可勾選的發(fā)票類型為：增值稅專用發(fā)票、機(jī)動車統(tǒng)一銷售發(fā)票、海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書、增值稅電子普通發(fā)票（通行費(fèi)）。發(fā)票用途包括：用于申報抵扣或不抵扣、用于出口退稅和代辦退稅，三項(xiàng)用途相互獨(dú)立、每份發(fā)票只能選擇其中一項(xiàng)。

不管是掃描認(rèn)證的還是平臺勾選的發(fā)票，最后都需要登錄綜合服務(wù)平臺使用納稅人自行設(shè)置的“確認(rèn)密碼”對抵扣統(tǒng)計數(shù)據(jù)進(jìn)行確認(rèn)，否則申報時系統(tǒng)無法獲取進(jìn)項(xiàng)稅額。

申報期內(nèi)，納稅人可使用“抵扣勾選統(tǒng)計”功能進(jìn)行抵扣申請，并對抵扣統(tǒng)計表進(jìn)行確認(rèn)，完成抵扣統(tǒng)計確認(rèn)后填寫申報表進(jìn)行申報。

所屬期內(nèi)申請統(tǒng)計和確認(rèn)簽名后允許多次撤銷和重新申請/確認(rèn)，撤銷確認(rèn)操作僅可在未申報或成功撤銷申報的前提下進(jìn)行。申請統(tǒng)計或確認(rèn)后，發(fā)票勾選狀態(tài)被鎖定，需要撤銷統(tǒng)計進(jìn)行抵扣/不抵扣操作。

更改有效稅額時，注意有效稅額小于等于稅額。一旦進(jìn)行部分勾選申報繳稅后則不可撤銷，剩余的稅額也不能二次被抵扣。

進(jìn)行不抵扣勾選申報繳稅后不可撤銷，代表納稅人確認(rèn)了該張發(fā)票不抵扣，以后稅款所屬期不可轉(zhuǎn)為抵扣。

①僅外貿(mào)企業(yè)、外綜服企業(yè)擁有該模塊。

②沒有該模塊需要查看納稅人檔案是否為外貿(mào)企業(yè)、外綜服企業(yè)。如未同步，需要到稅務(wù)局端加載檔案（可以聯(lián)系主管稅務(wù)所，在線遠(yuǎn)程操作）。

③納稅人可在每個自然月所屬期對當(dāng)期勾選的發(fā)票進(jìn)行多次確認(rèn)，退稅勾選確認(rèn)后不可撤銷。確認(rèn)前可以在撤銷退稅勾選后重新選擇該張發(fā)票為抵扣還是退稅。

④外綜服企業(yè)在平臺上具有代辦退稅勾選功能，該功能只適用于有代辦退稅標(biāo)識的增值稅專用發(fā)票。代辦退稅勾選功能勾選即確認(rèn)，且不可撤銷。

⑤已抵扣撤銷后才可以進(jìn)行退稅勾選。

2017年1月1日（不含）前開具的增值稅專用發(fā)票、機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票和海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書的抵扣勾選需在稅務(wù)局端審核通過后，納稅人可通過“抵扣勾選-逾期抵扣勾選”進(jìn)入逾期抵扣勾選操作頁面，進(jìn)行勾選或撤銷勾選操作。該功能不取代現(xiàn)有的逾期增值稅扣稅憑證抵扣申請審核流程。

    自2020年3月1日起,2017年1月1日及以后開具的抵扣憑證（增值稅專用發(fā)票、海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書、機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票、收費(fèi)公路通行費(fèi)增值稅電子普通發(fā)票），取消認(rèn)證確認(rèn)、稽核比對、申報抵扣的期限。

納稅人可以通過“注銷勾選”對已勾選過的發(fā)票進(jìn)行提前確認(rèn)，不需要等到次月首日。納稅人僅在注銷稅務(wù)登記時使用注銷勾選功能。納稅人注銷勾選后，需要完成注銷申報或撤銷注銷勾選。

在企業(yè)符合回退稅款所屬期條件時，且企業(yè)需要回退稅款所屬期到上一期繼續(xù)進(jìn)行發(fā)票認(rèn)證工作時，平臺支持回退稅款所屬期到上一屬期的功能。

回退稅款所屬期具體條件如下：

①在回退前的稅款所屬期，“抵扣勾選”模塊未申請統(tǒng)計或已撤銷統(tǒng)計；

②上一屬期撤銷申報或征期截止日第二天平臺未接收到已申報結(jié)果切換稅款所屬期到下期的；

③平臺從征管獲取到的需要回退的稅款所屬期申報結(jié)果為“未申報”；

④回退稅款所屬期功能只在申報期內(nèi)有效。

平臺增加了“抵扣勾選-延期抵扣勾選”功能，納稅人可以選擇符合條件的稅款所屬期，補(bǔ)充進(jìn)行該期進(jìn)項(xiàng)發(fā)票的勾選、確認(rèn)操作。同時，該功能支持批量勾選操作以及符合逾期認(rèn)證條件數(shù)據(jù)的查詢、勾選和確認(rèn)操作。

增值稅發(fā)票查驗(yàn)可通過“進(jìn)項(xiàng)發(fā)票查詢—發(fā)票查驗(yàn)”功能實(shí)現(xiàn)，發(fā)票查驗(yàn)按鈕鏈接“全國增值稅發(fā)票查驗(yàn)平臺”，點(diǎn)擊后，自動跳轉(zhuǎn)。