循環(huán)中都起了非常重要的作用，它可以促進(jìn)四大元素在生態(tài)鏈中轉(zhuǎn)化，保持了水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境的動態(tài)平衡，從而抑制有害生物，形成有益微生物菌群，分解有機(jī)物，消除有害物質(zhì)(NH3、H2S、過量的N、P等)，有效地凈化了水質(zhì)，減少水產(chǎn)養(yǎng)殖動物疾病的發(fā)生，提高其成活率，促進(jìn)養(yǎng)殖動物的生長。