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生物信息學(xué)常用名詞解釋(四)

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-07-16

在生物信息中會(huì)出現(xiàn)很多的特殊名詞,從這次內(nèi)容開始,我們將逐漸推送一些生物信息相關(guān)的一些名詞解釋。

轉(zhuǎn)錄組測序:轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn),通過新一代高通量測序,能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本及基因序列,已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。

全基因組重測序:全基因組重測序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測序,并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。全基因組重測序的個(gè)體,通過序列比對(duì),可以找到大量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNP),插入缺失位點(diǎn)(InDel,Insertion/Deletion)、結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)(SV,Structure Variation)位點(diǎn)。SBC可以協(xié)助客戶,通過生物信息手段,分析不同個(gè)體基因組間的結(jié)構(gòu)差異, 同時(shí)完成注釋。

可變剪切:可變剪切(或選擇性剪切)是一個(gè)過程,即主要基因或者mRNA前體轉(zhuǎn)錄所產(chǎn)生的RNA的外顯子以多種方式通過RNA剪切進(jìn)行重連。由此產(chǎn)生的不同的基因可能被翻譯成不同的蛋白質(zhì)構(gòu)體,因此,一個(gè)基因可能編碼多種蛋白質(zhì)。

基因融合:兩個(gè)基因或兩個(gè)基因的各自一部分(或全部)的序列融合成一個(gè)新的基因的過程。

同源重組:是指發(fā)生在非姐妹染色單體(sister chromatin) 之間或同一染色體上含有同源序列的DNA分子之間或分子之內(nèi)的重新組合。(又稱為一般性重組它是由兩條同源互補(bǔ)的DNA分子通過配對(duì)鏈的斷裂和再連接而產(chǎn)生片段交換的過程)。

cDNA文庫:以mRNA為模板,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄酶催化,在體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA,與適當(dāng)?shù)妮d體(常用噬菌體或質(zhì)粒載體)連接后轉(zhuǎn)化受體菌,則每個(gè)細(xì)菌含有一段cDNA,并能繁殖擴(kuò)增,這樣包含著細(xì)胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合稱為該組織細(xì)胞的cDNA文庫。

GO :GO是基因聯(lián)合會(huì)(Gene Onotology Consortium)所創(chuàng)立的數(shù)據(jù)庫,旨在建立一個(gè)適用于各種堆基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述的,并能隨著研究不斷深入而更新的語言詞匯標(biāo)準(zhǔn)。GO是多種生物本體語言的一種,提供了三層結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)定義方式,用于描述基因產(chǎn)物的功能。

KEGG:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因及基因組百科全書,是一個(gè)有關(guān)生物系統(tǒng)較完善的數(shù)據(jù)庫,關(guān)聯(lián)基因組信息和功能信息的知識(shí)庫。其由基因蛋白序列(KEGG Genes)、具有內(nèi)源性和外源性的化學(xué)物質(zhì)(KEGG Ligand)、分子相互作用和代謝通路圖(KEGG Pathway)和各種生物之間的層次關(guān)系(KEGG Brite)構(gòu)成,在功能注釋分析中,我們主要關(guān)注的是KEGG代謝通路圖的分析。

COG:Cluster of Orthologous Groups of pretein,蛋白相鄰類的聚簇。該數(shù)據(jù)庫是對(duì)細(xì)菌、藻類和真核生物的21個(gè)完整基因組的編碼蛋白,根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系分類構(gòu)建而成的。對(duì)于預(yù)測單個(gè)蛋白質(zhì)的功能和整個(gè)新基因組中的蛋白質(zhì)的功能非常有用。

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