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通過真實(shí)世界臨床基因數(shù)據(jù)庫,探尋免疫治療敏感或耐藥的分子特征

 生物_醫(yī)藥_科研 2018-12-12

靶向PD-1/PD-L1通路的免疫檢查點(diǎn)抑制劑的應(yīng)用,引領(lǐng)了晚期NSCLC治療的變革,然而,免疫治療的最優(yōu)獲益人群及耐藥人群特征尚不可知。隨著對腫瘤基因組學(xué)認(rèn)識的深入發(fā)現(xiàn),一些基因變異可能影響免疫治療的療效。因此,來自Foundation Medicine Inc.(簡稱FMI)的Karthikeyan Murugesan博士通過對真實(shí)世界臨床基因數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘,對晚期NSCLC免疫治療敏感或耐藥的療效相關(guān)分子標(biāo)志物進(jìn)行了初步探尋。

方法

研究共分為2個隊(duì)列,分別為FMI隊(duì)列和CGDB(真實(shí)世界臨床基因數(shù)據(jù)庫,Real-World Clinico-Genomic Database,圖1)隊(duì)列。其中FMI隊(duì)列入組820例進(jìn)行過PD-L1表達(dá)檢測的肺腺癌患者,采用FoundationOne? Assay對其進(jìn)行全面基因組分析(CGP檢測),檢測流程見下圖2。計算每百兆測序基因的非驅(qū)動體細(xì)胞突變數(shù),定義為TMB,并將其分為兩組:TMB低(低和中等,<=20 mut/mb)和tmb高(="">20 mut/Mb)。

圖1. CGDB數(shù)據(jù)庫:整合自Flatiron臨床數(shù)據(jù)和Foundation Medicine 基因檢測數(shù)據(jù)

圖2. FoundationOne Assay檢測流程 

CGDB隊(duì)列中入組接受免疫治療的1310例晚期NSCLC患者的臨床數(shù)據(jù)和NGS檢測數(shù)據(jù),這些患者接受的免疫治療藥物包括帕博利珠單抗、納武利尤單抗和Atezolizumab。在CGDB數(shù)據(jù)庫中,根據(jù)影像學(xué)、病理學(xué)和臨床證據(jù)評估患者的腫瘤進(jìn)展?fàn)顟B(tài)。對于接受過多線免疫治療的患者,根據(jù)其第一次接受免疫治療后的進(jìn)展情況計算PFS。 

結(jié)果

1、CGDB隊(duì)列中,TMB作為NSCLC免疫治療的療效預(yù)測標(biāo)志物

在CGDB隊(duì)列接受免疫治療的1310例NSCLC患者中,以TMB作為分層因素,對比TMB高組和TMB低組患者的PFS,結(jié)果顯示兩組存在顯著差異,mPFS分別為6.08個月 vs 2.79個月,P<>

圖3. CGDB隊(duì)列中,TMB作為NSCLC免疫治療的療效預(yù)測標(biāo)志物 

2、根據(jù)患者接受免疫治療的療效分析TMB特征

根據(jù)患者接受免疫治療的療效,分為3組:完全緩解/部分緩解(CR/PR)組、疾病穩(wěn)定(SD)組和疾病進(jìn)展(PD)組。3組患者的TMB中位值分別為9.57、7.83和6.09 mut/Mb。對3組患者的TMB進(jìn)行兩兩比較,CR/PR組對比SD組,TMB無顯著差異(P=0.057);CR/PR組對比PD組,TMB有顯著差異(P<>

圖4. 根據(jù)接受免疫治療患者的療效分析TMB特征 

3、FMI肺腺癌隊(duì)列中(N=820),不同PD-L1表達(dá)水平組間基因特征對比

在FMI肺腺癌隊(duì)列的820例患者中,PD-L1表達(dá)陰性和陽性的患者分別為441例和379例。根據(jù)卡方檢驗(yàn)對比兩組患者的不同基因比較的P值和OR。下圖僅標(biāo)記了錯誤發(fā)生率(FDR)<5%的基因(基于benjamini &="" hochberg="">

