解螺旋公眾號·陪伴你科研的第1793天

火山圖（Volcanoplot）是經(jīng)常出現(xiàn)在芯片、測序等組學結(jié)果中用來展示差異表達的基因或蛋白的一種圖片類型，常與熱圖、韋恩圖（Venndiagram）等同時出現(xiàn)。火山圖包含2個重要概念：顯著性與差異表達倍數(shù)。

顯著性一般設(shè)置P<0.05，差異表達一般我們按照Fold Change(倍數(shù)變化)≥1.2或2倍作為標準。下圖P<0.05，F(xiàn)oldChange設(shè)置為1.2倍，P值取log10負對數(shù)，F(xiàn)old Change取log2負對數(shù)的火山圖：

-log10（0.05）約等于1.30103，-log2（1.2）約等于0.263。使用R語言可以繪制火山圖，那么不會R語言的小伙伴該如何繪制出漂亮的火山圖呢？今天給大家分享使用Origin繪制火山圖與韋恩圖的完美攻略。

使用Origin軟件為2018版：

點擊下面Origin2018 學生免費版官方網(wǎng)站申請鏈接，并務(wù)必用學校提供的以edu.cn結(jié)尾的郵箱進行注冊即可獲得免費正版Origin軟件：

http://www./OriginProLearning.aspx

1. Volcano plot APP下載與安裝

進入Origin官網(wǎng)https://www./，點擊APP：

找到Volcano plot APP，點擊下載，下載鏈接：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=296

Volcano plot APP的安裝，打開Origin2018軟件，將下載好的APP點擊軟件最右側(cè)的AddAPPs即可自動安裝，安裝好后在APPs下可見Volcanoplot APP：

2. 在Origin軟件中Book1中輸入數(shù)據(jù)，X1為基因名，X2為Fold Change取log2負對數(shù)值，Y軸為P值取log10負對數(shù)。

3. 選擇所有數(shù)據(jù)，點擊Volcanoplot APP，進入以下界面：

設(shè)置P-value閾值為0.05，F(xiàn)old change為1.2，點擊OK，得到火山圖：

本次繪圖數(shù)據(jù)來自Nat Commun.2017; 8: 14356補充材料，僅用來演示火山圖的繪制，大家也可自行下載進行繪圖練習。繪制出的火山圖只有幾個點變化倍數(shù)下調(diào)了因此不是太美觀請大家諒解。

軟件得到的原始火山圖中，-log10（0.05）約等于1.30103，P值越小Y軸值越大，-log2（1.2）約等于0.263。圖中紅色的點顯示上調(diào)，為符合P＜0.05，變化倍數(shù)上調(diào)1.2倍的差異基因，綠色點顯示下調(diào)，但本次數(shù)據(jù)無符合條件的下調(diào)基因。

4. 美化火山圖