東晉自建武元年司馬睿定都建康，至恭帝司馬德文元熙二年被劉裕所廢，期間經(jīng)歷十一帝，共一百零四年。在這百年間，皇族與門閥士族共掌朝政，這是門閥士族巔峰時期，但盛極而衰，門閥士族也正是在東晉一朝走上下坡路。

　 首先就是門閥阻斷了上下階層的流通。門閥制度是我國歷史上從兩漢到隋唐最為顯著的選拔官員系統(tǒng)，這時期國家重要的官職基本上被少數(shù)姓氏家族所壟斷，個人的出身背景對于其仕途的影響要遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于其本身的才能特長。尤其是東晉一朝，皇權(quán)受制于士族門閥，朝廷中重要官職均為門閥士族把持，庶人不能染指。庶族子弟只能就任一些事務(wù)繁忙、位卑職微的官職。這樣就沒有向下的合理流動，上層也就堆集一批腐化分子。

再就是皇族對門閥的打壓和分化。東晉政權(quán)是司馬氏皇權(quán)和以王、庚、桓、謝等諸大姓為代表的北方士族以及處于非主流地位的江南吳姓士族的聯(lián)合專政，這種政治格局一直延續(xù)到東晉末年，長達(dá)一個世紀(jì)之久。在這漫長的一個世紀(jì)里，皇族一直也在利用門閥士族之間的斗爭來打壓和削弱他們。如淝水之戰(zhàn)后的謝安，功名大盛，引起了孝武帝的猜忌。“時會稽王道子專權(quán)，而奸諂頗相扇構(gòu)”，謝安不得以北征為名，讓出中樞之職，退居廣陵，后病卒。司馬道子遂為揚州刺史、錄尚書事、都督中外軍事，總攬大權(quán)。孝武帝將謝安逐步排除中樞，算是在一定程度上擺脫皇權(quán)受制于門閥士族的局面。

　 再就是門閥內(nèi)部的權(quán)力爭奪。東晉門閥主導(dǎo)朝政，并不只有一個門閥勢力，它是有一個或數(shù)個門閥做主導(dǎo)，在輔以一些二流門閥士族為主干，最后加上眾多的三流門閥士族為基礎(chǔ)而構(gòu)成的一個東晉門閥勢力。由于這一情況，對于門閥手中權(quán)力的分配，必然導(dǎo)致門閥之間內(nèi)部的權(quán)力爭奪。其中東晉的王、庚、桓、謝幾大門閥，從來就是斗爭激烈，小到某個官職，大道如荊州江州重地的爭奪，甚至軍事對峙都很頻繁。

最后就是東晉末年孫恩、盧循領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民起義徹底摧毀了門閥世家。孫恩出自瑯琊孫氏，屬于低級士族。孫恩、盧循的起義雖然失敗了，但在起義軍的嚴(yán)重打擊下，東晉政權(quán)已經(jīng)遙遙欲墜，有名無實。鎮(zhèn)壓起義的寒族出身的劉裕等，由北府兵的下級軍官，在鎮(zhèn)壓和平定恒玄之亂中，逐步和實際掌握了東晉的軍政大權(quán)?！边@次起義對東晉門閥士族一個最為嚴(yán)重的惡果就是謝琰被殺后，北府兵被寒人掌握，士族從此失去軍權(quán)。