圖5. FMI肺腺癌隊(duì)列中,不同PD-L1表達(dá)組患者基因特征對比 

4、CGDB NSCLC患者隊(duì)列中不同突變狀態(tài)患者的PFS比較

下圖a、b、c、d分別比較了STK11、EGFR、MET、BRAF不同突變狀態(tài)患者的PFS。結(jié)果顯示,STK11突變患者對比STK11野生型患者的PFS存在顯著差異,mPFS分別為2.46個月 vs 3.12個月,P=0.0089;EGFR突變患者對比EGFR野生型患者的PFS也存在顯著差異,mPFS分別為2.4個月 vs 3個月,P=0.0029;MET exon14跳躍突變患者對比MET exon14野生型患者的PFS無差異,mPFS分別為2.7 個月 vs 2.96個月,P=0.86;BRAF突變對比BRAF野生型患者的PFS無差異,mPFS分別為4.6個月 vs 2.936個月,P=0.17。

圖6. 不同基因突變狀態(tài)患者的PFS對比(Kaplan-Meier曲線)

小結(jié)

TMB已經(jīng)成為預(yù)測免疫治療療效最具統(tǒng)計學(xué)意義的基因預(yù)測指標(biāo)。對比免疫治療后表現(xiàn)為PD的患者,取得CR/PR的患者具有顯著更高的TMB。相比于TMB低的患者,高TMB患者具有顯著更長的mPFS,提示高TMB與NSCLC接受免疫治療更好的療效相關(guān)。STK11突變多見于PD-L1表達(dá)陰性的患者,且相比于STK11野生型的患者,STK11突變者接受免疫治療的PFS顯著更短。這也與既往報道的研究結(jié)果一致,STK11突變與冷腫瘤微環(huán)境相關(guān),預(yù)示著患者接受免疫治療后療效較差。EGFR突變者表現(xiàn)出與STK11突變者相似的現(xiàn)象,多見于PD-L1表達(dá)陰性的患者,相比于EGFR野生型患者,接受免疫治療的療效更差。此外,EGFR突變還與更低的TMB相關(guān)。在人群分析中發(fā)現(xiàn),MET exon14剪接點(diǎn)突變的患者多見于PD-L1高表達(dá)人群;然而,MET exon14突變者接受免疫治療并沒有顯示出顯著更好的療效。BRAF活化突變者,多見于PD-L1表達(dá)陽性者,這類患者接受免疫治療的mPFS更長,后續(xù)需要進(jìn)行更多的研究評估這類患者接受免疫治療是否能夠獲益。這一研究采用真實(shí)世界的臨床基因數(shù)據(jù)庫,整合了患者CGP檢測結(jié)果和接受免疫治療的療效,可以讓我們驗(yàn)證既往已知的研究結(jié)果,并探尋可能預(yù)測免疫治療耐藥或敏感性的新型基因標(biāo)志物。

點(diǎn)評

近年來,免疫治療在NSCLC中大放異彩,已經(jīng)獲批用于晚期NSCLC一線或二線治療。然而,免疫治療的總體有效率相對較低,亟需探尋潛在的療效預(yù)測標(biāo)志物。研究提示,TMB和一些驅(qū)動基因突變狀態(tài)與免疫治療療效相關(guān)。在上述研究中,研究者分析了真實(shí)世界臨床實(shí)踐中接受免疫治療的NSCLC隊(duì)列,并將患者CGP檢測的結(jié)果與免疫治療療效進(jìn)行關(guān)聯(lián),探尋基因?qū)用嫔峡赡茴A(yù)測免疫治療療效的指標(biāo)。與既往報道結(jié)果一致,TMB高的患者對比TMB低的患者,免疫治療的療效更優(yōu);STK11突變和EGFR突變患者,相比于野生型患者免疫治療療效更差。后續(xù),尚需進(jìn)行更多研究,進(jìn)一步評估癌癥相關(guān)基因在免疫治療療效上的預(yù)測價值。此外,隨著越來越多潛在療效預(yù)測標(biāo)志物的出現(xiàn),我們需要明確標(biāo)志物組合在免疫治療療效上的預(yù)測價值,以期實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)免疫治療。

參考文獻(xiàn)

Identification of genomic markers of sensitivity and resistance to checkpoint inhibitors in non-small cell lung cancer in a real world clinico-genomic database. 2018 ESMO, 1411P.          



來源:轉(zhuǎn)自“腫瘤資訊”

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