主要是歷史原因，特別是“二戰(zhàn)”時期三國支持納粹入侵蘇聯(lián)，從而在“二戰(zhàn)”后被清算導致雙方矛盾越來越深。

立陶宛曾是大國。愛沙尼亞、拉脫維亞是瑞典領土。立陶宛情況，詳見“波蘭為什么擔憂和懼怕俄羅斯崛起，波蘭和俄羅斯之間有什么歷史恩怨”這一問題。本文只談愛沙尼亞和拉脫維亞。

（1）愛沙尼亞、拉脫維亞與俄羅斯的關系，就是瑞典與俄羅斯的關系：1721年前的七百年

瑞典在16世紀到18世紀，其領土包括今天的瑞典、芬蘭、愛沙尼亞、拉脫維亞、今俄羅斯西北部一些地區(qū)。在10到15世紀，基輔羅斯下的諾夫哥羅德公國是抵御瑞典（當然也就包括愛沙尼亞和拉脫維亞）進攻的屏障。

15世紀到16世紀，莫斯科公國因統(tǒng)一了各公國，莫斯科與瑞典直接對抗。直到彼得大帝時期，瑞典才被打敗，愛沙尼亞、拉脫維亞成為沙俄的領土。

（2）中東歐各勢力圍攻歐洲強國瑞典：瑞典、波蘭、俄羅斯、奧斯曼四大國的亂戰(zhàn)

波蘭于1700年1月對瑞典宣戰(zhàn)，8月19日，沙俄也向瑞典宣戰(zhàn)但被瑞典迅速打敗。因為瑞典沒看得起俄羅斯，沒有乘勝追擊一心打敗強國波蘭，使得彼得一世有了四五年時間。

1706年9月，波蘭被瑞典打敗后瑞典開始進攻俄羅斯。1708年1月，5萬瑞典大軍向沙俄發(fā)動決戰(zhàn)。但俄羅斯挺到冬天，彼得大帝親自率軍與瑞典交戰(zhàn)。1709年7月，瑞典國王查理士二世，逃往土耳其。

為了抑制沙俄勢力，奧斯曼在波蘭、法國游說下于1711年用優(yōu)勢兵力迅速打敗了彼得大帝。也許是彼得大帝命好，也許是奧斯曼臣子們太愛受賄，也許奧斯曼君主出于戰(zhàn)略平衡考慮。彼得大帝活命。

之后，波蘭、丹麥、普魯士、沙俄等繼續(xù)分食強大的瑞典。1718年12月，查理士二世戰(zhàn)死。1721年8月30日，沙俄和瑞典簽訂《尼斯塔特條約》，愛沙尼亞、拉脫維亞、芬蘭灣、芬蘭東南部等成為俄羅斯的領土。1795年，立陶宛成為沙俄帝國領土。

支持納粹的“森林兄弟”

（3）波羅的海三國與沙俄關系不好，主要是因為“二戰(zhàn)”后被懲罰

經(jīng)過一個半世紀以上的統(tǒng)治后，1918年，波羅的海三國借“一戰(zhàn)”“二月革命”“十月革命”等機會先后獨立。

“二戰(zhàn)”末期，三國先后被蘇聯(lián)吞并。因三國在“二戰(zhàn)”期間，積極支持法西斯德國而受到蘇聯(lián)懲罰。三國與俄羅斯關系的緊張，主要就是這一歷史原因。

1990年，三國先后脫離蘇聯(lián)，與俄羅斯關系緊張。