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合成生物學(xué)(一):“上帝視角”下21世紀(jì)最重要的生物技術(shù)平臺

 全球技術(shù)地圖 2020-11-02

真正的顛覆性技術(shù)具有兩個共性:一是基于堅實的科學(xué)原理,它不是神話或幻想,而是對科學(xué)原理的創(chuàng)新性應(yīng)用;二是跨學(xué)科、跨領(lǐng)域的集成創(chuàng)新,并非設(shè)計、材料、工藝領(lǐng)域的“線性創(chuàng)新”。——徐匡迪,中國工程院院士 


曾與諾貝爾獎獲得者屠呦呦一道為世人所熟知的青蒿素,最初是從植物黃花蒿提取而來。但是植物提取存在占用耕地、依賴環(huán)境氣候、提取過程繁瑣等問題。21世紀(jì)初,杰·基斯林將青蒿素的基因引入人造酵母——也就是說,只要給酵母喂點淀粉,再用發(fā)酵罐均勻一搖,人工改造的酵母就能像“釀酒”一樣生產(chǎn)出大量的青蒿素。這個意義不可小覷——解決青蒿素的生產(chǎn)原料問題,從某種意義上就是解決了治療瘧疾藥物的生產(chǎn)問題。有統(tǒng)計顯示,杰·基斯林的這種方法使用可控的100立方米工業(yè)發(fā)酵罐,足以替代5萬畝的傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)種植。
事實上,合成生物學(xué)還被寄于更高的期望。


作為21世紀(jì)生物學(xué)領(lǐng)域新興的一門學(xué)科,合成生物學(xué)是分子和細(xì)胞生物學(xué)、進(jìn)化系統(tǒng)學(xué)、生物化學(xué)、信息學(xué)、數(shù)學(xué)、計算機(jī)和工程學(xué)等多學(xué)科交叉的產(chǎn)物。發(fā)展迄今,已在生物能源、生物材料、醫(yī)療技術(shù)以及探索生命規(guī)律等諸多領(lǐng)域取得了令人矚目的成就。2014年,美國國防部將其列為21世紀(jì)優(yōu)先發(fā)展的六大顛覆性技術(shù)之一;英國商業(yè)創(chuàng)新技能部將合成生物技術(shù)列為未來的八大技術(shù)之一;我國在2014年完成的第三次技術(shù)預(yù)測中,將合成生物技術(shù)列為十大重大突破類技術(shù)之一。我國在“十三五”科技創(chuàng)新戰(zhàn)略規(guī)劃中,已將合成生物技術(shù)列為戰(zhàn)略性前瞻性重點發(fā)展方向。

“建物致知”的合成生物學(xué)

諾貝爾物理學(xué)獎得主理查德·菲利普·費(fèi)曼曾說,“我不能創(chuàng)造的東西,我就不理解”。合成生物學(xué)正是可以通過構(gòu)造人工生物系統(tǒng)來研究生命科學(xué)中的基本問題。
它有兩個用途:一是通過人造細(xì)胞工廠進(jìn)行高效生產(chǎn),“造來用”;二是通過人造生命了解生物基礎(chǔ)法則,“造來懂”。因此有學(xué)者稱這項技術(shù)為“建物致知”。

合成生物學(xué)的主要研究內(nèi)容分為三個層次:一是利用現(xiàn)有的天然生物模塊構(gòu)建新的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)并表現(xiàn)出新功能;二是采用從頭合成方法人工合成基因組DNA;三是人工創(chuàng)建全新的生物系統(tǒng)乃至生命體。
基因測序、基因合成以及基因編輯技術(shù)的加速發(fā)展為合成生物學(xué)領(lǐng)域的研究奠定了堅實的基礎(chǔ);而計算機(jī)、大數(shù)據(jù)、先進(jìn)制造及自動化等技術(shù)為合成生物學(xué)的應(yīng)用插上了騰飛的翅膀。

引領(lǐng)“第三次生物科技革命”的合成生物學(xué)


