明王朝從建立政權(quán)初，就和豪強地主展開了爭奪戶口的斗爭。農(nóng)民出身的朱元璋深知“得民心者得天下”的道理。明初，朱元璋曾頒布解放那些在富豪地主家為奴的百姓為民的命令，挾新政權(quán)的強大威力，把勞動人民從舊貴族手中奪回，歸由明王朝政權(quán)掌握。對于這些人戶的有效管理問題，成為統(tǒng)治者的當務(wù)之急，黃冊制度正是適合這種需要而創(chuàng)建出來的。黃冊制度是將戶籍與賦役合二為一的一種冊籍，其根本目的就是為了征調(diào)賦役，通過黃冊制度，實行“人戶以籍為定”，對全國人戶實行嚴格的人身控制，同時把明王朝統(tǒng)治下的各種人戶都無例外組織到黃冊的里甲制之中，有效地堅持和維護封建徭役制度。

明洪武年間規(guī)定，黃冊每十年攢造一次。首先由戶部查照原定冊式，刊印成圖冊，奏請皇帝批準；而后，由各地官府照式翻刻，通過榜文曉諭天下；民戶根據(jù)官府公布的注意事項，在限期內(nèi)把本戶十年內(nèi)人丁、事產(chǎn)的變化如實地填寫在《清冊供單》上。各級官府進行審核，確認無誤后，裝訂成冊，主審官簽字鈐印，然后逐級呈送到戶部，戶部按類匯編成全國總冊，呈供皇帝御覽。按黃冊制度規(guī)定，各地制造的總冊要詳寫地區(qū)名稱并留副本備查。解送到戶部的黃冊須經(jīng)查考后，再轉(zhuǎn)送后湖（玄武湖）冊庫收貯。明政府規(guī)定：黃冊長寬各為一尺二寸，不得越度。黃冊的種類有：里甲賦役黃冊、司府州縣總冊、軍匠專職役戶冊籍等。

黃冊制度是一項長期實施的制度，是需要大量經(jīng)費的。但規(guī)模巨大的黃冊庫卻沒有任何固定的經(jīng)費，最初由南京幾個相關(guān)部門拼湊，有些費用則由上元、江寧兩縣負擔，查冊監(jiān)生的費用則由國子監(jiān)負責。自洪武到正德這一百多年間，黃冊庫就在這種無固定經(jīng)費的狀況下維持著。正德九年（1514年），南京刑科給事中史魯上書：對地方官送來的有錯黃冊，一經(jīng)查出駁回重造，給予罰款，所罰款項，作為后期黃冊庫固定經(jīng)費。此法得到明武宗朱厚照的恩準，并作為一種制度在全國推廣。有了“駁費”，黃冊庫擺脫了窘境而成為富裕部門，但黃冊駁費的真實作用，卻滿足了統(tǒng)治階級內(nèi)許多人的貪婪和欲望。

“為貯版圖人罕到，只余樓閣夕陽低?！边@是明代對戒備森嚴黃冊庫的描寫。明弘治三年（1490年），明政府對黃冊庫范圍進行界定，并立界石三十六塊，碑高143厘米，寬48厘米，厚15厘米，重達200多公斤，用界墻、界石“以斷人畜往來，樵牧窺視冊庫”。湖內(nèi)外派有專職官吏和軍隊負責巡守防衛(wèi)，對過湖船只加以重鎖，鑰匙由皇宮太監(jiān)專責保管，防范工作十分嚴密，“巡湖有役，過湖有舟，操舟有鎖，欽定一六過湖，非其期不敢渡”。為保證黃冊安全，在建有冊庫的島上不許生火，不許點燈，以防火災(zāi)；對于前來查冊官員，有著種種的嚴格限制，防止泄密；不允許軍戶出身的監(jiān)生到后湖查冊，以防私改戶籍；除后湖官員外，其他官吏一概不許入湖。弘治二年，欽差兩廣公干郭鏞，因私闖后湖，遭到皇帝重斥而撤職。 

為維護黃冊制度的健全，明政權(quán)對團局造冊或改抹黃冊一律處以斬首，對隱瞞產(chǎn)業(yè)試圖減除糧稅的也要處以極刑。但明中葉以后，隨著黃冊制度的衰敗，黃冊中的舞弊現(xiàn)象日趨嚴重。成化二年（1466年），張成花重金收買了黃冊庫的官吏，偷抄和洗改了本戶的黃冊底籍；正德五年（1510年），江西南昌豐城縣陳質(zhì)先、陳季三父子先后用銀絹等買通地方管冊官員，偷換黃冊戶籍，又到南京買通黃冊庫庫匠高景清偷盜出洪武、永樂年間屬于自己的冊頁，攜出湖外燒毀。案發(fā)后，張成、陳季三、高景清等人都處以斬刑，分別在后湖黃冊庫和江西布政司黃冊庫前梟首示眾。這些腐敗現(xiàn)象，嚴重侵蝕著黃冊制度的作用。

洪武二十四年（1391年），朱元璋下詔：“令各處布政司及直隸府、州、縣并各上官衙門所造黃冊，俱送戶部轉(zhuǎn)送后湖收架。”每當黃冊大造之年，先有黃冊庫主管官員奏請皇帝批準，預建新冊庫三十間，以備收貯全國各地送來的黃冊。冊庫根據(jù)地勢和位置，分別稱作東庫、西庫、南庫、北庫或前庫、后庫等；各庫再按時間、地點依次編號，以便查閱。明初，后湖三洲設(shè)庫：舊洲（梁洲）貯洪武、永樂、宣德、正統(tǒng)、景泰、天順、成化、弘治等年份的黃冊；中洲（環(huán)洲）貯弘治、正德、嘉慶等年份的黃冊；新洲（櫻洲）貯嘉慶十一年以后的黃冊。從洪武二十四年（1391年）至萬歷二十年（1592年），黃冊庫從最初的三十間發(fā)展到九百多間，密布于玄武湖的五洲之上。黃冊庫所保存的黃冊數(shù)量相當巨大，據(jù)《后湖志》記載：正德元年（1436年），在庫黃冊有四十余萬冊；弘治三年（1490年），為七十七萬二千九百余冊；萬歷二十年（1592年），已有一百五十三萬一千四百五十八冊。到了明朝滅亡前夕，除歷年浥爛，損壞的黃冊外，據(jù)估計尚有一百七十萬冊以上，真可謂：“湖中文冊浩穰，漫若煙海。”