《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十六條：“納稅人在項目全部竣工結(jié)算前轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入，由于涉及成本確定或其他原因，而無法據(jù)以計算土地增值稅的，可以預(yù)征土地增值稅，待該項目全部竣工、辦理結(jié)算后再進行清算，多退少補。具體辦法由各省、自治區(qū)、直轄市地方稅務(wù)局根據(jù)當(dāng)?shù)厍闆r制定”。這是土地增值稅預(yù)征的綱領(lǐng)性文件。

《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財稅[2006]21號）第三條：“各地要進一步完善土地增值稅預(yù)征辦法，根據(jù)本地區(qū)房地產(chǎn)業(yè)增值水平和市場發(fā)展情況，區(qū)別普通住房、非普通住房和商用房等不同類型，科學(xué)合理地確定預(yù)征率，并適時調(diào)整。工程項目竣工結(jié)算后，應(yīng)及時進行清算，多退少補。對未按預(yù)征規(guī)定期限預(yù)繳稅款的，應(yīng)根據(jù)《稅收征管法》及其實施細則的有關(guān)規(guī)定，從限定的繳納稅款期限屆滿的次日起，加收滯納金”。這是稅務(wù)總局對土地增值稅預(yù)征的進一步明確。

根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字[1995]48號）第十四條的規(guī)定：“根據(jù)細則的規(guī)定，對納稅人在項目全部竣工結(jié)算前轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入可以預(yù)征土地增值稅。具體辦法由各省、自治區(qū)、直轄市地方稅務(wù)局根據(jù)當(dāng)?shù)厍闆r制定。因此，對納稅人預(yù)售房地產(chǎn)所取得的收入，當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)規(guī)定預(yù)征土地增值稅的，納稅人應(yīng)當(dāng)?shù)街鞴芏悇?wù)機關(guān)辦理納稅申報，并按規(guī)定比例預(yù)交，待辦理決算后，多退少補；當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)規(guī)定不預(yù)征土地增值稅的，也應(yīng)在取得收入時先到稅務(wù)機關(guān)登記或備案。”土地增值稅預(yù)征是按預(yù)售收入乘以預(yù)征率計算，也就是說，收到預(yù)售收入時就要預(yù)征土地增值稅，而且在項目全部竣工結(jié)算前轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入都要預(yù)征。預(yù)征率由各省、自治區(qū)、直轄市稅務(wù)局根據(jù)當(dāng)?shù)厍闆r核定。

根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強土地增值稅征管工作的通知》（國稅發(fā)[2010]53號）的規(guī)定：“除保障性住房外，東部地區(qū)省份預(yù)征率不得低于2%，中部和東北地區(qū)省份不得低于1.5%，西部地區(qū)省份不得低于1%”。土地增值稅預(yù)征率由各地根據(jù)本地區(qū)房地產(chǎn)業(yè)增值水平和市場發(fā)展情況自行確定，但不應(yīng)低于稅務(wù)總局上述規(guī)定，因此，各地區(qū)土地增值稅預(yù)征率都不一樣。

《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后契稅 房產(chǎn)稅 土地增值稅 個人所得稅計稅依據(jù)問題的通知》（財稅[2016]43號）規(guī)定：“三、土地增值稅納稅人轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入為不含增值稅收入”。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后土地增值稅若干征管規(guī)定的公告》（國家稅務(wù)總局公告2016年第70號）第一條第一款規(guī)定：“營改增后，納稅人轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的土地增值稅應(yīng)稅收入不含增值稅。適用增值稅一般計稅方法的納稅人，其轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的土地增值稅應(yīng)稅收入不含增值稅銷項稅額；適用簡易計稅方法的納稅人，其轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的土地增值稅應(yīng)稅收入不含增值稅應(yīng)納稅額”。

根據(jù)上述政策，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在收到預(yù)收款時：

　　1、一般計稅方法下：

　　預(yù)繳土地增值稅=預(yù)收款/（1+10%）×土地增值稅預(yù)征率

　　2、簡易計稅方法下：

　　預(yù)繳土地增值稅=預(yù)收款/（1+5%）×土地增值稅預(yù)征率

《國家稅務(wù)總局關(guān)于營改增后土地增值稅若干征管規(guī)定的公告》（國家稅務(wù)總局公告2016年第70號）第一條第二款規(guī)定：“為方便納稅人，簡化土地增值稅預(yù)征稅款計算，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)采取預(yù)收款方式銷售自行開發(fā)的房地產(chǎn)項目的，可按照以下方法計算土地增值稅預(yù)征計征依據(jù)：土地增值稅預(yù)征的計征依據(jù)=預(yù)收款-應(yīng)預(yù)繳增值稅稅款”。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)銷售自行開發(fā)的房地產(chǎn)項目增值稅征收管理暫行辦法〉的公告》(國家稅務(wù)總局公告2016年第18號)規(guī)定：“一般納稅人采取預(yù)收款方式銷售自行開發(fā)的房地產(chǎn)項目，應(yīng)在取得預(yù)收款的次月按照3%的預(yù)征率預(yù)繳增值稅。應(yīng)預(yù)繳稅款=預(yù)收款÷(1+適用稅率或征收率)×3%。適用一般計稅方法計稅的，按照10%的適用稅率計算；適用簡易計稅方法計稅的，按照5%的征收率計算”。

從計算結(jié)果來說，雖然按照國家稅務(wù)總局公告2016年第70號第一條第二款的方法計算比較簡便，但這種方法計算的預(yù)繳稅款比正常計算方法的要大。不過文件中的用語為“可按照以下方法計算土地增值稅預(yù)征計征依據(jù)”，也就是納稅人可以選擇兩種方法中的一種進行預(yù)繳。但部分省市稅務(wù)機關(guān)強制納稅人按照簡化方法計算，與稅法的本意不相符。

根據(jù)《財政部關(guān)于印發(fā)企業(yè)繳納土地增值稅會計處理規(guī)定的通知》（財會字〔1995〕15號）的規(guī)定：

預(yù)繳土地增值稅時：

      借：應(yīng)交稅費-應(yīng)交土地增值稅

　　貸：銀行存款

待開發(fā)項目達到完工條件，相應(yīng)的收入及成本結(jié)轉(zhuǎn)損益時，將土地增值稅轉(zhuǎn)入稅金及附加科目：

　　借：稅金及附加

　　貸：應(yīng)交稅費-應(yīng)交土地增值稅