捻軍的發(fā)家史可比太平軍復雜多了，早在嘉慶年間“捻子”“捻匪”等詞就已出現(xiàn)在當時清朝大臣的奏折中。所謂“捻匪”也就是“股匪”的意思，指的是流竄在安徽廬州、鳳陽、潁州、亳州及河南汝州、南陽、光州、陳州一帶的區(qū)域性土匪團伙。

據當時的清朝大臣和后來史學界考證，“捻匪”的源起和早期骨干分子正是白蓮教起義的殘部，清朝史料中就記述稱“向有白蓮遺黨……號曰紅胡匪，每一股謂之一捻，是為捻匪之始”。

目前大致可推斷“捻匪”在嘉慶統(tǒng)治前期（1804年左右）就已出現(xiàn)，但很長一段時間里“捻匪”都只是聚眾從事?lián)尳倮账?、販賣私鹽、吃大戶、賭博偷竊等非法活動，并未完全脫離農業(yè)生產，也基本上沒有抗差、抗糧等公開與官府造反作對之舉。

但由于白蓮教義的影響，“捻匪”一直存在“反清復明”的思想，只是因力量不夠、時機未成熟而沒有付諸實踐。等到咸豐年間太平軍興起后，特別是1853年太平軍北伐部隊正好途經“捻子”根據地，這下才真正“干柴遇上烈火”，打家劫舍的“捻匪”由此開始向以推翻清廷統(tǒng)治為長遠目標的捻軍轉型。

捻軍內部構成十分龐雜——1855年雉河集會盟后捻軍公推張樂行為“大漢盟主”，并確立了黃、白、紅、藍、黑5旗軍制，各大旗多以宗族、姻親、血緣關系吸納同族、同姓人加入，內部則以宗親觀念為紐帶維系凝聚力，實行家長式統(tǒng)治。

此外，由于局勢動蕩，大量貧苦農民、無業(yè)流民、礦工、船夫、散兵游勇、盜賊無賴也都紛紛加入捻軍，因此短時間內捻軍就擴大到20萬人左右。但從戰(zhàn)斗力上來講，捻軍還是差得很多，1862年蒙古親王僧格林沁率清軍4萬余人進攻據守雉河集一帶的捻軍主力，殲滅2萬余人（張樂行等重要首領陣亡），捻軍寨堡全部被摧毀，大本營雉河集也變成一片瓦礫。

雖然后來與太平軍余部合編后組建的新捻軍一度重振旗鼓，采取運動戰(zhàn)對付清軍，并取得了1865年4月下旬殲滅僧格林沁以下7000精銳的輝煌勝利，但由于捻軍錯誤地分散兵力，又缺乏穩(wěn)固根據地，最終在李鴻章指揮的清軍和地主團練圍追堵截下遭到失敗。