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這是以前學習ggplot2的時候，自己調(diào)制的火山圖。 紀念一下。 使用ggplot2畫框架 使用ggrepel來打標簽 library(ggplot2)
library(ggrepel)
準備數(shù)據(jù)，以及打標簽用的數(shù)據(jù) data <> allDiff
data$significant <> as.factor(data$P.Value0.05 & abs(data$logFC) > 1)
data$gene <> rownames(data)
正式畫圖 ggplot(data=data, aes(x=logFC, y =-log10(P.Value),color=significant)) +
geom_point(alpha=0.8, size=1.2)+
scale_color_manual(values =c('black','red'))+
labs(title='Volcanoplot', x='log2 (fold change)',y='-log10 (q-value)')+
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.4))+
geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=4,lwd=0.6,alpha=0.8)+
geom_vline(xintercept = c(1,-1),lty=4,lwd=0.6,alpha=0.8)+
#theme(legend.position='none')
theme_bw()+
theme(panel.border = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.line = element_line(colour = 'black')) +
geom_text(data=subset(data, abs(logFC) > 3), aes(label=gene),col='red',alpha = 1)
geom_text_repel(data=subset(data, abs(logFC) > 3), aes(label=gene),col='black',alpha = 0.8)
 mark感覺很像火山崩發(fā)啊。
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