元元上回用 targetscan 和 starbase 告訴大家查找 miRNA 結合位點，如何用數(shù)據(jù)庫查找 miRNA 結合位點（今天學的是尋找基因的 3’UTR 和 miRNA 的堿基序列，最終預測 miRNA 與目標 mRNA 在 3’UTR 的結合位點）例如咱們在 starbase 看到如下結果：

劃紅線的結果是 miR34A-5P 與 BCL2 存在結合位點，有三個數(shù)據(jù)庫預測到這種關系。

現(xiàn)在咱們用 RNA22Sites 這個網(wǎng)站也來尋找 miRNA 結合位點。

進入這個網(wǎng)站：

https://cm./rna22/Interactive

可以見到兩個文本框，第一個是寫 miRNA 的序列，miRNA 查找基因序列一般用 miRBase 查找，第二個文本框是寫預測基因的 UTR 序列，一般 miRNA 結合在 mRNA 的 3’UTR 區(qū)，所以一般下面輸?shù)氖悄?mRNA 的 3’UTR 序列，直接進入 NCBI 里找。

現(xiàn)在咱們先用 miRBase 查找 miRNA 的序列。

進入網(wǎng)站：

http://www./search.shtml

在文本框里輸入 miRNA 的名字例如 hsa-miR-34a-5p, 點擊提交，進入

點擊進入下一頁面

這個結果就能輸入到第一個文本框里頭

接下來到 NCBI 里找到 BCL2 的 3’UTR 區(qū)，進入 pubmed

點擊 search 進入下一頁

點擊紅色方框人源的 BCL2 進入下一頁

找到這一頁底下的 mRNA and Protein(s)，點擊紅色方框的 NM000633.2

找到 CDS(這是 Coding sequence 編碼序列的意思)，點擊它進入

上圖深色的是編碼區(qū)，深色上方的四百多個堿基是 5’UTR 區(qū)，深色下方所有堿基均為 3’UTR 區(qū)，咱們需要的是 FASTA 格式的堿基序列，所以先復制一小段 3’UTR 起始段，如 agtcaac，然后移動到此頁上方找到

點擊 FASTA, 進入下一頁，用 CTRL+F，在小方框內輸入 agtcaac 如下圖

找到 3’UTR 區(qū)起始部，將下方的所有堿基全部復制到第二個文本框里頭，如下圖

如上圖在堿基序列的前方一定要 「> 某基因」，這樣這個網(wǎng)站才能識別，接著點擊 submit, 進入下一頁結果

此圖即為預測到的結果圖。

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