合成生物學(xué)是生物科學(xué)理論研究的重要突破,使人類能夠以“上帝視角”去了解生物的進(jìn)化歷程和結(jié)構(gòu)機(jī)理。1953年DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)被稱為第一次生物科技革命,它使生命科學(xué)研究進(jìn)入到分子遺傳學(xué)和分子生物學(xué)時代。2003年人類基因組測序成功標(biāo)志著第二次生物科技革命的到來,我們因此能夠大規(guī)模地“讀取”遺傳信息,并引領(lǐng)生命科學(xué)研究進(jìn)入組學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)時代。而合成生物學(xué)是在系統(tǒng)生物學(xué)的基礎(chǔ)上,結(jié)合工程學(xué)理念,采用基因合成、編輯、網(wǎng)絡(luò)調(diào)控等新技術(shù),來“書寫”新的生命體,或者改變已有的生命體,這將使人類對生命本質(zhì)的認(rèn)識獲得質(zhì)的提升,從而引領(lǐng)了第三次生物科技革命。

另一方面,合成生物學(xué)又具有生物制造的屬性。生物制造經(jīng)歷了兩次革命。第一次發(fā)生在20世紀(jì)50?60年代,通過大規(guī)模發(fā)酵,使抗生素、氨基酸、維生素等藥品、食品和營養(yǎng)品實現(xiàn)工業(yè)化生產(chǎn),我們今天稱之為傳統(tǒng)生物技術(shù)。第二次發(fā)生在20世紀(jì)80年代,分子遺傳學(xué)的發(fā)展導(dǎo)致產(chǎn)生了基因操作技術(shù),通過基因克隆、表達(dá)、修飾或轉(zhuǎn)移,實現(xiàn)了各種高附加值的生物制品生產(chǎn),“一個基因,一個產(chǎn)業(yè)”,發(fā)展成今天的生物技術(shù)戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)。合成生物學(xué)則是利用系統(tǒng)生物學(xué)知識,借助工程科學(xué)概念,從基因組合成、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)路徑,到細(xì)胞的人工設(shè)計與合成,完成單基因操作難以實現(xiàn)的任務(wù),將極大地提升基因生物技術(shù)的能力并拓展其應(yīng)用范圍。因此有理由認(rèn)為,合成生物學(xué)正在催生第三代生物技術(shù)。

或?qū)⒂瓉懋a(chǎn)業(yè)爆發(fā)的合成生物學(xué)

????合成生物學(xué)概念被廣泛關(guān)注,最早可追溯到2004年在麻省理工學(xué)院舉辦的“合成生物學(xué) 1.0”大會。那次會議的最大亮點在于,風(fēng)險投資機(jī)構(gòu)對合成生物學(xué)的進(jìn)展感到非常興奮,他們看到了該領(lǐng)域研究對于生物學(xué)的重大意義,尤其是在生物能源方面。

在隨后的幾年內(nèi),有很多合成生物學(xué)初創(chuàng)公司相繼成立,融資額也相當(dāng)巨大。但這并不是一個好的轉(zhuǎn)折點,甚至在某種程度上使合成生物學(xué)的發(fā)展遭遇挫折。當(dāng)時合成生物學(xué)在生物能源方面的研究成果并不具有經(jīng)濟(jì)效益,在規(guī)?;矫娓緹o法與傳統(tǒng)化石能源相抗衡。在隨后的五年內(nèi),這些公司相繼倒閉,那也是合成生物學(xué)商業(yè)化進(jìn)程中失去的五年。

近年來,伴隨CRISPR等基因組編輯技術(shù)的不斷革新,以及同樣快速發(fā)展的大數(shù)據(jù)、人工智能和機(jī)器人技術(shù)等,合成生物學(xué)的前景變得越來越明確,合成生物學(xué)的產(chǎn)業(yè)化發(fā)展迎來一個爆發(fā)期,具有以下幾方面新的表現(xiàn):

第一,涉及領(lǐng)域越來越廣。從生物能源擴(kuò)展到生物基材料、微生物機(jī)器人、食品、農(nóng)業(yè)、生物醫(yī)藥、疾病治療、稀有資源量產(chǎn)、環(huán)境修復(fù)以及生物工程技術(shù)平臺的開發(fā)等諸多領(lǐng)域。

例如日本科學(xué)家將放線菌的基因轉(zhuǎn)移到大腸桿菌,通過設(shè)計新的代謝途徑,生產(chǎn)出可耐400攝氏度高溫的生物塑料。整個生產(chǎn)過程節(jié)約能源并減少了二氧化碳的排放。作為產(chǎn)品的生物塑料可自然降解,有利于保護(hù)環(huán)境。

美國最大的合成生物學(xué)創(chuàng)業(yè)公司Ginkgo Bioworks,通過將玫瑰的基因整合到酵母的基因組上,實現(xiàn)了利用酵母大量生產(chǎn)價格昂貴的玫瑰精油。該公司已與法國知名香水企業(yè)建立了合作關(guān)系,市場前景值得期待。

