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作圖小白立馬上手:用Graphpad Prism作柱狀圖

 梅子熟了00 2019-09-18

作者:喵奴·Cathy

編輯:小怡

本文為小狗科研平臺(tái)原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請(qǐng)?jiān)凇竞笈_(tái)】留言

在科研數(shù)據(jù)處理的時(shí)候,常用柱狀圖直觀地對(duì)比實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組某項(xiàng)指標(biāo)大小。主流的柱狀圖有以下幾種:頻數(shù)分布直方圖、普通柱狀圖、箱圖、散點(diǎn)與柱狀圖結(jié)合。下面結(jié)合幾個(gè)例子,介紹用Graphpad Prism軟件制作柱狀圖的方法。

1

頻數(shù)分布直方圖


假設(shè)我檢測了一批大鼠實(shí)驗(yàn)前某個(gè)蛋白在血清中的含量,可通過頻數(shù)分布直方圖,直觀地了解這個(gè)蛋白含量在這批大鼠的分布情況。打開創(chuàng)建圖表窗口,點(diǎn)擊“Column”,選擇第一個(gè)選項(xiàng)“Enter replicate values, stacked into column”,然后,把測得的蛋白血清比例復(fù)制粘貼到同一列。



先別急著去看柱狀圖,現(xiàn)在的圖只會(huì)是像下圖那樣,按順序列出蛋白血清比例。

對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,點(diǎn)擊Analyze,選擇Column analyses下的“Frequency distribution”,然后會(huì)看到這樣一個(gè)窗口,圖中①~④,分別是選擇表格類型、Y軸數(shù)據(jù)類型、X軸最小值與最大值設(shè)置、組距設(shè)置,一般情況下,直接點(diǎn)擊OK,所有設(shè)置默認(rèn)。



這樣就能得到一張漂亮的頻數(shù)分布直方圖,可以直觀地看到這個(gè)蛋白在血清里以20%左右的比例比較多。


2

箱式、散點(diǎn)柱狀混合圖


假設(shè)有5個(gè)病人,對(duì)比他們治療前后的空腹血糖值。打開新建圖標(biāo)窗口,選擇“Column”列表里的“……paired or repeated measures data……”。最左邊的一列(紅色虛線框)用來記錄實(shí)驗(yàn)對(duì)象名字,右邊幾列輸入不同的處理后測得的數(shù)值。



點(diǎn)擊下方對(duì)應(yīng)名字的圖片選項(xiàng),選擇藍(lán)色虛線框可得箱圖,選擇紅色虛線框就可得散點(diǎn)、柱狀混合圖。



上面介紹的都是只是一種處理的,如果我有兩種或以上的處理,既想對(duì)比A處理的差異,也想比較B處理的差異,應(yīng)如何作圖?

選擇“Group”表格進(jìn)行作圖。“Column”類型是把同一列的數(shù)據(jù)視為獨(dú)立重復(fù)數(shù)據(jù),每條柱子是每列的均值,最左列的標(biāo)題是不會(huì)體現(xiàn)在圖片上的;而“Group”類型的表格是可以把最左列的內(nèi)容體現(xiàn)在圖片上的(X軸),每條柱子是一個(gè)對(duì)應(yīng)單元格的數(shù)值。所以,一定要注意圖表類型(紅色虛線框)的選擇。


以在2種血清條件下,某個(gè)蛋白在3種不同細(xì)胞系的表達(dá)情況為例作圖。每種交叉處理重復(fù)4-5次,選擇“Group”的第二個(gè)選項(xiàng)。輸入數(shù)據(jù)后,點(diǎn)擊下方對(duì)應(yīng)的圖片選項(xiàng),選擇第一種圖片類型,即可得出圖片。如果發(fā)現(xiàn)X軸和圖標(biāo)的標(biāo)示是同一類處理,左鍵雙擊坐標(biāo)軸打開坐標(biāo)軸編輯窗口,把“X axis”選項(xiàng)卡下的“Number format”選成“Row title”(紅色虛線框),同時(shí)也可以在上方的“Location of numbering…”選擇橫坐標(biāo)標(biāo)記的字體方向(藍(lán)色虛線框)。



根據(jù)不同處理因素所分布行列的不同,同一圖片類型下得出的圖片會(huì)略有差異。在這個(gè)例子里,分別以2種不同的血清處理和3種不同細(xì)胞系作為行名,可見系統(tǒng)自動(dòng)把柱子根據(jù)行名分組,列名標(biāo)為圖注。

Graphpad還提供三因素多水平的作圖方式,選擇5個(gè)重復(fù)的表格,在填寫列名稱的時(shí)候,先把其中一個(gè)因素的第一種處理命名填好,然后點(diǎn)擊單元格左下角的回車按鈕,再輸入下一個(gè)因素的處理命名,確保每一列對(duì)應(yīng)的各種因素和處理水平名稱一致。



填好數(shù)據(jù)后,根據(jù)自己的需要選擇標(biāo)注圖注,還是加分隔的方式展示圖片。



看完上述教程,用Graphpad Prism繪制柱狀圖嗎?

會(huì)做加分的圖表,成功發(fā)表SCI的勝算無疑更高。閉門造車不如科學(xué)選擇。讓華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院曾博士教會(huì)你如何繪圖。

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