在mirdeep軟件的分析結(jié)果中，會提供miRNA前體的二級結(jié)構(gòu)，這個結(jié)果實際上是通過調(diào)用RNAfold來實現(xiàn)的，該軟件是一個經(jīng)典的預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，網(wǎng)址如下

http://rna.tbi.//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

官網(wǎng)提供了在線服務(wù)，只需要上傳fasta格式的序列即可，示意如下

默認(rèn)參數(shù)會輸出以下兩種二級結(jié)構(gòu)

1. optimal secondary structure

最佳二級結(jié)構(gòu)，保證對應(yīng)的自由能最小，最小自由能簡稱MFE, 結(jié)果示意如下

2. centroid secondary structure

自由能表征改變這個結(jié)構(gòu)需要注入的能量大小，對應(yīng)的數(shù)值越小，該結(jié)構(gòu)越穩(wěn)定。

同時給出了可視化結(jié)果，示意如下

這個程序也是可以下載到本地運(yùn)行的，基本用法如下

-noPS參數(shù)代表不產(chǎn)生二級結(jié)構(gòu)對應(yīng)的postscript文件，這種文件可以轉(zhuǎn)換為PDF格式，產(chǎn)生的str文件內(nèi)容如下

采用dot-bracket表示法標(biāo)記二級結(jié)構(gòu)，上述用法只給出了最佳的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果和對應(yīng)的自由能。