(合成生物學(xué)企業(yè)融資,數(shù)據(jù)來源:synbiobeta)

第二,初創(chuàng)企業(yè)大幅增加,融資額不斷增長。據(jù)美國SynBioBeta數(shù)據(jù)顯示,全球合成生物公司今年第一季度共獲投資6.5億美元,規(guī)模達(dá)去年同期的2倍;第二季度投資額達(dá)9.25億美元,較去年同期增長4倍,并且此時期獲資助公司多位于美國硅谷和美國東北部。全球合成生物產(chǎn)業(yè)2018年募資額有望達(dá)到30億美元。此外,英國合成生物學(xué)國家產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化中心(SynbiCITE)于7月12日發(fā)布的《2017年英國合成生物學(xué)初創(chuàng)調(diào)查》顯示,英國在2000-2016期間共成立146家合成生物企業(yè),在此期間公司數(shù)量每5年翻一番;在2010-2014的五年期間,企業(yè)共獲得2.2億英鎊投資,是此前5年的5.5倍;企業(yè)在2015-2017期間獲得投資進(jìn)一步增加,僅3年就募集超過4億英鎊投資。

(全球合成生物學(xué)融資歷史(2012-2016),數(shù)據(jù)來源:CB Insights

第三,越來越多的頂級科學(xué)家投身創(chuàng)業(yè)大潮,科研成果的產(chǎn)業(yè)化進(jìn)程提速合成生物學(xué)公司Synlogic由麻省理工學(xué)院生物工程學(xué)教授、合成生物學(xué)先驅(qū)詹姆斯·柯林斯創(chuàng)辦,并于2017年8月在納斯達(dá)克上市;Ginkgo Bioworks公司由麻省理工學(xué)院計算機(jī)科學(xué)和合成生物學(xué)先驅(qū)湯姆·奈特參與創(chuàng)辦,目前已獲4.29億美元融資,估值超過10億美元;Synthetic Genomics公司由美國合成生物學(xué)先驅(qū)克萊格·文特爾(曾公然挑戰(zhàn) “國際人類基因組計劃”而聞名)及諾貝爾獎獲得者漢密爾頓·史密斯創(chuàng)辦;enEvolv由哈佛醫(yī)學(xué)院基因組研究中心主任喬治·丘奇創(chuàng)辦等。

學(xué)科交叉、融合創(chuàng)新的合成生物學(xué)

在中科院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)工程研究中心有這樣一支隊伍,從學(xué)科來看,團(tuán)隊中的12位課題組組長(PI),有研究微生物學(xué)的,有研究合成基因組學(xué)的,也有研究理論物理方向的,甚至有專攻微流控芯片的。這樣一個成立不足4年、平均年齡僅36歲的“雜牌軍”,卻在合成生物學(xué)領(lǐng)域取得了不俗的研究成果,至今已發(fā)表數(shù)篇《科學(xué)》論文,并吸引力了美國科學(xué)院院士、合成生物學(xué)領(lǐng)軍人物杰·基斯林來此建立聯(lián)合實驗室。

作為一個新興的交叉學(xué)科,傳統(tǒng)的生物學(xué)研究方法已經(jīng)滿足不了合成生物學(xué)的發(fā)展要求。計算機(jī)科學(xué)、工程學(xué)、理論物理學(xué)、數(shù)學(xué)等學(xué)科與生物學(xué)的深度交叉融合,才能碰觸出顛覆性的成果。告別“單打獨斗”的科研模式,真正打破科學(xué)家之間的“藩籬”和“圍墻”,或許是合成生物學(xué)給這個時代帶來的另一個顛覆。




機(jī)遇總是與風(fēng)險和挑戰(zhàn)并存。合成生物學(xué)既然能生產(chǎn)出稀缺的救命藥品,也就能生產(chǎn)出危險致命的毒品。此外合成生物學(xué)在生物恐怖主義、生物倫理等方面也存在諸多挑戰(zhàn)。下一期我們將系統(tǒng)的分析合成生物學(xué)面臨的風(fēng)險和挑戰(zhàn),以及各國政府現(xiàn)有的應(yīng)對措施等。
另外后續(xù)我們也將重點介紹歐美等國合成生物學(xué)領(lǐng)域的代表性創(chuàng)業(yè)公司,相關(guān)經(jīng)驗或值得我國借鑒。

作者丨劉發(fā)鵬

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