SNP全稱Single Nucleotide Polymorphisms,是指在基因組上單個核苷酸的變異,包括轉(zhuǎn)換、顛換、缺失和插入,形成的遺傳標(biāo)記,其數(shù)量很多,多態(tài)性豐富。 我公司提供的SNP檢測報告一般包括以下部分: 在“峰圖”文件夾中即為測序峰圖文件。 Word文件“SNP分型實驗報告-snapshot”提供實驗操作的步驟、以及PCR參數(shù)等。其中snapshot為檢測SNP的方法。此外我們還有LDR法等。 Excel表格“引物序列”提供實驗用引物的序列。 Excel表格“SNP檢測結(jié)果”為最終結(jié)果展示。以下表為例(部分): “序號”“客戶編號”“姓名”等項由客戶提供。 每個SNP都有唯一的編號,一般都是以rs為字頭。[C/T]表示在這個位點上的堿基種類。以表中rs429358為例,此例中即代表在這個位點上的堿基可能是C,也可能是T,只能是其中之一。 因為人的染色體都是成對出現(xiàn),所以在成對的染色體上對應(yīng)的位置會同時存在兩個相同基因(稱之為等位基因)。我們的檢測會同時測到兩個等位基因,這兩個的結(jié)果可能相同也可能不同,所以上表中的結(jié)果有“C C”“T T”以及“C T”。 “C C”或“T T”即為純合型,“C T”即為雜合型。 本結(jié)果只提供SNP的檢測結(jié)果,不包含對SNP信息的后續(xù)處理,如與臨床數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)性分析等。 附:SNP與突變 表面上來看,SNP與突變確實有著共同之處。比如二者都是在某特定位置上的堿基變?yōu)榱肆硪粋€。但這兩個概念還是有本質(zhì)區(qū)別的。 1、多態(tài)性是一個群體概念,多態(tài)性指這個差異占群體的1%以上。否則就叫突變(小于1%)。 2、SNP是多態(tài)性中的一種,只是進一步限定了差異只是單堿基。 3、SNP一般來說,是全部體細胞一樣的基因型(除開嵌合體)。 4、突變一般不是一個個體全部細胞的變化。 5、如果突變發(fā)生在生殖細胞,則可以遺傳,但是只要這個突變?nèi)簺]有達到總?cè)后w的1%,它就只是一個突變株/系。達到了1%就是多態(tài)性了。 |
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