明代末期，蒙古分裂為數(shù)十個部落，其中以察哈爾部最強(qiáng)。察哈爾部的林丹汗繼位後，控制了大漠南北的多個部落，實際上成為蒙古各部的盟主。而與女真人臨近的科爾沁、喀爾喀等部，已時常卷入建州女真與其他各部女真的戰(zhàn)爭。萬歷二十一年（1593年），科爾沁部臺吉明安等人與女真葉赫、烏拉、輝發(fā)等部聯(lián)合入侵建州，被努爾哈赤擊敗。次年，明安遣使與努爾哈赤通好。萬歷四十年（1612年），努爾哈赤娶明安之女為妃。之後，科爾沁、扎魯特等部多次與努爾哈赤家族聯(lián)姻。

萬歷四十四年（1616年）努爾哈赤統(tǒng)一女真各部，建立後金，使蒙古各部感到威脅。於是林丹汗與明朝結(jié)盟，聯(lián)手遏制努爾哈赤的擴(kuò)張。努爾哈赤則利用各部落、氏族之間的矛盾，采取招撫、利誘、通婚、脅迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。天命四年（1619年），後金在遼河大敗喀爾喀蒙古軍，俘獲喀爾喀、扎魯特的多位頭領(lǐng)以及明安之子桑噶爾。次年，後金將扎魯特部頭領(lǐng)色本釋放，并讓色本立誓：“若不感恩圖報，殃及臣身?！碧烀辏?621年），后金攻克明軍駐守的沈陽，進(jìn)而攻打遼陽。喀爾喀部乘機(jī)偷襲沈陽，試圖營救被俘的齋桑諾顏，但被後金擊敗。於是喀爾喀部以人質(zhì)、牲畜贖回齋桑。不久，喀爾喀部臺吉古爾布什、莽古勒等率六百戶投奔後金，努爾哈赤將其女嫁予古爾布什。此後，對林丹汗心懷不滿的一部分喀爾喀、扎魯特臺吉投靠努爾哈赤。天命九年（1624年），科爾沁部首領(lǐng)奧巴向努爾哈赤稱臣，首先歸附後金。次年，林丹汗發(fā)兵討伐科爾沁部，努爾哈赤命莽古爾泰、皇太極等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），後金征巴林部、扎魯特部，掠其人口、牲畜而歸。

天聰元年（1627年），柰曼、敖漢二部歸附後金。次年，喀喇沁部歸附，皇太極發(fā)兵征察哈爾。之後，扎魯特部歸附後金。天聰四年（1630年），四子部落、阿?？茽柷卟繗w附。天聰六年（1632年）翁牛特部歸附。四月，皇太極再征察哈爾，令喀喇沁、扎魯特、敖漢、柰曼、翁牛特、巴林、科爾沁等部前來會師。但蒙古各部多不愿與察哈爾交戰(zhàn)，兵馬“多寡不齊，遲速亦異”，有的“僅以一旅從征”。五月，後金進(jìn)軍至歸化城，林丹汗南渡黃河，逃往鄂爾多斯。後金俘獲察哈爾數(shù)千人。次年，茂明安部、烏喇特部歸附。天聰八年（1634年），林丹汗病死于大草灘，察哈爾、克什克騰部眾相繼歸降。次年（1635年）四月，林丹汗之子額哲出降，獻(xiàn)元代傳國璽“制誥之寳”，察哈爾部滅亡。鄂爾多斯部、歸化城土默特一并歸降。天聰十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公臺吉來盛京朝覲，奉皇太極為蒙古大汗?；侍珮O改國號為大清，改元崇德。置蒙古衙門統(tǒng)管蒙古事務(wù)，并派員前往歸附的蒙古各部“查戶口、編牛錄、會外藩、審罪犯、頒法律、禁奸盜”。