眾所周知，最近幾年單細胞測序在具有針對性的技術依托下迅猛發(fā)展。BD（Becton,Dickinson and Company）推出的 BD RhapsodyTM 單細胞分離捕獲系統(tǒng)，借助本身獨有的細胞捕獲質(zhì)控和多種可供選擇的產(chǎn)品和方案，在問世之初就引起了巨大的轟動！在以此系統(tǒng)為基礎上建立了包括儀器、試劑、軟件在內(nèi)的一整套完成的單細胞測序解決方案。截至目前，目前配套的產(chǎn)品包括單細胞全轉(zhuǎn)錄組、單細胞轉(zhuǎn)錄組 panel 和單細胞膜蛋白定量三個方向。
下面，我們就以轉(zhuǎn)錄組 panel 和膜蛋白定量為例來給大家呈現(xiàn)這一平臺。
圖1 BD Rhapsody 平臺的硬件設備
（從左至右：成相系統(tǒng) scanner、配套電動移液槍、
細胞 Loading station）
在早先單細胞全轉(zhuǎn)錄組（WTA）驗證成功后，本輪測試我們又進行了基因 panel &膜蛋白定量的效果的測試?；?panel 最大的優(yōu)勢，就是可以將測序目標集中到感興趣的基因和通路上，以更低的測序成本獲取更高的測序靈敏度。
本次我們選用的樣本是標準的人外周血單核細胞（PBMC），測試了含有259個基因的T細胞 panel 和23個膜蛋白抗體。上樣細胞數(shù)為7485個，實際捕獲細胞3843個。詳細結(jié)果見下表。
表1 單細胞轉(zhuǎn)錄組+膜蛋白定量結(jié)果總覽
從上述測試結(jié)果可以看出：測試的259個轉(zhuǎn)錄組基因，總共檢出了243個；23個膜蛋白則全部檢出。檢出效果是令人滿意的。
該表的結(jié)果是集群分析流程運行結(jié)束后所得結(jié)果文件中的 martix 的一部分。后續(xù)的分析和結(jié)果還需要在 BD 公司的其他配套軟件中進一步繪制，見圖2和圖3。
圖2 Data View 軟件界面
圖3 SeqGeq 軟件界面
Data View 和 SeqGeq 這兩款軟件，在小編實際上手操作后，切身感受到它們并不像 10X 公司的 Loupe Brower 那么容易上手。尤其 SeqGeq，在 BD 收購了 FlowJo 后，該公司的 SeqGeq 分析軟件也就一同變成了 BD Rhapsody 的官方標配。此外，這兩款軟件如此“硬核”的界面，使得學會它的操作著實需要一段時間，但另一方面，它們給老師提供的分析工具也是非常完善和扎實，即便沒有生信基礎，也可以繪制出非?！办趴帷钡慕Y(jié)果。
圖4 mRNA+膜蛋白定量整合分析
圖5 基于 T 細胞 panel+ 膜蛋白標記的 PBMC 亞型注釋
簡單了解軟件之后我們把視線拉回到我們的測試結(jié)果。圖4是分別單用 mRNA 聚類、膜蛋白聚類和 mRNA+ 膜蛋白聚類的結(jié)果圖。圖5聚類后的細胞亞群定義，亞群定義是由 Data View 軟件繪制出的。圖中的的橢圓形圈出的就是 T 細胞。由此可以發(fā)現(xiàn)，利用聯(lián)合分析的方法，所得結(jié)果的分型結(jié)果要明顯優(yōu)于單用某一種方法。例如，包括幼稚 T 細胞、中央記憶 T 細胞在內(nèi)的很多 T 細胞亞群可以通過此方法比較輕松的區(qū)分出來。
圖6 左：CD45 的表達分布直方圖；
右：GNLY 和 GZMB 基因的分布和相關性分析
圖6展示的兩個結(jié)果依然是利用 Data View 給出，正是使用了軟件中的兩個小工具，借此可以展示出某個基因的表達分布或者不同基因的相關性結(jié)果。
由于篇幅有限，這里就不再細說了。更多驚喜，就由老師們自己慢慢去發(fā)掘啦~
最后，抓住年末的小尾巴，諾禾致源在此預祝大家事事順利，元旦快樂！
